คริสตอฟ เมเรียน ได้ปลูกสวนพันธุ์ไม้จากทั่วโลก โดยเขาได้สร้างเรือนส้มไว้ สำหรับ สวน แห่งนี้ ^{[ 4 ]}แต่ต้นกำเนิดของสวนพฤกษศาสตร์สมัยใหม่ในเมืองมุนเชนสไตน์นั้นมาจากแผนการขยายห้องสมุดมหาวิทยาลัยแห่งบาเซิล [ ^{5 ] ดังนั้น}มูลนิธิคริสเตียน เมเรียน (CMS) จึงเสนอให้สร้างสวนทดแทนขึ้นในที่ดินของเมเรียน^{[ 5 ]}ในปี 1969 CMS ได้ลงนามในสัญญากับบริษัทที่ได้รับมอบหมายให้ดำเนินการก่อสร้าง บริหารจัดการ และดูแลรักษาสวนพฤกษศาสตร์แห่งบาเซิล^{[ 5 ]}พื้นที่ที่สวนจะตั้งอยู่มีขนาดประมาณสิบสามเฮกตาร์และรวมถึงอาคารหลายหลัง^{[ 5 ]}

ในปี 1969 นักพฤกษศาสตร์ Helen Gräfin von Zeppelin ได้บริจาคคอลเลกชันไอริสเครา จำนวนมากของเธอ ซึ่งมีประมาณ 1500 สายพันธุ์ ให้แก่สวนพฤกษศาสตร์ คอลเลกชันนี้ถือเป็นหนึ่งในคอลเลกชันที่ใหญ่ที่สุดในยุโรป^{[ 1 ]}ในปี 1972 ความร่วมมือกับ Milan Blazek ผู้อำนวยการสวนพฤกษศาสตร์Průhoniceและผู้เชี่ยวชาญด้านไอริส ได้เริ่มต้นขึ้น^{[ 1 ]}ในปี 1978 คอลเลกชันโรโดเดนดรอนจาก Robert von Hirsch ได้มาถึงสวน Merian ^{[ 1 ]}ในปี 1980 ได้มีการจัดนิทรรศการสวน "Grün 80" ซึ่งสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 2เสด็จพระราชดำเนินมาด้วย พระองค์ทรงปลูกต้นบีช [ ^{5 ] ใน}ปี 1984 ชาวสวนของเมืองบาเซิล ซึ่งมีหน้าที่ประดับประดาเมืองด้วยพืช ได้เปิดสาขาในสวน Merian ^{[ 1 ]}ในปี พ.ศ. 2527 นักสะสมงานศิลปะ Ernst Beyeler ได้จัดนิทรรศการศิลปะในสวน และประติมากรรมหลายชิ้นยังคงตั้งอยู่ในสวน^{[ 1 ]}ในปี พ.ศ. 2535 ทุ่งหญ้าขนาด 2.6 เฮกตาร์ได้รับการประกาศให้เป็นเขตอนุรักษ์แห่งชาติ^{[ 1 ]}

ในปี 2006 ญาติของแอนน์ แฟรงค์ได้ขอที่อยู่ใหม่ให้กับกุหลาบที่ตั้งชื่อตามแอนน์ แฟรงค์ ซึ่งเหลืออยู่เพียงไม่กี่สายพันธุ์ในญี่ปุ่น^{[ 1 ]}ตั้งแต่นั้นมา กุหลาบดังกล่าวก็ได้เติบโตในสวนเมเรียน^{[ 1 ]}ในปี 2011 คอลเล็กชันของกาแลนทัส (หรือที่รู้จักกันในชื่อสโนว์ดรอป) ได้เข้าร่วมสวนเมเรียน^{[ 1 ]}ในปี 2012 สวนผักของ Brüglinger Hof และสวนพฤกษศาสตร์ของอุทยานเมเรียนได้รวมเข้ากับสวนเมเรียน^{[ 1 ]}มูลนิธิProSpeciaRaraได้ก่อตั้งสำนักงานใหญ่ขึ้นที่ด้านล่างวิลล่าเมเรียนในปี 2012 ^{[ 1 ]}