ในปี ค.ศ. 813 ปีที่ 8 แห่งรัชสมัยหยวนเหอของจักรพรรดิเซียนจงนักเดินทางนามว่าหลิวเฉียน (刘潜) ได้เดินทางมายังหนิงเซียงมณฑลหูหนานเขาได้เห็นหน้าผาสูงชัน ยอดเขาสูงตระหง่าน น้ำตกที่ไหลเชี่ยวกราก น้ำพุที่ส่งเสียงก้อง ต้นไม้สูงใหญ่ และดอกไม้หอมกรุ่นของเทือกเขาเว่ย และเทือกเขาเว่ยมีเจ็ดเขาคล้ายกลุ่มดาวหมีใหญ่หลังจากท่องเที่ยวเสร็จ หลิวเฉียนได้เดินทางไปยังภูเขาไป่จาง (百丈山) ในมณฑลเจียงซีและเล่าให้เพื่อนของเขาไป่จางหวยไห่ ฟังเกี่ยวกับทัศนียภาพทางธรรมชาติที่เขาได้เห็น เขาบอกหวยไห่ว่าที่นั่นเป็นสถานที่ที่ดีในการสร้างวัด หวยไห่จึงทำตามคำแนะนำของหลิวเฉียน สั่งให้ศิษย์ของเขาเหวยซานหลิงโย่วไปที่นั่นเพื่อสร้างวัดและเผยแพร่พุทธศาสนาพื้นบ้าน ในวันที่ 15 สิงหาคม ตามปฏิทินจันทรคติของจีน หลิงโย่วได้เดินทางมาถึงภูเขาเว่ย เขาสร้างกระท่อมสำหรับอยู่อาศัย ในปี 807 ในปีที่สองในสมัยของหยวนเหอแห่งจักรพรรดิเซียนจง ต้าอัน (大安禅师) และหลิงโหย่วได้สร้างวัดหยิงชาน (应禅寺) จากนั้นพวกเขาก็เปลี่ยนชื่อเป็นวัดซานต้า (三塔寺) ^{[ 3 ]}

ในปี ค.ศ. 845 หลังจากการปราบปรามพุทธศาสนาครั้งใหญ่หลิงโย่วได้ยุบวัดและใช้ชีวิตบำเพ็ญเพียรเพื่อเลี้ยงชีพ ในเวลานั้น เสนาบดีเป่ยซิวได้ปลีกตัวไปทำงานในมณฑลหูหนานให้กับผู้ว่าราชการมณฑลจิงโจว เขาเป็นเพื่อนของหลิงโย่ว เขาได้ส่งคัมภีร์พุทธศาสนาจีน ฉบับหนึ่งให้หลิงโย่ ว^{[ 2 ]}

ในปี ค.ศ. 849 จักรพรรดิซวนจงทรงเปลี่ยนชื่อวัดเป็นวัดหมี่หยิน (密印禅寺) ในเวลานั้น เสนาบดีเป่ยซิวได้สร้างวัดหมี่หยิน ขึ้น และเป่ยเหวินเต๋อ (裴文德) บุตรชายคนที่สองของเขาได้บวชเป็นพระแทนองค์รัชทายาท หลิงโย่วได้ตั้งชื่อทางพุทธศาสนาให้เขาว่าฟาไห่ (法海) เขาเป็นพระในนิทานจีนที่มีชื่อเสียงที่สุดเรื่องหนึ่งคือตำนานงูขาว^{[ 2 ]}

เมื่อหลิงโย่วมาถึงภูเขาหยางเมืองอี้ชุนมณฑลเจียงซีเขาได้พบกับพุทธศาสนารูปแบบใหม่ นั่นคือสำนักกุ้ยหยาง^{[ 4 ]}

ในปี ค.ศ. 1104 ในปีที่สามแห่งรัชสมัยของจักรพรรดิฮุ่ยจงวัดมิหยินถูกทำลายด้วยไฟ พระคงหยิน (空印禅师) ได้สร้างขึ้นใหม่^{[ 2 ]}

ในปี ค.ศ. 1370 ในปีที่สามแห่งรัชสมัยของจักรพรรดิ หงหวู่ วัดมิหยินถูกทำลายด้วยไฟ เช่อตัง (彻当禅师) ได้สร้างหอพระพุทธรูปหลายองค์ (万佛殿) ขึ้นใหม่ ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2362 ในปีที่ 47 แห่งรัชสมัยของจักรพรรดิว่านหลี่ วัดมิหยินถูกทำลายด้วยไฟ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2398 ในรัชสมัยของจักรพรรดิซุนจือ ปีที่ 12 หุยซานเฉาไห่ (慧山超海) ได้บูรณะวัดมิหยินและเปลี่ยนรูปแบบทางศาสนาเป็นนิกายรินไซ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2461 วัดมิหยินถูกทำลายด้วยไฟ ผู้ก่อเหตุวางเพลิงคือจางซานหยวน (张三元) ^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2465 พระหยงกวง (永光禅师) ได้ฟื้นฟู พุทธศาสนา สำนักกุ้ยหยางที่วัดแห่งนี้ ท่านได้เชิญพระภิกษุผู้มีชื่อเสียงบางรูปมาเผยแพร่พุทธศาสนาพื้นบ้าน^{[ 2 ]}

เมื่อปี พ.ศ. 2476 พระภิกษุชื่อเปา (僧宝) ได้รวบรวมเงินบริจาคและสร้างวัดมิหยินขึ้นใหม่^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2509 ระหว่างการปฏิวัติวัฒนธรรมวัดมิยินถูกทำลายโดย กองกำลัง พิทักษ์แดง^{[ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2515 วัดมิหยินได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นแหล่งมรดกทางวัฒนธรรมและโบราณสถานประจำจังหวัด^{[ 2 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2548 สมาคมพุทธศาสนาหูหนาน รัฐบาลประชาชนหนิงเซียง และวัดหมี่หยิน ได้ร่วมกันจัด "เทศกาลวัฒนธรรมพุทธศาสนานานาชาติ" ^{[ 5 ]}