คณะกรรมการวางแผนมหาวิทยาลัยแห่งชาติจีหนาน ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 1991 เพื่อจัดตั้งมหาวิทยาลัยที่มีพันธกิจดังต่อไปนี้:

1. เพื่อเพิ่มโอกาสทางการศึกษาในระดับสูง ให้มากขึ้น
2. เพื่อพัฒนาการศึกษาของชาวไต้หวันในต่างแดน
3. เพื่อสนับสนุนการพัฒนาอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแผนพัฒนาแห่งชาติระยะ 6 ปีของไต้หวัน
4. เพื่อสร้างความสมดุลในการพัฒนาด้านวัฒนธรรมและการศึกษาในแต่ละภูมิภาค

ที่ดินซึ่งเคยเป็นกรรมสิทธิ์ของบริษัทผลิตน้ำตาลไต้หวันถูกเลือกให้เป็นที่ตั้งของมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2535 การก่อสร้างระยะแรกของมหาวิทยาลัยแล้วเสร็จในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2538 นักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา รุ่นแรก เริ่มเข้าเรียนในเดือนกันยายน พ.ศ. 2538 และนักศึกษาระดับปริญญาตรีรุ่นแรกเริ่มลงทะเบียนในเดือนกันยายน พ.ศ. 2539 พร้อมกับการเปิดมหาวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ

เมื่อเกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ที่จี้จี้มณฑลหนานโถวเมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2542 (921) อาคารหลักและหอพักทั้งหมดในมหาวิทยาลัยได้รับความเสียหายอย่างหนัก และมหาวิทยาลัยก็สูญเสียอุปกรณ์และโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญไปเป็นจำนวนมาก อธิการบดีริคาร์ด ลี ได้นำการอพยพนักศึกษาทั้งหมดเป็นเวลาสามวัน และย้ายไปเรียนชั่วคราวที่มหาวิทยาลัยแห่งชาติไต้หวันในกรุงไทเปเป็นเวลาหนึ่งภาคการศึกษา การบูรณะมหาวิทยาลัยส่วนใหญ่แล้วเสร็จในอีกหกเดือนต่อมา นักศึกษาและทุกคณะจึงกลับเข้าสู่มหาวิทยาลัยในภาคการศึกษาถัดไป