เอ็กสตรอมเริ่มต้นเส้นทางอาชีพในระดับวิทยาลัยที่มหาวิทยาลัยโอเรกอนสเตทก่อนจะย้ายไปเรียนที่มหาวิทยาลัยพอยต์โลมานาซาเรน ซึ่งเป็นโรงเรียน ในระดับ NAIAหลังจากปีสอง เอ็กสตรอมได้รับรางวัลผู้เล่นตำแหน่งพิชเชอร์ยอดเยี่ยมแห่งปีของ GSAC และติดทีมออลอเมริกาชุดแรกของ NAIA ในฤดูกาลปีสาม นอกจากนี้เขายังได้รับเลือกให้ติดทีมออลอเมริกาชุดแรกของ Baseball America Small College อีกด้วย

เขาประเดิมการเล่นระดับอาชีพครั้งแรกกับ ทีม Eugene Emeralds ใน ลีก Short-Season ในปี 2004โดยทำผลงาน 3–1 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 3.69 ใน 12  เกม ซึ่งเป็นการลงสนามเป็นตัวจริง 7 เกม Ekstrom เป็นหนึ่งในหกผู้เล่นของ Emeralds ที่ได้รับเลือกให้ติด ทีม All-Star กลางฤดูกาล ของ Northwest League เขาเริ่มต้นอาชีพด้วยการไม่เสียแต้มเลยในหกเกมแรกที่ลงสนาม ตั้งแต่วันที่ 18 มิถุนายนถึง 9 กรกฎาคม เขาได้รับการเลื่อนชั้นไปเล่นในทีม Fort Wayne TinCapsระดับ Class-A ในวันที่ 21 สิงหาคม เพื่อลงสนามเป็นตัวจริงสามเกมสุดท้าย

ในฤดูกาล 2005ซึ่งเป็นฤดูกาลอาชีพเต็มฤดูกาลแรกของเขา เอ็กสตรอมทำสถิติชนะ 13 แพ้ 6 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 3.70 จากการลงสนาม 28 นัดให้กับทีมฟอร์ต เวย์น ระดับ Class-A เขาได้รับเลือกให้ติด ทีมออลสตาร์กลางฤดูกาล ของลีกมิดเวสต์เขาครองอันดับหนึ่งร่วมในลีกในด้านการลงสนามและปิดเกมโดยไม่เสียแต้ม (หนึ่งครั้ง) อันดับสองในด้านการขว้างอินนิ่ง อันดับสามในด้านจำนวนชัยชนะ และอันดับแปดในด้านค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม เอ็กสตรอมครองอันดับหนึ่งร่วมในองค์กรในด้านจำนวนชัยชนะ ขณะที่อยู่อันดับสามในด้านการตีลูกออก (112 ครั้ง) และอันดับหกในด้านค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม เขาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม 16 นัด และทำสถิติชนะ 6 แพ้ 0 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 1.29 ในการลงสนาม 9 นัดแรก ตั้งแต่วันที่ 7 เมษายนถึง 22 พฤษภาคม เขาได้รับเลือกให้เป็นผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์ของลีกมิดเวสต์ในช่วงเวลาที่สิ้นสุดวันที่ 22 พฤษภาคม

เอ็กสตรอมได้รับเลือกให้เป็นผู้เล่นตำแหน่งพิชเชอร์ยอดเยี่ยมแห่งปีของทีมซานดิเอโก้ แพดเรส ​​ประจำปี 2006 ในลีกรอง หลังจากทำสถิติชนะ 10 แพ้ 11 พร้อมกับเกมครบ 4 เกม เกมปิดสกอร์ 2 เกม และค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม (ERA) 3.08 จากการลงสนาม 28 นัด ระหว่างทีมเลค เอลซินอร์ สตอร์มใน ระดับ Class-A Advanced และทีมโมบายล์ เบย์แบร์ส ในระดับ Double-A เขาได้รับเลือกเป็น ออลสตาร์กลางฤดูกาล ของแคลิฟอร์เนียลีกขณะเล่นให้กับเลค เอลซินอร์ เอ็กสตรอมเป็นหนึ่งในผู้นำขององค์กร โดยครองอันดับสองร่วมในด้านจำนวนชัยชนะ อันดับสามในด้านค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม (ERA) และอันดับห้าในด้านจำนวนการตีลูกออก (strikeouts) ด้วยจำนวน 117 ครั้ง เขายังครองอันดับสามร่วมในเซาเทิร์นลีกด้วยเกมครบ 3 เกม

