กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 5 นาที

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ ( MODs ) คือ ฐานข้อมูลทางชีววิทยา หรือฐานความรู้ ที่มุ่งเน้นการจัดหาข้อมูลทางชีววิทยาเชิงลึกสำหรับ สิ่งมีชีวิตต้นแบบที่ ได้รับการศึกษาอย่างเข้มข้น MODs...

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ ( MODs ) คือฐานข้อมูลทางชีววิทยาหรือฐานความรู้ ที่มุ่งเน้นการจัดหาข้อมูลทางชีววิทยาเชิงลึกสำหรับสิ่งมีชีวิตต้นแบบที่ ได้รับการศึกษาอย่างเข้มข้น MODs ช่วยให้นักวิจัยสามารถค้นหาข้อมูลพื้นฐานเกี่ยวกับชุดยีนขนาดใหญ่ วางแผนการทดลองได้อย่างมีประสิทธิภาพ บูรณาการข้อมูลของตนกับความรู้ที่มีอยู่ และกำหนดสมมติฐานใหม่ได้[ 1 ] [ 2 ] MODs ช่วยให้ผู้ใช้สามารถวิเคราะห์ผลลัพธ์และตีความชุดข้อมูลได้ และข้อมูลที่สร้างขึ้นนั้นถูกนำมาใช้มากขึ้นเรื่อยๆ เพื่ออธิบายสายพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างละเอียด[ 1 ]เท่าที่เป็นไปได้ MODs จะใช้แนวทางร่วมกันในการรวบรวมและนำเสนอข้อมูลทางชีววิทยา ตัวอย่างเช่น MODs ทั้งหมดใช้Gene Ontology (GO) [ 3 ] [ 4 ]เพื่ออธิบายหน้าที่ กระบวนการ และตำแหน่งในเซลล์ของผลิตภัณฑ์ยีนเฉพาะ นอกจากนี้ยังมีโครงการที่ช่วยให้สามารถแบ่งปันซอฟต์แวร์สำหรับการดูแลจัดการ การแสดงภาพ และการสอบถามระหว่าง MODs ต่างๆ ได้[ 5 ]อย่างไรก็ตาม ความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตและความต้องการของผู้ใช้ที่แตกต่างกัน หมายความว่า MODs มักจะต้องปรับแต่งการรวบรวม การแสดงผล และการจัดหาข้อมูล[ 1 ]

ประเภทของข้อมูลและบริการ

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบสร้าง จัดหา และรวบรวมข้อมูลเฉพาะสายพันธุ์อย่างครบวงจร โดยผสมผสานความรู้จากผู้เชี่ยวชาญ การคัดกรองเอกสาร และชีวสารสนเทศ

บริการที่จัดให้แก่ชุมชนวิจัยทางชีววิทยา ได้แก่:

  • คำอธิบายลำดับจีโนม
    • ตำแหน่งของยีนและบริเวณควบคุมในจีโนม
  • การคัดกรองเชิงหน้าที่ของผลิตภัณฑ์ยีน
    • ระบุหน้าที่ที่ผลิตภัณฑ์ของยีนทำโดยพิจารณาจากข้อมูลหลากหลายประเภท รวมถึง คำอธิบายประกอบ Gene Ontology (GO), ลักษณะทางฟีโนไทป์, การแสดงออกของยีน และข้อมูลวิถีทางชีวภาพ
  • คำอธิบายลำดับโปรตีน/อาร์เอ็นเอ
  • ข้อมูลทางกายวิภาค
  • ศูนย์จำหน่ายสินค้า
  • ออร์โธโลยี

รายชื่อฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ

ชื่อสามัญ ชื่อวิทยาศาสตร์ หน้าวิกิพีเดีย การเชื่อมโยงฐานข้อมูลออก
ยีสต์ทำขนมปัง แซคคาโรไมซีส เซเรวิเซียฐานข้อมูลจีโนมของยีสต์ SaccharomycesSGD [ 6 ]
ยีสต์ฟิชชัน Schizosaccharomyces pombeปอมเบสPomBase [ 7 ]
กบมีเล็บ กบเซโนปัสเซนเบสXenbase [ 8 ] [ 9 ]
เม่นทะเล ดาวทะเล ฯลฯ เอคิโนเดอร์มาตาเอคิโนเบสเอคิโนเบส[ 10 ]
แมลงวันผลไม้ แมลงวันผลไม้ฟลายเบสฟลายเบส[ 11 ]
ผึ้ง ต่อ มด ไฮเมโนปเทอราฐานข้อมูลจีโนมของแมลงในอันดับ HymenopteraHGD [ 12 ]
หนู มัส มัสคูลัสสารสนเทศจีโนมหนูMGI [ 13 ]
ไส้เดือนฝอย Caenorhabditis elegansเวิร์มเบสWormBase [ 14 ]
หนู หนู Rattus norvegicusฐานข้อมูลจีโนมหนูRGD [ 15 ]
อะมีบาสังคม ดิกติโอสเตเลียม ดิสคอยเดียมฐานข้อมูลdictyBase [ 16 ]
ซิลิเอต เตตระไฮเมนา เทอร์โมฟิลาฐานข้อมูลจีโนม Tetrahymenaทีจีดี
ธาเลเครส อาราบิโดปซิส ทาเลียน่าแหล่งข้อมูลอะราบิโดปซิสTAIR [ 17 ]
ข้าวโพด Zea mays ssp. mays- MaizeGDB [ 18 ] [ 19 ]
ถั่วเหลือง ไกลซีน โซจาฐานถั่วเหลืองโซยเบส[ 20 ]
ปลาซีบราฟิช ดานิโอ เรริโอเครือข่ายข้อมูลปลาซีบราฟิชZFIN [ 21 ]
- แคนดิดา อัลบิแคนส์- CGD [ 22 ]
- เอสเชอริเชีย โคลีอีโคไซล์อีโคไซค[ 23 ]
แบคทีเรียในหญ้าแห้ง แบคซิลลัส ซับทิลิส- ซับติวิกิ[ 24 ]
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Model_organism_database&oldid=1347866410 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ ( MODs ) คือ ฐานข้อมูลทางชีววิทยา หรือฐานความรู้ ที่มุ่งเน้นการจัดหาข้อมูลทางชีววิทยาเชิงลึกสำหรับ สิ่งมีชีวิตต้นแบบที่ ได้รับการศึกษาอย่างเข้มข้น MODs...

ประเภทของข้อมูลและบริการ

ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบสร้าง จัดหา และรวบรวมข้อมูลเฉพาะสายพันธุ์อย่างครบวงจร โดยผสมผสานความรู้จากผู้เชี่ยวชาญ การคัดกรองเอกสาร และชีวสารสนเทศ

รายชื่อฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ

ชื่อสามัญ ชื่อวิทยาศาสตร์ หน้าวิกิพีเดีย การเชื่อมโยงฐานข้อมูลออก ยีสต์ทำขนมปัง แซคคาโรไมซีส เซเรวิเซีย ฐานข้อมูลจีโนมของยีสต์ Saccharomyces SGD [ 6 ] ยีสต์ฟิชชัน Schizosaccharomyces pombe ปอมเบส PomBase [ 7 ] กบมีเล็บ กบเซโนปัส เซนเบส Xenbase [ 8 ] [ 9 ]...