โมบิดีบี
 | |
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | ฐานข้อมูล MobiDB เกี่ยวกับคำอธิบายความผิดปกติและการเคลื่อนที่ของโปรตีน |
| ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้ | การระบุการเคลื่อนที่และความผิดปกติของโปรตีน |
| สิ่งมีชีวิต | ทั้งหมด |
| ติดต่อ | |
| ศูนย์วิจัย | ภาควิชาวิทยาศาสตร์ชีวการแพทย์มหาวิทยาลัยปาดัว |
| ห้องปฏิบัติการ | ไบโอคอมพิวติ้ง UP |
| การอ้างอิงหลัก | PMID 29136219 |
| วันที่วางจำหน่าย | ธันวาคม 2560 |
| เข้าถึง | |
| รูปแบบข้อมูล | เจซอน |
| เว็บไซต์ | โมบิดบ์.org |
| URL ของเว็บเซอร์วิส | ดูข้อมูลเพิ่มเติมได้ที่นี่ REST API |
| เบ็ดเตล็ด | |
| ใบอนุญาต | ซีซี บีวาย 4.0 |
| เวอร์ชั่น | 3.0.0 |
| นโยบายการคัดสรร | ใช่ - ทั้งแบบปรับด้วยมือและแบบอัตโนมัติ |
ในชีววิทยาโมเลกุลMobiDB [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]เป็นฐานข้อมูลทางชีววิทยา ที่ได้รับการดูแลจัดการอย่างดี ซึ่งออกแบบมาเพื่อเป็นแหล่งข้อมูลส่วนกลางสำหรับคำอธิบายประกอบของความผิดปกติของโปรตีนโดยธรรมชาติ ความผิดปกติของโปรตีนเป็นลักษณะโครงสร้างที่บ่งบอกถึงโปรตีนจำนวนมาก โดยมีสมาชิกที่โดดเด่นซึ่งรู้จักกันในชื่อโปรตีนที่ไม่มีโครงสร้างโดยธรรมชาติ (หรือโปรตีนที่มีความผิดปกติ)ฐานข้อมูลนี้มีคำอธิบายประกอบสามระดับ ได้แก่ การดูแลจัดการด้วยตนเอง ทางอ้อม และการคาดการณ์ โดยการรวมแหล่งข้อมูลต่างๆ ของความผิดปกติของโปรตีนเข้าไว้ในคำอธิบายประกอบที่เป็นเอกฉันท์ MobiDB มุ่งหวังที่จะให้ภาพที่ดีที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ของ "ภูมิทัศน์ของความผิดปกติ" ของโปรตีนที่สนใจ
แหล่งข้อมูลของ MobiDB
ข้อมูลที่คัดสรรและคำอธิบายเพิ่มเติม
ข้อมูลที่คัดสรรสำหรับ MobiDB ได้รับมาจาก ฐานข้อมูล DisProt [ 4 ]ซึ่งให้ข้อมูลและคำอธิบายความผิดปกติที่สกัดด้วยตนเองจากวรรณกรรม เพื่อเสริมคำอธิบายความผิดปกติ MobiDB ยังมีคำอธิบายเพิ่มเติมจากแหล่งข้อมูลภายนอก:
- UniProt : ข้อมูลจากฐานข้อมูล UniProt ประกอบด้วย สิ่งมีชีวิต ตำแหน่งภายในเซลล์ ความจำเพาะของเนื้อเยื่อ หน้าที่ ไซต์ที่เกี่ยวข้อง บริเวณที่เกี่ยวข้อง การดัดแปลงหลังการแปล และลวดลายเชิงเส้น
- Pfam : ข้อมูลระบุโดเมนโปรตีนจะแสดงในรูปแบบกราฟิกและมีลิงก์ให้ผู้ใช้สามารถเข้าไปดูข้อมูลเพิ่มเติมในหน้า Pfam ที่เกี่ยวข้องได้
- PDB : โครงสร้างทุติยภูมิจะถูกดึงออกมาจากไฟล์ PDB เมื่อมีข้อมูลอยู่ และแสดงผลในรูปแบบกราฟิกและแบบ 3 มิติ
- ข้อความ : ปฏิสัมพันธ์ที่ทราบแล้วซึ่งมีหลักฐานอยู่ใน "ฐานข้อมูล" และ "การทดลอง" จะแสดงอยู่ในตารางที่สามารถเรียงลำดับได้
แหล่งข้อมูลทางอ้อม
