Funkhouser ประกาศลงสมัครรับเลือกตั้งเป็นนายกเทศมนตรีเมืองแคนซัสซิตี้ รัฐมิสซูรีในช่วงปลายปี 2549 โดยได้รับการสนับสนุนจากKansas City Star ตั้งแต่เนิ่นๆ และกลายเป็นหนึ่งในสองผู้สมัครหลังจากการเลือกตั้งขั้นต้นของนายกเทศมนตรีในเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งมีผู้สมัครทั้งหมด 13 คน^{[ 7 ]}เขาชนะการเลือกตั้งนายกเทศมนตรีเมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2550

คำขวัญในการหาเสียงของฟังก์เฮาเซอร์คือ "เมืองที่ทำงานเพื่อคนธรรมดา" ^{[ 8 ]}เขาหาเสียงโดยให้คำมั่นสัญญาว่าจะให้ความสนใจกับย่านต่างๆ มากขึ้น และยุติ ข้อตกลง TIF ที่ทุจริต กับนักพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ที่มีผลประโยชน์พิเศษ ในระหว่างการหาเสียงเลือกตั้งนายกเทศมนตรีในปี 2550 ชาวเมืองแคนซัสซิตี้รู้จักเขาในชื่อเล่นว่า "เดอะ ฟังก์" ^{[ 9 ]}

ภรรยาของเขา กลอเรีย สควิทิโร เป็นผู้จัดการหาเสียงให้เขา เขาใส่เนคไทสีส้มเพื่อสื่อถึงการปฏิวัติสีส้มของยูเครน และเป็นสัญลักษณ์ของความปรารถนาที่จะเปลี่ยนแปลง^{[ 10 ]}จากเว็บไซต์หาเสียงของเขา: "ผมเลือกสีส้มเป็นสีหาเสียงอย่างเป็นทางการ เพราะมันกำลังกลายเป็นสัญลักษณ์ของการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองอย่างรวดเร็ว–การเปลี่ยนจากการเจรจาต่อรองลับหลังไปสู่รูปแบบการปกครองแบบเปิดที่เคารพและรับฟังประชาชน" ฟังก์เฮาเซอร์ยังวิพากษ์วิจารณ์การใช้จ่ายโครงการในช่วง การบริหารของ เคย์ บาร์นส์ใน การสัมภาษณ์ กับ KCTVเขากล่าวว่า "เราซื้อของไปมากมาย สิ่งที่เราไม่รู้ก็คือ สิ่งที่เราซื้อนั้นคุ้มค่ากับเงินที่จ่ายไปหรือไม่" ^{[ 10 ]}

การดำเนินการตามคำมั่นสัญญาในการหาเสียงของฟังก์เฮาเซอร์เรื่องการอนุรักษ์นิยมทางการคลังควบคู่ไปกับการปรับปรุงการบริหารงานของรัฐบาลท้องถิ่นได้รับความสนใจจากสื่อระดับชาติในช่วงต้นของการบริหารงานของเขา เมื่อฟังก์เฮาเซอร์ประกาศเจตนารมณ์ที่จะปฏิเสธรถลินคอล์น คอนติเนนทัลที่เมือง จัดหาให้ซึ่งมีราคาแพง พร้อมคนขับและเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยสองคน และยอมรับรถ ฮอนด้า ซีวิค ไฮบริด ที่เช่าใหม่จากตัวแทนจำหน่ายรถยนต์ในนอร์ทแลนด์ ฝ่ายกฎหมายของเมืองอนุมัติข้อเสนอดังกล่าว ซึ่งจะต้องรายงานต่อคณะกรรมการจริยธรรมแห่งรัฐมิสซูรี ^{[ 12 ]}ฟังก์เฮาเซอร์เชื่อว่าการเปิดเผยข้อมูลอย่างโปร่งใสเกี่ยวกับธุรกรรมนี้ จะช่วยหลีกเลี่ยงการปรากฏของความไม่เหมาะสมและประหยัดเงินให้เมืองได้ 160,000 ดอลลาร์ต่อปี โดยการปฏิเสธรถของเมืองพร้อมคนขับและเจ้าหน้าที่ตำรวจรักษาความปลอดภัย อย่างไรก็ตาม นักวิจารณ์ตั้งคำถามถึง "ของขวัญ" นี้ สมาชิกสภาเมือง จอห์น ชาร์ป กล่าวว่า "มันดูไม่น่าสงสัยเลย... เป็นเรื่องดีที่นายกเทศมนตรีให้การประชาสัมพันธ์ฟรีแก่บริษัทรถยนต์ต่างชาติมากมายขนาดนี้" ^{[ 13 ]}ฟังก์เฮาเซอร์ไม่เคยรับรถคันนั้น แต่เลือกที่จะขับรถของตัวเองแทน^{[ 14 ]}

