เขา ก้าวขึ้นมาจากทีมเยาวชนของThisted FCซึ่งเล่นอยู่ในดิวิชั่น 1 ของเดนมาร์ก และเซ็นสัญญาเป็นนักฟุตบอลอาชีพกับสโมสรในวันเกิดของเขาในปี 2009 ^{[ 1 ]}หลังจากโชว์ฟอร์มได้อย่างน่าประทับใจให้กับ Thisted ในฤดูกาล 2010–11 เขาได้ไปทดสอบฝีเท้ากับสโมสรในซูเปอร์ลีกาเดนมาร์กอย่างAaBและEsbjerg fB [ ^{2 ] [ 3 ] Agger}ไม่ได้รับสัญญาจาก AaB แต่ Esbjerg สนใจที่จะเซ็นสัญญากับกองหน้าคนนี้

เมื่อวันที่ 3 สิงหาคม 2554 แอกเกอร์เซ็นสัญญาสี่ปีกับเอสบีเยิร์ก เอฟบี [ ^{4 ] แอก}เกอร์ลงเล่นนัดแรกเพียงสามวันหลังจากเข้าร่วมสโมสร เขาอยู่ในรายชื่อผู้เล่นตัวจริงในการแข่งขันกับเอฟซี ซิดเวสต์ 05ในเดนมาร์ก คัพแต่ต้องออกจากสนามหลังจากผ่านไปเพียง 30 นาทีเนื่องจากอาการบาดเจ็บที่ข้อเท้า^{[ 5 ]}

หลังจากกลับมาจากการยืมตัวที่FC Hjørringแอกเกอร์กลายเป็นตัวเลือกที่สี่ในแนวรุก เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2014 สัญญาของเขาถูกยกเลิก^{[ 6 ]}

ในช่วงตลาดซื้อขายนักเตะฤดูร้อนปี 2012 เอสบีเยร์ก เอฟบี ได้ยืมตัวเคนเนธ ฟาบริซิอุสจากซอนเดอร์ยิสเกทำให้แอกเกอร์กลายเป็นส่วนเกิน ข้อตกลงยืมตัวครึ่งฤดูกาลกับเอฟซี ฮยอร์ริงได้รับการประกาศเมื่อวันที่ 13 สิงหาคม 2012 ^{[ 7 ]}

แอกเกอร์จะถูกปล่อยยืมตัวอีกครั้ง คราวนี้ไปที่เอซี ฮอร์เซนส์ด้วยสัญญาตลอดฤดูกาลในเดือนกันยายน 2013 ^{[ 8 ]}

หนึ่งเดือนหลังจากออกจากเอสบเยิร์ก แอกเกอร์เซ็นสัญญาสองปีกับสโมสรเก่าของเขา ทิสเต็ด เอฟซี^{[ 9 ]}เขาทำประตูในลีกได้ 25 ประตูในฤดูกาลแรก ทำให้เขากลายเป็นผู้ทำประตูสูงสุดของทีมในฤดูกาลนั้น หลังจากฤดูกาลที่ประสบความสำเร็จ แอกเกอร์ได้รับความสนใจจากสโมสรต่างประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสโมสรเอฟซี เซนต์ พอลลีของเยอรมนี^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม แอกเกอร์เลือกที่จะอยู่กับทิสเต็ด และต่อสัญญาออกไปอีกสองปีในเดือนพฤษภาคม 2016 ^{[ 11 ]}

เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2019 Viborg FFประกาศเซ็นสัญญากับ Agger จากสโมสรSarpsborg 08 FFของ นอร์เวย์ ^{[ 12 ]}

หลังจากเล่นให้กับVendsyssel FF หนึ่งฤดูกาล Agger ก็กลับมาที่ Thisted FCอีกครั้งโดยเซ็นสัญญากับสโมสรเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน 2021 ^{[ 13 ]}

เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2567 แอกเกอร์วัย 31 ปี ยืนยันว่าเขาจะยุติอาชีพนักฟุตบอล การตัดสินใจเกษียณของเขาเกิดขึ้นเพื่อให้เขาสามารถใช้เวลาอยู่กับลูกชายที่ป่วยด้วยโรคทางพันธุกรรมที่หายาก^{[ 14 ]}