ความโดดเดี่ยวของเกาะเหล่านี้ช่วยปกป้องพวกมันจากสัตว์นักล่าและทำให้พวกมันเป็นแหล่งหลบภัยที่เหมาะสำหรับการผสมพันธุ์ของนกทะเล โดยเฉพาะ นกทะเลปากแดง (White-faced storm-petrel) จำนวน ห้าพันห้าร้อย ตัว ซึ่งในช่วงฤดูร้อนจะวางไข่ในโพรงในทรายร่วนของเกาะมิดเดิล (Middle Island) ในเวลากลางวันพวกมันจะออกหากินในทะเล โดยกินกุ้งและปลาเล็กๆ และกลับมาในเวลากลางคืนเพื่อป้อนอาหารลูกนก แม้ว่าจะมีจำนวนน้อยกว่าที่ ป้อมเซาท์แชนเนล (South Channel Fort) ที่อยู่ใกล้เคียง แต่เกือบหนึ่งในสี่ของนกทะเลปากแดงในวิกตอเรียก็มาผสมพันธุ์บนเกาะมัด (Mud Islands)

นกนางนวลสีเงินมีจำนวนมากกว่านั้นมาก ในช่วงครึ่งหลังของศตวรรษที่ 20 ประชากรนกนางนวลที่ผสมพันธุ์เพิ่มขึ้นเป็นประมาณ 100,000 ตัว หากมีโอกาส นกนางนวลจะโจมตีไข่และลูกนกของนกทะเลชนิดอื่นที่กำลังผสมพันธุ์ ผลกระทบดังกล่าวอยู่ระหว่างการศึกษา

นกทะเลชนิดอื่นๆ ที่ทำรังบนเกาะมัด ได้แก่ นกนางนวลหงอนเกือบพันตัวซึ่งเป็นหนึ่งในอาณานิคมที่ใหญ่ที่สุดในรัฐวิกตอเรีย และเป็นอาณานิคมเดียวใน อ่าว พอร์ตฟิลลิป นอกจากนี้ นกนางนวลแคสเปียนที่มาทำรังประมาณสิบกว่าคู่ก็มีความสำคัญต่อเกาะนี้เช่นกันและในปี 1983 และ 1986 ยังมีนกกระทุงออสเตรเลีย หลายคู่ มา ทำรังที่นี่ ด้วย นกเพนกวินตัวเล็กและนกนางนวลแฟรี่เคยมาทำรังที่นี่ในอดีตนกนางนวลธรรมดาก็มาพักอาศัยอยู่เป็นจำนวนมากเป็นพิเศษ โดยเคยพบเห็นมากถึง 260 ตัวพร้อมกันบนเกาะนี้

โคลนซึ่งเป็นที่มาของชื่อเกาะเหล่านี้เป็นแหล่งอาหารชั้นเยี่ยมสำหรับนกชายฝั่งอพยพมากกว่า 1% ของประชากรนกชายฝั่งสี่ชนิดที่รู้จักกันในออสเตรเลีย ได้แก่ นกชายหาดทองแปซิฟิก นกชายหาดสีเทา นกชายหาดทรายเล็ก และนกพลิกหินสีแดงใช้เวลาช่วงฤดูร้อนอยู่รอบๆ เกาะมัด มากกว่า 5% ของประชากรนกเด้าลมแดงนกเด้าลมใหญ่นกคูร์ลูตะวันออกและนกปากซ่อมหางลาย ในรัฐวิกตอเรีย หากินในอ่าวสวอนทางตะวันตก แต่จะเกาะพักบนเกาะในช่วงน้ำขึ้น นกชายฝั่งประจำถิ่นสองชนิด ได้แก่ นกนางแอ่นทะเลลายและนกชายหาดหัวแดงผสมพันธุ์เป็นประจำในส่วนที่ไม่ถูกรบกวนของเกาะ

นกบกจำนวนน้อยเท่านั้นที่อาศัยอยู่ประจำบนเกาะอย่างถาวร แม้ว่าหลายชนิดจะแวะมาและอาจผสมพันธุ์บนเกาะก็ตาม นกไอบิสคอฟาง จำนวนมาก และ นกไอบิสขาวออสเตรเลีย (ในระดับที่น้อยกว่า) ทำรังและเกาะนอนบนเกาะเหล่านี้ และบินไปยังแผ่นดินใหญ่เพื่อหาอาหารทุกวัน นกรางเลวิน บางครั้งก็ผสมพันธุ์ในพื้นที่ชุ่มน้ำเค็ม แต่เนื่องจากมันขี้อายมาก จึงไม่ค่อยมีการบันทึกการทำ รัง นกแก้วท้องส้มหายากมากถึง 100 ตัวเคยถูกพบเห็นบนเกาะในช่วงฤดูหนาว เมื่อพวกมันอพยพไปยังแผ่นดินใหญ่ของออสเตรเลียจากแทสเมเนียอย่างไรก็ตาม ตั้งแต่กลางศตวรรษที่ 20 จำนวนของพวกมันลดลง อาจเป็นเพราะจำนวนนกนางนวลที่เพิ่มขึ้นได้เปลี่ยนองค์ประกอบทางเคมีของดินและพืชพรรณที่นกแก้วกินเป็นอาหาร ถึงกระนั้น เกาะเหล่านี้ก็เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยที่สำคัญสำหรับสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ชนิดนี้ ฉลาม วาฬสีบรอนซ์เป็นที่ทราบกันว่าผสมพันธุ์รอบๆ เกาะเหล่านี้