มีการค้นพบว่า Frances Semler ซึ่งได้รับการแต่งตั้งเป็นกรรมการร่วมของคณะกรรมการสวนสาธารณะและนันทนาการ เป็นสมาชิกของMinuteman Civil Defense Corps [ ^{9 ] นัก}วิจารณ์ยืนยันว่า Semler ควรลาออกจากคณะกรรมการหรือออกจาก Minutemen ความขัดแย้งนี้ดึงดูดความสนใจระดับชาติ ทำให้องค์กรสิทธิพลเมืองระดับชาติสองแห่ง ( La RazaและNAACP ) ถอนการประชุมออกจากเมืองแคนซัสซิตี้เพื่อประท้วงการที่ Funkhouser ปฏิเสธที่จะขอให้ Semler ลาออกจากองค์กรที่พวกเขาเรียกว่า " กลุ่มเกลียดชัง " ^{[ 9 ]}

ผู้สนับสนุนของ Funkhouser กล่าวว่าเขาเชื่อว่า "ความหลากหลาย" ครอบคลุมไม่เพียงแต่สีผิวเท่านั้น แต่ยังรวมถึงความคิดเห็นด้วย และพวกเขายังชี้ไปที่กรรมาธิการอีกคนหนึ่งคือ Ajamu Webster ผู้ก่อตั้งNational Black United Front (NBUF) ในท้องถิ่น ซึ่งเป็นองค์กรที่สนับสนุนการชดเชยให้กับคนผิวดำ พวกเขายังตั้งข้อสังเกตว่า Southern Rights Coalition ไม่ได้ถือว่า Minutemen เป็น "กลุ่มที่แสดงความเกลียดชัง" นอกจากนี้พวกเขายังอ้างว่ามุมมองส่วนตัวของ Semler เกี่ยวกับการอพยพนั้นไม่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติหน้าที่ในฐานะกรรมาธิการอุทยาน^{[ 15 ]}

ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องในช่วงที่ฟังก์เฮาเซอร์ดำรงตำแหน่งนายกเทศมนตรีนั้นเกี่ยวข้องกับการที่ภรรยาของเขาทำหน้าที่ตามปกติของสุภาพสตรีหมายเลขหนึ่ง ซึ่งเป็นตำแหน่งอาสาสมัครอย่างเคร่งครัด^{[ 9 ] [ 8 ]}

ฟังก์เฮาเซอร์ระบุว่าเขาและภรรยาเป็น "ทีมการเมือง" ^{[ 9 ]}เขายืนยันว่าเป็นอำนาจของเขาอย่างเต็มที่ที่จะให้ใครก็ได้เป็นอาสาสมัคร โดยอ้างเพิ่มเติมว่าสควิทิโรเป็นที่ปรึกษาของเขาในช่วงการเลือกตั้ง

นักวิจารณ์กล่าวว่าการมีส่วนร่วมของเธอในการบริหารงานของสามีถือเป็นการละเมิด "ข้อกำหนดการแต่งตั้งญาติพี่น้อง" ของรัฐธรรมนูญมิสซูรีอย่างชัดเจน^{[ 16 ]}สภาเมืองได้ผ่านข้อบัญญัติ (มีเพียงเสียงคัดค้านเดียวคือเสียงของฟังก์เฮาเซอร์) โดยอ้างว่าห้ามอาสาสมัครบางประเภทไม่ให้ปฏิบัติหน้าที่ในศาลาว่าการ แต่มีเพียงสควิทิโรเท่านั้นที่ถูกห้ามไม่ให้เข้ามาในสถานที่ดังกล่าว ในการตอบโต้ ฟังก์เฮาเซอร์จึงเริ่มจัดการประชุมที่เธอจำเป็นต้องเข้าร่วมในห้องสมุดสาธารณะ ฟังก์เฮาเซอร์ฟ้องร้องเมือง โดยอ้างว่า "ข้อบัญญัติเกี่ยวกับอาสาสมัคร" นั้นขัดต่อรัฐธรรมนูญ ศาลตัดสินให้ฟังก์เฮาเซอร์ชนะคดีและข้อบัญญัติดังกล่าวถูกยกเลิก^{[ 17 ]}