- ฐานข้อมูล PDB X-ray : เมื่อทำการทดลองทางผลึกศาสตร์เพื่อพยายามหาโครงสร้างของโปรตีน อาจมีบางกรณีที่ตำแหน่งของกรดอะมิโนบางตัวไม่สามารถระบุได้อย่างแม่นยำ สาเหตุหนึ่งที่เป็นไปได้คือ กรดอะมิโนนั้นเป็นส่วนหนึ่งของบริเวณที่มีความยืดหยุ่น/ไม่เป็นระเบียบ ด้วยเหตุนี้ กรดอะมิโนที่หายไปในการทดลอง PDB จึงถือเป็นข้อบ่งชี้ถึงความไม่เป็นระเบียบโดยเนื้อแท้
- PDB NMR : ไฟล์ข้อมูลการทดลอง NMR สำหรับการหาโครงสร้างโปรตีนมักมีโมเดลหลายแบบ ซึ่งแสดงถึงโครงสร้างที่แตกต่างกันของโปรตีนชนิดเดียวกัน การคำนวณความแตกต่างระหว่างตำแหน่งของกรดอะมิโนในแต่ละโมเดลจะช่วยให้สามารถวัดระดับการเปลี่ยนแปลงของตำแหน่งเหล่านั้นได้ การเปลี่ยนแปลงนี้สามารถตีความได้ว่าเป็นการวัดความยืดหยุ่นหรือความไม่เป็นระเบียบของโปรตีน เว็บเซิร์ฟเวอร์ MOBI (ซึ่งเป็นที่มาของชื่อฐานข้อมูลนี้) จะทำการคำนวณนี้โดยอัตโนมัติ โดยรับไฟล์ในรูปแบบ PDB เป็นข้อมูลนำ เข้า
การคาดการณ์
ในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา มีการฝึกฝน ตัวทำนายความผิดปกติของโปรตีนภายในจำนวนมาก โดยส่วนใหญ่ได้รับการฝึกฝนให้เลียนแบบลักษณะของคำอธิบายประกอบที่ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ เนื่องจากปัจจุบัน MobiDB ครอบคลุมชุดลำดับ UniProt ทั้งหมด ตัวทำนายที่รวมอยู่จึงต้องทำงานได้อย่างรวดเร็วมาก ตัวทำนายสิบตัวที่รวมอยู่ในปัจจุบัน (ESpritz ในสามเวอร์ชัน, IUPred ในสองเวอร์ชัน, DisEMBL ในสองเวอร์ชัน, GlobPlot, VSL2b และ JRONN) ทำให้ MobiDB สามารถให้คำอธิบายประกอบความผิดปกติของโปรตีนทุกตัวได้ แม้ว่าจะไม่มีข้อมูลที่ได้รับการคัดกรองหรือข้อมูลทางอ้อมก็ตาม
ฉันทามติ MobiDB
เพื่อให้ได้คำอธิบายที่ดีที่สุดสำหรับโปรตีนที่กำหนด MobiDB จึงรวมแหล่งข้อมูลทั้งหมดเข้าด้วยกันเป็นคำอธิบายที่เป็นเอกฉันท์ คำอธิบายนี้แตกต่างจากคำอธิบายที่มาจากแหล่งข้อมูลแต่ละแหล่งตรงที่มันมีสถานะที่สาม นอกเหนือจาก "มีโครงสร้าง" และ "ไม่มีโครงสร้าง" นั่นคือ เมื่อแหล่งข้อมูลที่น่าเชื่อถือสองแหล่งมีความเห็นไม่ตรงกัน มันจะแสดงบริเวณนั้นเป็น "คลุมเครือ" ด้วยคำอธิบายที่มีอยู่ในปัจจุบัน ความขัดแย้งนี้เกิดขึ้นเมื่อแหล่งข้อมูลที่คัดกรองด้วยตนเองระบุบริเวณหนึ่งว่าไม่มีโครงสร้าง แต่มีโครงสร้าง PDB สำหรับบริเวณเดียวกันนั้นอยู่
เว็บไซต์
เว็บไซต์ MobiDB มีอินเทอร์เฟซให้ผู้ใช้ค้นหาโดยใช้ UniProt ID ชื่อโปรตีน หรือข้อความอิสระ หลังจากส่งข้อมูลแล้ว ผู้ใช้จะได้รับรายการโปรตีนแต่ละรายการพร้อมข้อมูลเกี่ยวกับความผิดปกติที่รวบรวมจากแหล่งต่างๆ รวมถึงการทำนายความผิดปกติแบบฉันทามติ
เว็บเซิร์ฟเวอร์ MobiDB มี เอนด์พอยต์ RESTful หลายตัว ที่อนุญาตให้เข้าถึง MobiDB และดึงข้อมูลประเภทต่างๆ ได้โดยใช้โปรแกรม เส้นทาง GET ที่ใช้งานได้นั้นให้การเข้าถึงข้อมูล UniProt, STRING, Pfam และข้อมูลความผิดปกติในรูปแบบJSON
ลิงก์ภายนอก
- หน้าแรกของ MobiDB