สโมสรแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1894 โดยกลุ่มนักธุรกิจท้องถิ่นและอดีตนักศึกษาวิทยาลัย Marine ตั้งชื่อตามโรงแรมริมฝั่งแม่น้ำเมอร์ซีย์ที่วอเตอร์ลู ซึ่งอยู่ห่างจากใจกลางเมืองลิเวอร์พูลไปทางเหนือ 7 ไมล์ ซึ่งเป็นสถานที่ที่ผู้ก่อตั้งสโมสรได้พบกัน Marine ย้ายไปยังสถานที่ปัจจุบันคือRossett Parkในปี 1903 ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2466 ผู้เล่นจากกองทัพเรือได้รับเกียรติระดับนานาชาติเป็นครั้งแรกเมื่อโรเบิร์ต อิดวาล เดวีส์ ได้รับเลือกให้เข้าร่วม ทีม เวลส์เพื่อเผชิญหน้ากับสกอตแลนด์ เดวีส์เป็นหนึ่งในผู้เล่นหน้าใหม่สี่คน^{[ 3 ]}

มารีนคว้าแชมป์หลายรายการอย่างรวดเร็วในลีกซิงการีและลิเวอร์พูลคอมบิเนชั่นความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของสโมสรในฐานะทีมสมัครเล่นในช่วงเวลานี้คือการเข้าชิงชนะเลิศเอฟเอ อมาเตอร์ คัพ ในฤดูกาล 1931–32 ซึ่งพวกเขาพ่ายแพ้ให้กับดัลวิช แฮมเล็ต 7–1 ต่อหน้าแฟนบอล 22,000 คนที่สนามโบเลย์น กราวด์

ในฤดูกาล 1935–36 สโมสรได้ย้ายไปเข้าร่วมลีก Lancashire Combination ซึ่งเป็นลีกอาชีพล้วน และประสบความสำเร็จในระดับจำกัด ก่อนจะย้ายไปเล่นในลีก Cheshire County League ในฤดูกาล 1969–70

ในปี 1972 โรลี ฮาวาร์ดได้รับแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมชุดใหญ่ ตลอดระยะเวลา 33 ปี เขาคุมทีมลงแข่งขันทั้งหมด 1,975 นัด ก่อนจะถูกปลดออกจากตำแหน่งเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2004–05 เขาได้รับการบันทึกในกินเนสส์บุ๊คออฟเรคคอร์ดว่าเป็นผู้จัดการทีมที่ดำรงตำแหน่งยาวนานที่สุดในโลกฟุตบอล ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่มารีนประสบความสำเร็จมากที่สุดของสโมสร โดยคว้าแชมป์ได้ถึง 30 รายการ

สโมสรได้สละสถานะสมัครเล่นและกลายเป็นสโมสรอาชีพในปี 1974 หลังจากนั้น พวกเขาคว้าแชมป์ Cheshire League Championships ได้ 3 ครั้งใน 5 ฤดูกาล ก่อนที่ Marine จะเลื่อนชั้นสู่ Northern Premier League ในฤดูกาล 1979–80 ซึ่งพวกเขาอยู่ในลีกนี้อย่างต่อเนื่องจนถึงสิ้นสุดฤดูกาล 2023–24 ^{[ 4 ]}พวกเขาเป็นแชมป์ 2 ครั้งในฤดูกาล 1993–94 และ 1994–95 รวมถึงได้รองแชมป์อีก 2 ครั้ง Marine ยังคว้าแชมป์League Challenge Cupได้ถึง 4 ครั้งในฤดูกาล 1984–85, 1991–92, 2002–03 และ 2015–16

