ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2541 คอร์เตสได้เข้าร่วม TSSA ซึ่งเป็นสหภาพแรงงานรถไฟที่ใหญ่เป็นอันดับสองของสหราชอาณาจักร ซึ่งเดิมรู้จักกันในชื่อ Railway Clerks' Association ซึ่งเป็นสหภาพแรงงานพนักงานออฟฟิศ เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2554 เขาได้รับเลือกเป็นเลขาธิการทั่วไปเป็นระยะเวลาห้าปี ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2559 เขาได้รับเลือกตั้งอีกครั้งด้วยคะแนนเสียง 66% จากผู้มาใช้สิทธิ์ 19% ^{[ 4 ]}

ในปี 2015 คอร์เตสได้ให้การสนับสนุนเจเรมี คอร์บินในการเลือกตั้งหัวหน้าพรรคแรงงาน^{[ 5 ]}

ในปี 2022 คอร์เตสถูกกล่าวหาว่าล่วงละเมิดทางเพศโดยอดีตพนักงานของ TSSA ซึ่งเขาปฏิเสธอย่างหนักแน่นและไม่ได้รับการยืนยันหลังจากการสอบสวนภายใน^{[ 6 ]}

เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2565 หลังจากดำรงตำแหน่งมา 11 ปี TSSA ได้ประกาศการเกษียณอายุของเขาในฐานะเลขาธิการทั่วไปของ TSSA ^{[ 7 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2566 รายงานการสอบสวนโดยสมาชิกพรรคแรงงานแห่งสภาขุนนางตามคำขอของสภาสหภาพแรงงาน (TUC) ได้รับการเผยแพร่^{[ 8 ]}รายงานดังกล่าววิพากษ์วิจารณ์คอร์เตสและเจ้าหน้าที่อาวุโสคนอื่นๆ ของ TSSA และสนับสนุนข้อกล่าวหาเรื่องการล่วงละเมิดทางเพศที่อดีตพนักงาน TSSA หลายคนได้กล่าวหา คอร์เตสและเจ้าหน้าที่อาวุโสคนอื่นๆ ของ TSSA ถูกไล่ออกหลังจากรายงานที่ได้รับมอบหมายจาก TUC ได้รับการเผยแพร่^{[ 9 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2566 ผู้แทนในการประชุมประจำปีของ TSSA ได้ปฏิเสธคำอุทธรณ์จากอดีตเลขาธิการทั่วไป มานูเอล คอร์เตส และอดีตผู้อำนวยการจัดงานชั่วคราว ลุค เชสเตอร์ หลังจากที่ทั้งคู่ถูกไล่ออกเนื่องจากความประพฤติมิชอบร้ายแรง ผู้แทนได้รับฟังคำให้การจากคอร์เตสและเชสเตอร์ผ่านทางวิดีโอลิงก์ระหว่างการประชุมแบบปิดในเมืองคอร์ก ประเทศไอร์แลนด์ ระหว่างการอุทธรณ์ คอร์เตสได้ถอดเสื้อและโต้แย้งว่าเขาถูก "ทำให้เป็นแพะรับบาป" การตัดสินใจนี้หมายความว่าที่ประชุมได้ยืนยันการไล่คอร์เตสและเชสเตอร์ออก^{[ 10 ]}

ณ เดือนมกราคม พ.ศ. 2569 TSSA รายงานว่า "เรื่องที่เกิดขึ้นระหว่าง TSSA และ Manuel Cortes ได้รับการแก้ไขอย่างเป็นมิตรแล้ว" ^{[ 11 ]}