สโมสรดัตช์ชื่อ Neerlandia เข้าแข่งขันในดิวิชั่นสองของสมาพันธ์ซิดนีย์ ในปี 1959 คว้าแชมป์และได้รับสิทธิ์เข้าร่วมดิวิชั่นหนึ่งของสมาพันธ์ซิดนีย์ในปี 1960 ^{[ 3 ]}

สโมสรเปลี่ยนชื่อเป็น Manly Warringah ตั้งแต่ปี 1960 ทีมนี้ใช้เวลา 14 ฤดูกาลอยู่ในลีกสูงสุดของรัฐนิวเซาท์เวลส์ในปี 1960, 1968 และตั้งแต่ปี 1976 ถึง 1987 ก่อนที่จะตกชั้นไปอยู่ดิวิชั่นสอง เนื่องจากสโมสรกำลังประสบปัญหา จึงได้รวมกับ North Shore United ในปี 1991 ^{[ 4 ]} North Shore United เองก็เป็นการรวมตัวกันของสองสโมสรคือ Ku-Ring-Gai และ North Sydney-Artarmon (สำหรับฤดูกาล 1989) ^{[ 5 ]}การรวมตัวกันของ Manly-North Shore United ยุติลงหลังจากฤดูกาล NSW Division One ปี 1991 โดย Manly รวมกับ Warringah Freshwater ^{[ 2 ]} North Shore United จะยังคงส่งทีมตัวแทนเข้าร่วมการแข่งขันในนาม Ku-Ring-Gai Districts ต่อไป

Warringah Narrabeen (และตั้งแต่ปี 1986 Warringah Freshwater) เป็นสโมสรที่แข่งขันในดิวิชั่นสองของรัฐนิวเซาท์เวลส์ตลอดช่วงต้นทศวรรษ 1980 และยังคว้าแชมป์ได้ในปี 1983 ^{[ 6 ]}เมื่อเลื่อนชั้นขึ้นสู่ดิวิชั่นหนึ่งของรัฐนิวเซาท์เวลส์ในปี 1984 สโมสรก็รักษาอันดับกลางๆ ถึงล่างของตารางตลอดระยะเวลาแปดปีที่อยู่ในลีกสูงสุด อันดับสูงสุดของพวกเขาคืออันดับ 5 ซึ่งทำได้ในปี 1991 ก่อนที่จะรวมกับ Manly เพื่อเข้าร่วม "NSW Super League" ที่ได้รับการปรับปรุงใหม่ในปี 1992

การควบรวมกิจการของ Manly-North Shore United และ Warringah Freshwater ทำให้เกิด Manly Warringah Dolphins ขึ้นเมื่อสิ้นสุด ฤดูกาล NSW Division 1 ปี 1991 เพื่อเริ่มต้นฤดูกาล NSW Super League ที่กำลังจะมาถึง^{[ 2 ]}สโมสรได้รับการเลื่อนชั้นสู่NSW Premier League ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาล 2004–05 ในขณะนั้น สโมสรดำเนินการในฐานะสาขาตัวแทนของ Manly Warringah Soccer Association (MWSA) เท่านั้น อย่างไรก็ตาม Soccer NSWกำหนดให้สโมสรในสหพันธ์ทั้งหมดต้องเป็นนิติบุคคลแยกต่างหาก ดังนั้นจึงมีการก่อตั้ง Manly United Football Club Ltd. ขึ้น^{[ 1 ]}

แมนลี ยูไนเต็ด แข่งขันในลีกระดับ Tier 1 ของรัฐนิวเซาท์เวลส์มาตั้งแต่ฤดูกาล 2004–05 หลังจากได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นสู่ลีกพรีเมียร์ของรัฐนิวเซาท์เวลส์หลังจากการคว้าแชมป์ดิวิชั่นซูเปอร์ลีก แมนลี ยูไนเต็ด ถือเป็นทีมสำคัญในลีกพรีเมียร์ของรัฐนิวเซาท์เวลส์เนื่องจากเป็นทีมที่ตั้งขึ้นโดยกลุ่มชาติพันธุ์เดียว ไม่ใช่กลุ่มที่ก่อตั้งโดยอดีตสโมสรจากลีก NSL อื่นๆ

โลโก้เดิมของสโมสรฟุตบอลแมนลี ยูไนเต็ด ที่เปลี่ยนชื่อในปี 2547 เป็นการรวมกันของนกเหยี่ยวทะเล ลูกฟุตบอล และโลมา ซึ่งสัญลักษณ์ทั้งสามนี้เป็นตัวแทนของสมาคมฟุตบอลแมนลี วอร์ริงกาห์ (นกเหยี่ยวทะเล) และลูกฟุตบอลและทีมแมนลี วอร์ริงกาห์ ดอลฟินส์ (โลมา) สโมสรได้เปลี่ยนโลโก้อีกครั้งในปี 2559 เพื่อสะท้อนถึงวิวัฒนาการของสโมสรฟุตบอลแมนลี ยูไนเต็ด รวมถึงการเป็นเจ้าของและการเชื่อมโยงกับสมาคมฟุตบอลแมนลี วอร์ริงกาห์^{[ 7 ]}

สโมสรแห่งนี้มีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสมาคมฟุตบอลแมนลี วอร์ริงกาห์ (MWFA) ซึ่งเป็นสมาคมฟุตบอลระดับชุมชนที่ใหญ่ที่สุดในออสเตรเลีย โดยมีผู้เล่นมากกว่า 20,000 คน

• ปี 2004–2012: ลีกพรีเมียร์ของรัฐนิวเซาท์เวลส์ (ลีกระดับ 1 ของรัฐนิวเซาท์เวลส์)
• ปี 2013–ปัจจุบัน: ลีกระดับพรีเมียร์แห่งชาติ รัฐนิวเซาท์เวลส์ (NSW Tier 1)

• ลีกพรีเมียร์แห่งชาติ นิวเซาท์เวลส์

นายกรัฐมนตรี (1): 1995

รองชนะเลิศ (1): 1992

• รอบชิงชนะเลิศแกรนด์ไฟนอลของเนชั่นแนลพรีเมียร์ลีก รัฐนิวเซาท์เวลส์

แชมป์ (1): 1995

ผู้เข้ารอบรองชนะเลิศ (0):

• เนชั่นแนล พรีเมียร์ลีก นิวเซาท์เวลส์ 2

นายกรัฐมนตรี (1): 2547

ผู้เข้ารอบรองชนะเลิศ (1): 2002

• รอบชิงชนะเลิศ ลีกพรีเมียร์แห่งชาติ NSW 2

แชมป์ (1): 2001

ผู้เข้ารอบรองชนะเลิศ (2): 1994, 2004