คณะกรรมการวิจัยและทำเครื่องหมายทางประวัติศาสตร์ของฟิลิปปินส์ถูกสร้างขึ้นโดยผู้ว่าการทั่วไปของสหรัฐฯแฟรงค์ เมอร์ฟีตามคำสั่งบริหารที่ 451 เพื่อระบุและทำเครื่องหมาย "โบราณสถาน" แห่งแรกในมะนิลาจากนั้นจึงขยายไปทั่วฟิลิปปินส์ ซึ่งเป็นขั้นตอนแรกสู่การอนุรักษ์^{[ 4 ]}โบสถ์ซานออกัสตินป้อมซานติอาโกจัตุรัสแมคคินลีย์มหาวิหารโรมันคาทอลิกแห่งมะนิลาโบสถ์ซานเซบาสเตียน วิทยาลัยคอนคอร์เดียบริษัทรถไฟมะนิลาดร.ลอเรนโซ เนกราโอ และมหาวิทยาลัยซานโตโทมัส (บริเวณอินทรามูรอ ส) เป็นหนึ่งในสิ่งก่อสร้างแรกๆ ที่ได้รับเครื่องหมายทางประวัติศาสตร์

ในระยะแรก การติดตั้งเครื่องหมายจำกัดอยู่เฉพาะการระบุโบราณสถานในกรุงมะนิลาเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ต่อมาขอบเขตอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการได้ขยายไปครอบคลุมทั่วประเทศฟิลิปปินส์ เครื่องหมายหลายแห่งถูกทำลายหรือสูญหายไปเนื่องจากสงครามโลกครั้งที่สองพร้อมกับสิ่งก่อสร้างที่เครื่องหมายเหล่านั้นเป็นตัวแทน และหลายแห่งได้ถูกแทนที่ด้วยเครื่องหมายที่สร้างขึ้นหลังสงคราม

คณะกรรมการชุดแรกนี้ประกอบด้วย วอลเตอร์ ร็อบบ์ นักข่าวชาวอเมริกัน ซึ่งดำรงตำแหน่งประธาน; เอช. ออตลีย์ เบเยอร์ นักมานุษยวิทยาชาว อเมริกัน ซึ่งต่อมาได้รับการยกย่องว่าเป็นบิดาแห่งมานุษยวิทยาฟิลิปปินส์; บาทหลวงมิเกล เซลกา เอสเจ นักบวชเยซูอิตชาวสเปน; เอ็ดเวิร์ด ไฮด์ คณบดีคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยฟิลิปปินส์ ; และชาวฟิลิปปินส์ ได้แก่ไฮเม ซี. เดอ เวรา , คอนราโด เบนิเตซและยูโลจิโอ บาลัน โรดริเกซ

เมื่อมีการก่อตั้งเครือจักรภพฟิลิปปินส์ในปี 1935 ประธานาธิบดีมานูเอล แอล. เกซอนได้ลงนามในคำสั่งบริหารหมายเลข 91 ในปี 1937 เพื่อจัดตั้งคณะกรรมการประวัติศาสตร์ฟิลิปปินส์ (PHC) ซึ่งรับหน้าที่ต่อจากหน่วยงานก่อนหน้า รวมถึงภารกิจในการซ่อมแซมโบราณวัตถุที่เป็นของรัฐบาลและจัดหาโบราณวัตถุที่เป็นของเอกชน^{[ 5 ] [ 4 ]}แม้ว่าจะมีป้ายบอกสถานที่ทางประวัติศาสตร์ที่ออกในปี 1941 (เช่นไม้กางเขนของแมเจลลัน , มหาวิหารซานโต นิโญ , การยิงนัดแรกของสงครามฟิลิปปินส์-อเมริกา , วิทยาลัยซานฮวน เดอ เลตรันและพระราชวังมาลาคานัง ) แต่ก็ไม่มีบันทึกกิจกรรมของคณะกรรมการในช่วงที่ญี่ปุ่นยึดครองฟิลิปปินส์ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง เนื่องจากคณะกรรมการได้ปิดตัวลงเพื่อประท้วง

ในช่วงปีแห่งการฟื้นฟูหลังสงคราม คณะกรรมการ ประวัติศาสตร์ฟิลิปปินส์ (PHC) ทำงานอย่างหนักเนื่องจากรัฐบาลให้ความสนใจใน "การฟื้นฟูอดีตเพื่อเป็นเครื่องมือในการสร้างชาติ" คณะกรรมการนี้ได้รับการจัดตั้งขึ้นใหม่หกเดือนหลังจากการ ได้รับเอกราชของฟิลิปปินส์ ในปี 1946 โดยในตอนแรกอยู่ภายใต้สำนักงานประธานาธิบดี จากนั้นจึงย้ายไปอยู่ภายใต้กระทรวงศึกษาธิการ ในช่วงเวลานั้น คณะกรรมการได้ติดตั้งป้ายบอกสถานที่ทางประวัติศาสตร์กว่า 400 แห่งทั่วประเทศ ตั้งชื่อและเปลี่ยนชื่อถนน จัตุรัส เมือง และสถานที่สาธารณะอื่นๆ และได้มาซึ่งสถานที่และโบราณวัตถุของวีรบุรุษ

ขณะที่ประเทศกำลังฟื้นฟูตัวเอง กฎหมายได้จัดตั้งคณะกรรมการทางประวัติศาสตร์อื่นๆ ขึ้นอีกหลายคณะ เพื่อรำลึกถึงวันครบรอบ 100 ปีวันเกิดของวีรบุรุษชาวฟิลิปปินส์ต่างๆ ในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 คณะกรรมการเหล่านี้ทั้งหมดได้รวมกันเป็นคณะกรรมการวีรบุรุษแห่งชาติซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1963 ในที่สุด

In July 1965, Congress passed Republic Act No. 4368 that created the National Historical Commission (NHC) and effectively abolished the Philippine Historical Committee and the National Heroes Commission whose functions were delegated to the NHC. Among the functions of the NHC are the following: to publish or cause to have written or published the works of our national heroes and other great and good Filipinos; to compile from various sources here and abroad data on Philippine history and prepare and publish there from source books on Philippine history; to identify, designate and approximately mark historic places in the Philippines and to cause the construction or reconstruction and to maintain and care for national monuments, shrines and historic markers that have been erected; to take charge of all historical activities or projects not otherwise undertaken by any entity of the government; to gather data on historical dates, personages, events, and documents presented for evaluation, and to acquire through purchase, donation, exchange or otherwise, important historical documents and materials; and to encourage researches in Philippine history and the writing and publication of textbooks on the subject, the research and writing of biographies of heroes, accounts of historical events, translations of important scholarly works of Filipinos and foreigners by providing appropriate or adequate incentives.^[6]

In 1972, President Ferdinand Marcos' declaration of martial law resulted in a reorganization of government and the renaming of the NHC as the National Historical Institute.

On May 12, 2010, President Gloria Macapagal-Arroyo signed Republic Act No. 10086, or the law reverting the National Historical Institute into its original form as the National Historical Commission of the Philippines.^[7]