ในปี 1999 นิตยสารFourFourTwoได้ลงบทความรายเดือนเกี่ยวกับสโมสร โดยส่งไมเคิล แฮนน์ไปติดตามพวกเขาตลอดทั้งฤดูกาล ในปี 2001 สโมสรมารีนเป็นหัวข้อของซีรีส์โทรทัศน์ 6 ตอนทางช่องGranada TVในชื่อMarine Livesซีรีส์นี้รวมถึงภาพของอดีตผู้เล่นอย่างเจสัน แมคเอเทียร์ที่กลับมาเยี่ยมสโมสร ด้วย

ภายใต้ทีมบริหารชุดใหม่ของอัลวิน แมคโดนัลด์และผู้ช่วยปีเตอร์ แคร์โรลล์ มารีนได้ผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟของนอร์เทิร์นพรีเมียร์ดิวิชั่นสองครั้งติดต่อกัน (2005–06 และ 2006–07) โดยแพ้ให้กับทีมที่ชนะเลิศในแต่ละครั้ง ในฤดูกาล 2007–08 สโมสรคว้าแชมป์ลิเวอร์พูลซีเนียร์คัพ แมคโดนัลด์ออกจากสโมสรกลางฤดูกาล 2008–09 ^{[ 5 ]}โดยมีเควิน ลินช์และฟิล บราเซียร์ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมชั่วคราว เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล ลินช์ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมถาวรโดยมีบราเซียร์เป็นผู้ช่วย^{[ 6 ]}

ลินช์ออกจากสโมสรเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2012–13 เพื่อไปเป็นโค้ชทีมชุดใหญ่ที่เชสเตอร์ฟิลด์^{[ 7 ]}และถูกแทนที่โดยบราเซียร์ อย่างไรก็ตาม บราเซียร์ถูกไล่ออกเมื่อสิ้นสุดฤดูกาลถัดมา โดยที่สโมสรเกือบจะตกชั้น^{[ 8 ]}

คาร์ล แมคออลีย์ เข้ามารับตำแหน่งเมื่อต้นฤดูกาล 2014–15 ^{[ 9 ]}แต่ฟอร์มการเล่นที่ย่ำแย่ทำให้สโมสรตกอยู่ในโซนตกชั้น ห่างจากโซนปลอดภัย 11 คะแนน และเขาถูกปลดออกจากตำแหน่ง^{[ 10 ]}ฌอน เฮสซีย์กองหลังได้รับมอบหมายให้คุมทีมชั่วคราวจนจบฤดูกาล และนำพาสโมสรให้รอดพ้นจากการตกชั้นอย่างน่าทึ่ง โดยแพ้เพียงนัดเดียวใน 12 นัดสุดท้าย สโมสรรอดพ้นจากการตกชั้นแม้จะจบอันดับที่ 21 เนื่องจากมีคะแนนเฉลี่ยต่อเกมสูงสุดในบรรดาสโมสรที่อยู่ในโซนตกชั้นสูงสุดของทั้งสามดิวิชั่น ซึ่งหมายความว่าสโมสรยังคงครองสถิติเป็นสมาชิกที่ยาวนานที่สุดของนอร์เทิร์นพรีเมียร์ลีก^{[ 11 ]}เฮสซีย์ได้รับการยืนยันให้เป็นผู้จัดการทีมถาวรของสโมสรก่อนสิ้นสุดฤดูกาล 2014–15 ^{[ 12 ]}

ในฤดูกาล 2015–16 Marine จบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 15 พวกเขาเอาชนะGlossop North End , Ramsbottom United , Workington , Ossett TownและColwyn Bayระหว่างทางไปสู่รอบชิงชนะเลิศ League Cup กับScarborough Athleticซึ่งจัดขึ้นที่ Throstle Nest สนามเหย้าของFarsley Celtic Marineตกเป็นรอง 0–1 ในนาทีที่ 58 แต่หลังจาก Hessey ลงมาแทน Willis ในนาทีที่ 80 Marine ก็เริ่มดูอันตรายขึ้น และ Warren Bellew ก็ทำประตูได้ในนาทีที่ 87 เมื่อสกอร์เสมอกัน 1-1 ในนาทีที่สี่ของช่วงทดเวลาบาดเจ็บDanny Mitchley ผู้ทำประตูสูงสุดของสโมสรในฤดูกาลนั้น ยิงโค้งจากนอกกรอบเขตโทษเข้าไป ทำให้ Marine คว้าชัยชนะไปได้ นี่เป็นครั้งที่สี่ที่ Marine FC คว้าแชมป์ League Cup ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดของการแข่งขันนี้^{[ 13 ]}

