การเกิดโรคจากจุลินทรีย์เป็นสาขาหนึ่งของจุลชีววิทยาที่เริ่มต้นอย่างน้อยที่สุดในปี 1988 ด้วยการระบุเกณฑ์สามประการของ Falkowหรือ ที่รู้จัก กันในชื่อสมมติฐานของ Koch ทางโมเลกุล^{[ 1 ] [ 2 ]}ในปี 1996 Fredricks และ Relman ได้เสนอรายการ "แนวทางทางโมเลกุลสำหรับการสร้างสาเหตุของโรคจากจุลินทรีย์" จำนวนเจ็ดข้อ เนื่องจาก "การค้นพบกรดนิวคลีอิก " โดยWatson และ Crick "เป็นแหล่งข้อมูลทางพันธุกรรมและเป็นพื้นฐานสำหรับลักษณะเฉพาะของสิ่งมีชีวิต อย่างแม่นยำ " การพัฒนาต่อมาของ "ความสามารถในการตรวจจับและจัดการโมเลกุลกรดนิวคลีอิกเหล่านี้ในจุลินทรีย์ได้สร้างวิธีการที่มีประสิทธิภาพในการระบุเชื้อก่อโรคจุลินทรีย์ที่ไม่เคยรู้จักมาก่อนและสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโฮสต์และปรสิต " ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2539 Fredricks และ Relman ได้เสนอสมมติฐานต่อไปนี้สำหรับสาขาใหม่ของการก่อโรคของจุลินทรีย์^{[ 2 ] [ 3 ]}

1. (i) ในกรณีส่วนใหญ่ของโรคติดเชื้อ ควรพบลำดับกรดนิวคลีอิกของเชื้อก่อโรคที่สันนิษฐานได้ กรดนิวคลีอิกของจุลินทรีย์ควรพบได้ในอวัยวะหรือบริเวณทางกายวิภาคที่ทราบว่าเป็นโรคมากกว่าในอวัยวะที่ไม่มีความผิดปกติ
2. (ii) ควรมีสำเนาของลำดับกรดนิวคลีอิกที่เกี่ยวข้องกับเชื้อก่อโรคในโฮสต์หรือเนื้อเยื่อที่ไม่มีโรคน้อยลงหรือไม่มีเลย
3. (iii) เมื่อโรคทุเลาลง จำนวนสำเนาของลำดับกรดนิวคลีอิกที่เกี่ยวข้องกับเชื้อก่อโรคควรลดลงหรือตรวจไม่พบ ในกรณีที่โรคกำเริบขึ้นอีกครั้งสถานการณ์ควรตรงกันข้าม
4. (iv) เมื่อการตรวจพบลำดับเกิดขึ้นก่อนการเกิดโรค หรือจำนวนสำเนาของลำดับมีความสัมพันธ์กับความรุนแรงของโรคหรือพยาธิสภาพ ความสัมพันธ์ระหว่างลำดับกับโรคมีแนวโน้มที่จะเป็นความสัมพันธ์เชิงสาเหตุมากกว่า
5. (v) ลักษณะของจุลินทรีย์ที่อนุมานได้จากลำดับพันธุกรรมที่มีอยู่ ควรสอดคล้องกับลักษณะทางชีวภาพที่ทราบของกลุ่มจุลินทรีย์นั้น
6. (vi) ควรค้นหาความสัมพันธ์ระหว่างลำดับเนื้อเยื่อในระดับเซลล์: ควรพยายามแสดงให้เห็นถึงการผสมแบบ in situ ที่เฉพาะเจาะจงของลำดับจุลินทรีย์ในบริเวณที่มีพยาธิสภาพของเนื้อเยื่อและจุลินทรีย์ที่มองเห็นได้ หรือในบริเวณที่คาดว่าจะมีจุลินทรีย์อยู่
7. (vii) หลักฐานเชิงลำดับเหล่านี้ที่บ่งชี้ถึงสาเหตุจากจุลินทรีย์ควรสามารถทำซ้ำได้