ไมอามี ยูไนเต็ด ลงเล่นและคว้าชัยชนะนัดแรกในประวัติศาสตร์สโมสรเหนือเคป คอรัล เฮอริเคนส์ด้วยสกอร์ 3-0 เมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม 2013 ไมอามีจบฤดูกาลด้วยอันดับ 3 ในการแข่งขัน NPSL Sunshine Conference

ในปี 2013 สโมสรไมอามี ยูไนเต็ด เอฟซี ได้ก่อตั้งทีมเยาวชนและทีมหญิง พร้อมทั้งได้เฟอร์ดินานโด เดอ มัทเทียส เข้ามาเป็นหัวหน้าโค้ชคนใหม่ นอกจากนี้ ไมอามี ยูไนเต็ด เอฟซี ยังได้ร่วมมือกับ วิทยาลัยไมอามี เดดที่อยู่ใกล้เคียงเพื่อร่วมกันพัฒนาฟุตบอลเยาวชนในไมอามี

ในปี 2014 ผู้ผลิตชุดแข่งและอุปกรณ์อย่างเป็นทางการของไมอามี ยูไนเต็ด เปลี่ยนไป จากเดิมที่จัดหาโดย Admiral มาเป็น Garman บริษัทผลิตเครื่องแต่งกายกีฬาจากอิตาลี นอกจากนี้ Gaga Milano ผู้ผลิตนาฬิกาและเครื่องประดับจากอิตาลี ก็ได้เข้ามาเป็นสปอนเซอร์ชุดแข่งของทีมด้วย ไมอามียังคงมีส่วนร่วมอย่างมากในชุมชน โดยสร้างทีมสำรอง ทีมเยาวชน และทีมหญิงที่ประสบความสำเร็จ ทีมหลักของไมอามีก็พัฒนาขึ้นในสนามด้วยการสร้างสโมสรที่มีทั้งผู้เล่นมากประสบการณ์และผู้เล่นรุ่นใหม่ในท้องถิ่น สโมสรจบฤดูกาลปกติโดยไม่แพ้ใครเลยและครองอันดับหนึ่งใน Sunshine Conference ไมอามีเอาชนะทั้งStorm FCและTampa Maraudersเพื่อคว้าแชมป์ Sunshine Conference ปี 2014 จากนั้นไมอามีก็ไปเผชิญหน้ากับChattanooga FCในรอบชิงชนะเลิศระดับภูมิภาคใต้ของ NPSL แต่ก็พ่ายแพ้ไป แม้จะแพ้ Chattanooga แต่เนื่องจากไมอามีชนะ Sunshine Conference สโมสรจึงยังคงได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันLamar Hunt US Open Cupในปีถัดไป

หลังจบฤดูกาลหลังการแข่งขัน NPSL ไมอามี ยูไนเต็ด ได้ลงแข่งขันนัดกระชับมิตรระดับนานาชาติกับสโมสรจากอิตาลี ได้แก่กัลโช่ คาตาเนีย , เบรสชา กัลโช่และโนวารา กัลโช่โดยไมอามี่ชนะ 2 ใน 3 นัด

ในเดือนมกราคม ไมอามี ยูไนเต็ด ได้ลงเล่นเกมที่สำคัญที่สุดในประวัติศาสตร์อันสั้นของสโมสร พบกับซาน ลอเรนโซ เด อัลมาโกร แชมป์เก่าของ " โคปา ลิเบอร์ตาดอเรส " (ถ้วยรางวัลสโมสรระดับสูงสุดของทวีปอเมริกาใต้)

ในฤดูใบไม้ผลิปี 2015 สโมสร Miami United FC ได้ร่วมเป็นพันธมิตรกับสโมสรCS Marítimo จากโปรตุเกส และสโมสรFC Osaka จาก ญี่ปุ่น

ในเดือนมกราคม ค.ศ. 2016 ไมอามียูไนเต็ดเซ็นสัญญากับอดีตนักเตะทีมชาติบราซิลอาเดรียโนและนักเตะทีมชาติฮอนดูรัสฮูลิโอ เซซาร์ เด เลออนหรือที่รู้จักในชื่อ "แรมโบ้" เด เลออน

ไมอามี ยูไนเต็ด คว้าแชมป์ซันไชน์ คอนเฟอเรนซ์ และเอาชนะแอตแลนตา ซิลเวอร์แบ็กส์ในรอบรองชนะเลิศระดับภูมิภาคตอนใต้ หลังจากเอาชนะแอตแลนตาแล้ว ไมอามี ยูไนเต็ด เดินทางขึ้นเหนือไปยังรัฐเทนเนสซีเพื่อเผชิญหน้ากับแชตทานูกา เอฟซี ในรอบชิงชนะเลิศระดับภูมิภาคตอนใต้ของ NPSL อีกครั้ง แม้จะพ่ายแพ้ให้กับแชตทานูกาในการดวลจุดโทษแต่เนื่องจากไมอามีคว้าแชมป์ซันไชน์ คอนเฟอเรนซ์ ทำให้สโมสรยังคงได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันลามาร์ ฮันท์ ยูเอส โอเพ่น คัพ ปี 2017

ในเดือนสิงหาคม 2017 ไมอามี ยูไนเต็ด ได้รับการประกาศให้เป็นหนึ่งใน 8 ทีมที่สมัครเข้าร่วมสมาคมฟุตบอลอิสระแห่งชาติ (National Independent Soccer Association ) โดยอยู่ภายใต้การอนุมัติของสหพันธ์ฟุตบอลสหรัฐอเมริกา (United States Soccer Federation )

ไมอามี ยูไนเต็ด ผ่านเข้ารอบที่สี่ของการแข่งขันยูเอส โอเพ่น คัพ ปี 2018ด้วยการเอาชนะทีม จาก ฟลอริดา ด้วยกันอย่าง แจ็กสันวิลล์ อาร์มาดา 2-0 ^{[ 2 ]}ทำให้ได้เจอกับทีมจากเมเจอร์ลีกซอกเกอร์ อย่าง ออร์แลนโด ซิตี้ เอสซี ในรอบที่สี่ ^{[ 3 ]}