ในช่วงท้ายฤดูกาล 2016–17 ที่ย่ำแย่ เฮสซีย์ออกจากสโมสรและถูกแทนที่โดยทอมมี ลอว์สัน การที่ผู้เล่นจำนวนมากเดินออกจากทีมไม่ได้ช่วยลอว์สันเลย แต่เขาก็สามารถรวบรวมทีมได้ในเวลาอันสั้น จากนั้นเขาก็นำพาสโมสรให้พ้นจากโซนตกชั้นหลังจากชนะ 5 เกมจาก 11 นัด มารีนจบฤดูกาลในอันดับที่ 18 ของตาราง

ฤดูกาล 2017–18 เป็นอีกครั้งที่น่าผิดหวังสำหรับมารีน โดยจบอันดับที่ 19 ของตาราง อย่างไรก็ตาม ทีมสามารถเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของลิเวอร์พูล ซีเนียร์ คัพ ซึ่งมีแฟนบอล 750 คนเข้าชมเกมที่พวกเขาพ่ายแพ้คาบ้านให้กับเพรสคอต เคเบิลส์ 4-0 นอกจากนี้ พวกเขายังทำผลงานได้ดีในรายการเอฟเอ โทรฟีโดยเอาชนะวิทบี ทาวน์และแอเธอร์ตัน คอลลิเอ รีส์ จากนั้นพวกเขาก็เอาชนะทีมจากดิวิชั่นที่สูงกว่าอย่างเอฟซี ยูไนเต็ดและชอร์ลีย์ก่อนที่จะไปเยือนโดเวอร์ แอธเลติก เป็นครั้งแรกและ พ่ายแพ้ให้กับทีมจากคอนเฟอเรนซ์ เนชั่นแนล 3-4

ในฤดูกาล 2018–19 หลังจากลงเล่นไปเพียง 5 เกม Marine พบว่าตัวเองอยู่อันดับรองสุดท้ายของลีก การพ่ายแพ้คาบ้านต่อ Grantham Town 2–0 เมื่อวันที่ 1 กันยายน ทำให้ผู้จัดการทีม Tommy Lawson ลาออกในวันถัดมาIan Johnson ผู้ช่วยของเขา ได้รับมอบหมายให้ดูแลทีมชั่วคราวในขณะที่สโมสรกำลังมองหาผู้สืบทอดตำแหน่ง^{[ 14 ]}เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2018 Marine ประกาศแต่งตั้ง Neil Young อดีตผู้จัดการทีม Chester ^{[ 15 ]}เขาได้ร่วมงานกับAlan Morganในตำแหน่งผู้ช่วยผู้จัดการทีมเมื่อวันที่ 21 กันยายน 2018 ^{[ 16 ]} Young เริ่มต้นการทำงานด้วยความพ่ายแพ้ต่อ Warrington Town 1–0 เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2018 ^{[ 17 ] ในปี 2019 Marine ตกชั้นไป เล่น} ใน Northern Premier League Division One North West ซึ่งเป็นการตกชั้นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของพวกเขา และเกิดขึ้นหลังจากอยู่ในลีกสูงสุดของ Northern Premier Leagueติดต่อกัน 40 ฤดูกาล[ ^{4 ]}

