ในปี 2552 เมื่อฟุตบอลไทยกำลังได้รับความนิยมมากขึ้นเรื่อยๆ โดยทีมฟุตบอลอาชีพทุกทีมได้รับคำสั่งให้จดทะเบียนและจัดตั้งเป็นบริษัทจำกัดอย่างถูกต้อง สถานการณ์จึงเกือบจะถึงจุดที่ใครๆ ก็สามารถจดทะเบียนเป็นเจ้าของสโมสรฟุตบอลได้ ในเวลานั้น ระยอง ไทย พรีเมียร์ลีก เข้ามาเป็นเจ้าของและเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น ราชนาวี ระยอง อย่างไรก็ตาม สองฤดูกาลต่อมากองทัพเรือไทยตัดสินใจนำทีมกลับมาควบคุมและเปลี่ยนชื่อเป็น สยามนาวี จากนั้นสโมสรฟุตบอลจึงย้ายจากระยองไปอยู่ที่สัตหีบจังหวัดชลบุรี

ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาลแข่งขันลีกปี 2011 ขณะที่กองทัพเรือกำลังอยู่ในช่วงวุ่นวายหลังจากข้อพิพาทกับเจ้าของสโมสร พวกเขาก็ยังทำผิดพลาดในสนามอีกด้วย เกมเปิดฤดูกาลของพวกเขากับศรีสะเกษถูกตัดสินให้ศรีสะเกษชนะ 2-0 หลังจากเสมอกัน 1-1 ในตอนแรก เนื่องจากสยามเนวีส่งผู้เล่นที่ไม่มีคุณสมบัติลงสนาม ยิ่งไปกว่านั้น สโมสรยังรู้ว่าผู้เล่นคนดังกล่าวไม่สามารถลงเล่นได้ แต่ก็ยังคงเล่นต่อไปโดยหวังว่าจะรอดพ้นจากบทลงโทษใดๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากลีกมักจะมีกฎที่ค่อนข้างหย่อนยาน^{[ 3 ]}

ในปี 2006 สโมสรคว้า แชมป์ ควีนส์คัพ ซึ่งเป็นรายการเปิดฤดูกาล แม้จะเป็นรายการที่ไม่บังคับ แต่ก็เป็นส่วนสำคัญของปฏิทินฟุตบอลไทยในเวลานั้น พวกเขาเอาชนะธนาคารกรุงไทยในรอบชิงชนะเลิศ หลังจากเอาชนะธนาคารกรุงเทพในรอบรองชนะเลิศ

สโมสรแห่งนี้เป็นที่รู้จักกันในวงการฟุตบอลไทยว่าเป็นสโมสรที่ขึ้นๆ ลงๆ ระหว่างลีกสูงสุดและลีกสูงสุดถึง 4 ครั้ง แม้ว่าในทุกครั้งที่เลื่อนชั้นขึ้นมา พวกเขาก็ไม่ได้คว้าแชมป์ก็ตาม

ในปี 2022 นาวีเข้าร่วมแข่งขันในไทยลีก 3ฤดูกาล 2022–23 ซึ่งเป็นฤดูกาลที่ 26 ในลีกอาชีพ สโมสรเริ่มต้นฤดูกาลด้วยความพ่ายแพ้นอกบ้าน 1–2 ต่อจันทบุรี^{[ 4 ]}และจบฤดูกาลด้วยการเสมอในบ้าน 1–1 กับจันทบุรี[ ^{5 ] สโมสร}จบอันดับที่ 11 ในลีกภาคตะวันออก นอกจากนี้ ในการแข่งขันไทยเอฟเอคัพ 2022–23นาวีพ่ายแพ้ให้กับอำนาจเจริญซิตี้ 2–4 ในรอบที่สอง ทำให้ตกรอบ^{[ 6 ]}และในการแข่งขันไทยลีกคัพ 2022–23นาวีพ่ายแพ้ในการดวลจุดโทษ 3–5 ต่ออุทัยธานีในรอบเพลย์ออฟ ทำให้ตกรอบเช่นกัน^{[ 7 ]}

วิคเตอร์ อิกโบเนโฟ (2016)