แมนนี่ มัสแคต เติบโตในเวสต์ซันไชน์เมลเบิร์นเขาเล่นให้กับซันไชน์ จอร์จ ครอสซึ่งเขาได้รับแต่งตั้งเป็นกัปตันทีมเมื่ออายุ 19 ปี จากนั้นย้ายไปอยู่กับกรีนกัลลี เอสซี คู่แข่ง ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่เขาประสบความสำเร็จมากที่สุดในอาชีพการเล่นระดับพรีเมียร์ของรัฐวิกตอเรีย

เวลลิงตัน ฟีนิกซ์เซ็นสัญญากับเขาจากกรีนกัลลีในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2551 โดยเริ่มแรกเป็นการทดแทนผู้เล่นที่บาดเจ็บชั่วคราวของวินซ์ เลีย [ ^{3 ]}แต่ต่อมาเขาได้รับข้อเสนอสัญญาเต็มรูปแบบและเซ็นสัญญาเป็นผู้เล่นที่มี^{สัญญา[ 4 ]}

มัสแคตลงเล่นให้เวลลิงตัน ฟีนิกซ์ทั้งหมด 26 นัดในฤดูกาล 2009–10 รวมถึงการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศทั้งสามนัด หลังจากได้รับใบแดงเพียงใบเดียวของเวลลิงตันในฤดูกาลนั้นทรอย เฮียร์ฟิลด์ เพื่อนร่วมทีม ฟีนิกซ์จึงได้ลงเล่นในตำแหน่งแบ็กขวา แทนมัส แคต การเปลี่ยนแปลงนี้ทำให้มัสแคตต้องไปเล่นในตำแหน่งกองกลางตัวรับซึ่งมัสแคตก็เล่นในตำแหน่งนี้ต่อไปจนจบฤดูกาล ในวันที่ 20 ตุลาคม 2009 มัสแคตได้รับรางวัลจากฟอร์มการเล่นที่ยอดเยี่ยมของเขาด้วยการต่อสัญญากับเวลลิงตัน ฟีนิกซ์ออกไปอีกสามปี^{[ 5 ]} ในวันที่ 20 มกราคม 2012 มัสแคตทำประตูแรกให้กับสโมสรได้ในการลงเล่นนัดที่ 85 ของเขาในเกมกับนิวคาสเซิล เจ็ตส์ เอฟซี [ 6 ] หนึ่งวันหลังจากที่เขาทำประตูได้สำเร็จ ก็มีการยืนยันว่ามัสแคตได้ต่อสัญญาออกไปอีกสองปีและปฏิเสธข้อเสนอจากสโมสรบ้านเกิดอย่างเมลเบิร์น วิคตอ^{รี่เอฟ}ซีและเมลเบิร์น ฮาร์ท เมื่อวันที่ 3 มกราคม 2556 มัสแคตได้รับโทษแบน 3 เกมหลังจากใช้ศอกกระแทกผู้เล่นบริสเบน โรร์สองครั้งในเกมที่ทีมของเขาแพ้ 2-1 ^{[ 7 ]}

เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2016 มีการประกาศว่ามัสแคตได้เซ็นสัญญากับเมลเบิร์นซิตี้ เป็นเวลา 2 ปี โดยเริ่มตั้งแต่ต้นฤดูกาลเอ-ลีก 2016–17 ^{[ 8 ]}เขาลงเล่นนัดแรกให้กับซิตี้ในเกมกระชับมิตรที่ชนะพอร์ตเมลเบิร์นเอสซี 5-0 เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม 2016 ^{[ 9 ]}เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2018 มัสแคตถูกปล่อยตัวออกจากเมลเบิร์นซิตี้^{[ 10 ]}

มัสแคตกลับไปที่กรีนกัลลีหลังจากออกจากเอ-ลีก^{[ 11 ] [ 12 ]}