ภาษาแมนซิมอาจมีความแตกต่างทางโทนเสียงระหว่างคำพ้องเสียง เนื่องจากคำว่าbar ('บางสิ่ง' 'ถือ' 'ไม่') และtan ('ข้างใน' 'ไกล' 'กลัว') ในกรณีต่างๆ อาจต้องใช้ระดับเสียงที่แตกต่างกัน แต่ข้อมูลไม่แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างนี้ แม้ว่าจะมีการจำกัดอยู่บ้างก็ตาม ดูเหมือนว่าการเน้นเสียงจะอยู่ในรูปแบบไอแอมบิกตลอดทั้งประโยค โดยเน้นเสียงที่พยางค์ที่สอง ซึ่งหมายความว่าคำนำหน้าบุคคลและพยางค์แรกของคำหลายพยางค์ ยกเว้นสรรพนามส่วนบุคคล จะไม่มีการเน้นเสียง เครื่องหมายอ้างอิงและสรรพนามแสดงความเป็นเจ้าของสามารถเน้นเสียงได้ แต่หมวดหมู่หลักๆ เช่น คำนามและคำกริยา ไม่จำเป็นต้องได้รับการเน้นเสียงหลักเสมอไป