ในปี 2021 มารีนเข้าถึงรอบที่สามของเอฟเอคัพซึ่งพวกเขาแพ้ให้กับท็อตแนม ฮอตสเปอร์ 5-0 โดยมารีนอยู่อันดับต่ำกว่าท็อตแนมถึง 161 อันดับ ทำให้ช่องว่างระหว่างสองทีมนี้กว้างที่สุดในประวัติศาสตร์เอฟเอคัพ^{[ 18 ] [ 19 ]} การแข่งขันดังกล่าวระดมทุนได้มากกว่า 300,000 ปอนด์ให้กับสโมสรจากการขาย "ตั๋วเสมือนจริง" จำนวน 32,202 ใบให้กับแฟนๆ ของท็อตแนมและสโมสรอื่นๆ ที่ต้องการสนับสนุนมารีนแต่ไม่สามารถเข้าร่วมชมการแข่งขันได้เนื่องจากการระบาดของโควิด-19 ^{[ 20 ] [ 21 ]}หลังจาก จบการแข่งขัน เอฟเอคัพในฤดูกาล 2020/21 มารีนได้เปิดบาร์และบิสโทร 1894 ที่สนามของพวกเขา

มารีนจบฤดูกาล 2021/22 ในอันดับที่ 5 พวกเขาเล่นกับเวิร์กกิงตันในรอบรองชนะเลิศเพลย์ออฟ ซึ่งพวกเขาชนะ 3-2 หลังช่วงต่อเวลาพิเศษและแฮตทริกของนีล เคนกนี จากนั้นพวกเขาก็ชนะเพลย์ออฟหลังจากพลิกกลับมาเอาชนะรันคอร์น ลินเน็ตส์ทำให้พวกเขาได้เลื่อนชั้นสู่นอร์เทิร์น พรีเมียร์ลีก พรีเมียร์ ดิวิชั่นในฤดูกาล 2022/23 มารีนคว้า แชมป์ ลิเวอร์พูล ซีเนียร์ คั พ โดยเอาชนะรัน คอร์น ลินเน็ตส์ ในรอบ ชิง ชนะ เลิศที่สนามดีซีบีแอล สเตเดียม 4-2 ในการดวลจุดโทษ ปีต่อมา มารีนประสบความสำเร็จซ้ำรอยในลิเวอร์พูล ซีเนียร์ คัพและได้เลื่อนชั้นเป็นครั้งที่สองในรอบสามปี โดยเลื่อนชั้นสู่เนชั่นแนล ลีก นอร์ทหลังจากเอาชนะแมคเคิลส์ฟิลด์ เอฟซี 2-1 ในเกม เยือน

สโมสรเคยมีสมาคมผู้สนับสนุนที่รู้จักกันในชื่อ MSA (Marine Supporters Association) ซึ่งก่อตั้งขึ้นในช่วงปลายทศวรรษ 1980 สมาคมผู้สนับสนุนนี้ระดมทุนให้กับสโมสร จัดการเดินทางไปแข่งขันนอกบ้านหลายนัด และดำเนินกิจการร้านขายสินค้าของสโมสร สมาคม MSA ได้ยุบเลิกไปในเดือนพฤศจิกายน 2021

กลุ่ม Crosender Way เป็นกลุ่มผู้สนับสนุนอิสระของสโมสรฟุตบอล กลุ่มนี้ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกในเดือนมกราคม 2017 โดยผู้สนับสนุนของทีม Marine อย่าง Mark Wilcock และ Phil Riding ชื่อนี้เป็นการให้เกียรติแก่พื้นที่รอบๆ สนามกีฬาของสโมสร โดยเฉพาะอย่างยิ่งถนน Crosender Road

เป้าหมายหลักของกลุ่มคือการสนับสนุนสโมสรและแฟนบอล พวกเขาเป็นที่รู้จักในเรื่องการโปรโมตทีมอย่างแข็งขันบนโซเชียลมีเดีย และการจัดทริปเดินทางไปเชียร์ทีมเยือนให้กับแฟนบอลทุกคน