ระบบนิเวศขนาดเล็กเหล่านี้ที่มีปริมาณ น้ำจำกัดมักจะมีอายุเพียงชั่วคราวเท่านั้น และด้วยเหตุนี้จึงถูกครอบครองโดยสิ่งมีชีวิตที่มี ระยะ สปอร์ ที่ทนแล้ง ในวงจรชีวิต หรือโดยสิ่งมีชีวิตที่ไม่จำเป็นต้องอาศัยอยู่ในน้ำอย่างต่อเนื่อง สภาพของระบบนิเวศที่เกิดขึ้นบริเวณขอบสระน้ำทั่วไปอาจแตกต่างจากบริเวณที่อยู่ห่างจากชายฝั่งมาก ระบบนิเวศน้ำที่มีพื้นที่จำกัดอย่างมากสามารถพบได้ เช่น ในน้ำที่สะสมอยู่ใน โคนใบของ บรอมิเลียดและ "หม้อ" ของเนเพนเทส^{[ 1 ]}

สิ่งเหล่านี้รวมถึง บริเวณ ช่องปาก (โดยเฉพาะโพรงในเหงือก ) กระเพาะรูเมนลำไส้ใหญ่ส่วนต้นฯลฯ ของสัตว์กินพืชเลี้ยงลูกด้วยนม หรือแม้แต่ระบบทางเดินอาหาร ของสัตว์ ไม่มีกระดูกสันหลัง ในกรณีของจุลนิเวศวิทยาในระบบทางเดินอาหารของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม จุลินทรีย์ เช่น โปรโตซัว แบคทีเรีย รวมถึงสิ่งมีชีวิตที่มีลักษณะเฉพาะที่ยังไม่ได้รับการกำหนดอย่างสมบูรณ์ (เช่นSelenomonads ขนาดใหญ่ที่มีโครงสร้างซับซ้อนบางชนิด Quinella ovalis "Quin's Oval" Magnoovum eadii "Eadie's Oval" Oscillospiraเป็นต้น) สามารถดำรงอยู่ในกระเพาะรูเมนได้ในรูปแบบของประชากรผสมที่มีความซับซ้อนและอุดมสมบูรณ์อย่างเหลือเชื่อ (ดูภาพของ Moir และ Masson ^{[ 2 ]} ) จุลนิเวศวิทยาประเภทนี้สามารถปรับตัวได้อย่างรวดเร็วต่อการเปลี่ยนแปลงของโภชนาการหรือสุขภาพของสัตว์เจ้าบ้าน (โดยปกติจะเป็นสัตว์เคี้ยวเอื้อง เช่น วัว แกะ แพะ เป็นต้น) (ดู "กระเพาะรูเมนและจุลินทรีย์ในกระเพาะรูเมน" ของ Hungate ปี 1966) แม้แต่ในระบบปิดขนาดเล็กอย่างกระเพาะรูเมน ก็อาจมีสภาวะทางนิเวศวิทยาที่หลากหลาย: สิ่งมีชีวิตหลายชนิดอาศัยอยู่ได้อย่างอิสระในของเหลวในกระเพาะรูเมน ในขณะที่บางชนิดต้องการสารตั้งต้นและผลิตภัณฑ์เมตาบอลิซึมที่ได้จากเนื้อเยื่อผนังกระเพาะอาหารที่มีรอยพับและช่องว่าง นอกจากนี้ยังมีคำถามที่น่าสนใจเกี่ยวกับการถ่ายทอด จุลินทรีย์ที่ไม่ต้องการ ออกซิเจน อย่าง เคร่งครัดในจุลินทรีย์ในลำไส้ไปยังรุ่นต่อไปของโฮสต์ ในที่นี้ การเลียกันและการกินอุจจาระมีบทบาทสำคัญอย่างแน่นอน

โดยทั่วไปแล้ว ระบบนิเวศขนาดเล็กในดินอาจมีขอบเขตความลึกจำกัดเพียงไม่ถึงหนึ่งมิลลิเมตร เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วของความชื้นและ/หรือองค์ประกอบของก๊าซในบรรยากาศ ขนาดของเม็ดดินและคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของพื้นผิวก็อาจมีบทบาทสำคัญเช่นกัน เนื่องจากระบบเหล่านี้มีเฟสของแข็งเป็นหลัก จึงเป็นเรื่องยากที่จะศึกษาด้วยกล้องจุลทรรศน์โดยไม่รบกวนการกระจายตัวของส่วนประกอบต่างๆ ในระดับละเอียด

ระบบนิเวศ เหล่านี้ถูกกำหนดโดยความแตกต่างของอุณหภูมิน้ำ สารอาหาร ก๊าซละลาย ความเข้มข้น ของเกลือฯลฯ ตามเส้นทางการไหลของน้ำบนบก ความแตกต่างของอุณหภูมิที่เกิดขึ้นเพียงอย่างเดียวก็อาจก่อให้เกิดระบบนิเวศขนาดเล็กที่แตกต่างกันมากมาย เริ่มต้นด้วยแบคทีเรียที่ชอบอุณหภูมิสูง เช่นอาร์เคีย (Archaebacteria) ( 100 °C (212 °F)หรือมากกว่า) ตามด้วยจุลินทรีย์ที่ ชอบอุณหภูมิสูงทั่วไป ( 60–100 °C (140–212 °F) ) ไซยาโนแบคทีเรีย (สาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน) เช่น เส้นใยที่เคลื่อนที่ได้ของOscillatoria ( 30–60 °C (86–140 °F) ) โปรโตซัวเช่น อะมีบาโรติเฟอร์จากนั้นก็เป็นสาหร่ายสีเขียว ( 0–30 °C (32–86 °F) ) เป็นต้น แน่นอนว่าปัจจัยอื่นๆ นอกเหนือจากอุณหภูมิก็มีบทบาทสำคัญเช่นกัน บ่อน้ำพุร้อนสามารถเป็นระบบนิเวศแบบคลาสสิกและตรงไปตรงมาสำหรับการศึกษาจุลนิเวศวิทยา รวมทั้งเป็นแหล่งหลบภัยของสิ่งมีชีวิตที่ไม่เคยมีการค้นพบมาก่อน        

ระบบนิเวศ ที่รู้จักกันดีที่สุดนั้นประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่นหายาก ซึ่งพบได้เฉพาะในบริเวณใกล้เคียงกับปล่องภูเขาไฟ ใต้น้ำ (หรือ "ปล่องควัน") เท่านั้น (บางครั้งอาจห่างกันเพียงไม่กี่เซนติเมตร) ระบบนิเวศเหล่านี้จำเป็นต้องใช้เทคนิคการดำน้ำและการเก็บตัวอย่างขั้นสูงอย่างยิ่งสำหรับการสำรวจทางวิทยาศาสตร์

ระบบนิเวศที่ปิดสนิทและเป็นอิสระจากปัจจัยภายนอกโดยสิ้นเชิง ยกเว้นอุณหภูมิและแสง ตัวอย่างที่ดีคือพืชที่ปลูกในขวดแก้วปิดสนิทและจุ่มอยู่ใต้น้ำ ปัจจัยภายนอกใดๆ ก็ไม่สามารถเข้ามาในระบบนิเวศนี้ได้