หลังจบการศึกษา มาร์เจียลาทำงานเป็นนักออกแบบอิสระเป็นเวลาห้าปี ในปี 1984 เขาได้ย้ายไปปารีส เพื่อทำงานเป็นผู้ช่วยออกแบบให้กับ ฌอง ปอล โกติเยร์นักออกแบบแฟชั่นชาวฝรั่งเศสจนถึงปี 1987 ^{[ 2 ] [ 3 ]}

มาร์เจียลาได้ก่อตั้งแบรนด์Maison Martin Margiela ขึ้น ในปี 1988 ร่วมกับเจนนี ไมเรนส์ หุ้นส่วนทางธุรกิจของเขา^{[ 3 ]}ไมเรนส์ เจ้าของบูติกเสื้อผ้าดีไซเนอร์ในบรัสเซลส์ได้กล่าวถึงมาร์เจียลาว่าเป็น "นักออกแบบรุ่นใหม่ที่มีพรสวรรค์ที่สุด" เท่าที่เธอเคยเห็นมา^{[ 4 ]}

มาร์เจียลาได้นำเสนอคอลเลกชันฤดูใบไม้ผลิ/ฤดูร้อนปี 1990 ในการแสดงครั้งแรกของแบรนด์ของเขาเองในฤดูใบไม้ร่วงปี 1989 ณ สนามเด็กเล่นร้างในย่านแอฟริกาเหนือชานเมืองปารีส^{[ 5 ]}การแสดงครั้งนี้มีความแปลกใหม่ด้วยรันเวย์ที่ไม่เรียบและนางแบบที่จงใจเดินสะดุด ซึ่งสร้างความตื่นตะลึงให้กับวงการ^{[ 5 ]}ตรงกันข้ามกับธีมยอดนิยมในขณะนั้นอย่างความหรูหรา สีสันฉูดฉาด และไหล่กว้าง คอลเลกชันของเขากลับมีแขนเสื้อขาด ชายเสื้อรุ่ย และรองเท้าทรงใหญ่^{[ 5 ]}เพื่อแสดงความเคารพต่อชุมชน เด็กๆ ในท้องถิ่นยังได้รับเชิญให้วาดภาพการ์ดเชิญด้วยมือในชั้นเรียนศิลปะที่โรงเรียน และได้นั่งแถวหน้าในระหว่างการแสดง^{[ 5 ]}

เครื่องหมายการค้าสุดเรียบง่ายของ Maison Martin Margiela ประกอบด้วยชิ้นผ้าที่มีตัวเลข 0–23 กำกับอยู่ โดยจะเย็บติดไว้ด้านในด้วยตะเข็บสีขาวเล็กๆ สี่จุด และจะมองเห็นได้จากด้านนอกในเสื้อผ้าที่ไม่มีซับใน

ตรงกันข้ามกับเพื่อนร่วมงานส่วนใหญ่ เขามักจะอยู่เบื้องหลังเวทีเสมอและไม่โค้งคำนับหลังการแสดง^{[ 6 ]}ตั้งแต่ปี 1988 เขาไม่เคยตกลงให้สัมภาษณ์อย่างเป็นทางการหรือถูกถ่ายภาพลงนิตยสารใดๆ เลย^{[ 4 ​​]}การติดต่อสื่อสารกับสื่อทั้งหมดทำผ่านทางแฟกซ์และต่อมาทางอีเมล แนวคิดก็คือการเน้นย้ำว่าการออกแบบของเขาควรพูดด้วยตัวเอง และเป็นผลงานของทีมงานที่ร่วมมือกันมากกว่าผลงานของเขาเพียงคนเดียว^{[ 7 ]}

Maison Margielaถูกซื้อกิจการโดยOTB Groupในปี 2545 ^{[ 7 ]} Margiela ยังคงดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการฝ่ายสร้างสรรค์แต่ "ไม่ได้มีส่วนร่วมในคอลเลกชันล่าสุด" ตามคำกล่าวของRenzo Rossoซีอีโอของ OTB Group ในปี 2551 ^{[ 7 ]}เขาได้แสดงความปรารถนาที่จะหยุดออกแบบเป็นการส่วนตัวและเริ่มค้นหาผู้สืบทอดตำแหน่ง^{[ 7 ]}ผู้ใกล้ชิดของเขาคาดเดาว่าเขาต้องการ "สนุกกับชีวิตนอกแสงสปอตไลท์ที่คอยจับจ้องของโลกแฟชั่น" ^{[ 7 ]}ในช่วงต้นปี 2551 เขาได้ติดต่อRaf Simonsผู้อำนวยการฝ่ายสร้างสรรค์ของJil Sanderและเสนอที่จะมอบอำนาจการบริหาร Maison Margiela ให้กับเขา แต่ Simons ดูเหมือนจะปฏิเสธข้อเสนอและต่อสัญญาสามปีกับ Jil Sander แทน^{[ 7 ]}

In December 2009, Margiela formally left his eponymous label.^[8] No successor was named and the house continued to be operated by a team of designers until John Galliano was appointed as creative director in 2014.^[9]

Margiela was named creative director of women's wear at Hermès in 1997.^[10] The news of an avant-garde designer becoming the head of a conservative and classic French house surprised the industry.^[11] Though his designs for Hermès didn't resemble the forward-leaning work of his own label, he nonetheless incorporated a deconstructivist philosophy to his work there.^[10] He pioneered a timeless wardrobe focused on quality and inspired by 1920s sports and leisure clothing.^[12] Despite initial doubts by fashion critics, he created several understated collections, from loose-fitting masculine tailoring to black crêpe evening dresses that were the height of discreet elegance.^[4] Among his original designs include a jacket that can be rolled and carried like a bag, coats with removable collars and fastenings, the iconic twice looping strap of the Cape Cod watch, and the losange, a diamond shaped scarf that has become one of Hermès' bestsellers.^[11] All shows were held at the ultra-luxurious rue St-Honoré Hermès store in Paris.^[4]

In 2003, Margiela stepped down from his role at Hermes to focus on his own label and was succeeded by his former mentor, Jean Paul Gaultier.^[2]