ในฤดูกาล 2008เอ็กสตรอมมีสถิติ 0–2 ด้วย ERA 7.45, ตีเอาท์ 6 ครั้ง และเดิน 7 ครั้ง และทำให้คู่แข่งมีค่าเฉลี่ยการตีเพียง .222 ใน 4 เกมเยือนกับทีมแพดเรส ​​สัญญาของเขาถูกซื้อมาจากทีมซานอันโตนิโอ มิชชั่นส์ ระดับดับเบิลเอ เมื่อวันที่ 6 กันยายน เขาเปิดตัวในเมเจอร์ลีกเบสบอลเมื่อวันที่ 10 กันยายน2008โดยตีเอาท์แมนนี่ รามิเรซและขว้าง 2 อินนิ่งโดยไม่เสียแต้ม^{[ 1 ]}เขาลงเล่น 41  เกม โดยเป็นตัวจริง 15 เกม กับทีมมิชชั่นส์ และมีสถิติ 11–8 พร้อมเซฟ 1 ครั้ง และ ERA 4.58 ด้วยการตีเอาท์ 101 ครั้ง เทียบกับเดิน 34 ครั้ง เขารั้งอันดับสองในเท็กซัสลีกในด้านจำนวนชัยชนะ และมีสถิติ 7–3 พร้อมเซฟ 1 ครั้ง และ ERA 2.57 (ในการลงเล่นเป็นตัวสำรอง 26 เกมกับซานอันโตนิโอ) เอ็กสตรอมเข้าร่วมในอริโซนาฟอลล์ลีก ปี 2008 ในฐานะสมาชิกของทีมพีโอเรีย ซากัวรอส

เอ็กสตรอมมีสถิติชนะ 4 แพ้ 2 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 1.73 ใน 42 เกม โดยลงเล่นเป็นตัวจริง 1 เกมกับทีม พอร์ตแลนด์ บีเวอร์ส ทีม ระดับทริปเปิลเอในบ้านเกิดของเขาในปี 2009 เขาได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นไป เล่นกับทีมซานดิเอโก ปาเดรส ซึ่งใน 12 เกม เขาทำค่าเฉลี่ยการเสียแต้มได้ 6.38 ในการลงสนาม 18 1/3 อินนิง 

เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2010 เอ็กสตรอมถูกทีมแทมปาเบย์ เรย์ส ดึงตัวไปร่วมทีมผ่านการขอตัว จากรายชื่อผู้เล่นที่ถูกปล่อยตัว ในปี 2010 เอ็กสตรอมมีสถิติชนะ 6 แพ้ 1 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.79 กับทีมเดอร์แฮม บูลส์ (AAA) โดยทำสถิติการตีลูกออก 48 ครั้งใน 58 อินนิง ตลอดระยะเวลาสี่ช่วงเวลาที่เล่นให้กับแทมปา เขาทำสถิติแพ้ 1 ชนะ 0 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 3.31 ใน 16 อินนิง โดยทำสถิติการตีลูกออก 10 ครั้ง

เอ็กสตรอมเซ็นสัญญาระดับไมเนอร์ลีกกับโคโลราโด ร็อกกีส์เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2011 และร็อกกีส์ได้ซื้อสัญญาของเขาเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2012 เอ็กสตรอมมีค่าเฉลี่ย ERA 6.32 โดยลงสนามไป 15.2 อินนิง ใน 15  เกม

เมื่อวันที่ 29 ตุลาคม พ.ศ. 2555 Ekstrom ได้เซ็นสัญญากับทีม Athletics ในลีกรอง ซึ่งรวมถึงคำเชิญเข้าร่วมการฝึกซ้อมช่วงฤดูใบไม้ผลิด้วย^{[ 2 ]}

ในปี 2013 เอ็กสตรอมเซ็นสัญญาระดับไมเนอร์ลีกกับแองเจิลส์ เขาลงเล่น 17  เกมให้กับซอลท์เลค บีส์ ก่อนจะถูกปล่อยตัวในวันที่ 5 สิงหาคม 2013