การแปลของนิค
การแปลแบบ Nick [ 1 ] (หรือการแปลแบบหัว ) ซึ่งพัฒนาขึ้นในปี 1977 โดย Peter Rigby และ Paul Berg เป็น เทคนิค การติดแท็กในชีววิทยาโมเลกุลโดยใช้DNA polymerase I แทนที่นิวคลีโอไทด์บางส่วนของลำดับ DNAด้วยอะนาล็อกที่มีฉลาก ทำให้เกิดลำดับ DNA ที่มีแท็ก ซึ่งสามารถใช้เป็นโพรบในการไฮบริดไดเซชันแบบเรืองแสงในแหล่งกำเนิด (FISH) หรือ เทคนิค บล็ อตติ้ง นอกจาก นี้ยังสามารถใช้สำหรับการติดฉลากด้วยรังสีได้อีก ด้วย [ 2 ]
กระบวนการนี้เรียกว่า "การแปลนิค" เนื่องจาก DNA ที่จะถูกประมวลผลจะถูกบำบัดด้วย DNAase เพื่อสร้าง "นิค" แบบสายเดี่ยว ซึ่งสายหนึ่งจะขาดนิวคลีโอไทด์ จากนั้นจะมีการแทนที่ในตำแหน่งนิคโดยDNA polymerase Iซึ่งจะกำจัดนิวคลีโอไทด์จากปลาย 3' (ปลายน้ำ) ของนิคด้วยกิจกรรม 3'-5' endonuclease และเพิ่มdNTPs ที่ติดฉลากใหม่ จากตัวกลางไปยังปลาย 5' ของนิค ทำให้นิคเคลื่อนไปทางปลายน้ำในกระบวนการ[ 3 ]เพื่อติดฉลากกัมมันตรังสีให้กับชิ้นส่วน DNA เพื่อใช้เป็นโพรบในกระบวนการบล็อตติ้ง นิวคลีโอไทด์ที่รวมอยู่ในปฏิกิริยาตัวใดตัวหนึ่งจะถูกติดฉลากกัมมันตรังสีใน ตำแหน่ง อัลฟาฟอสเฟต โดยมักใช้ฟอสฟอรัส-32 ในทำนอง เดียวกัน สามารถติดฟลูออโรฟอร์แทนสำหรับการติดฉลากด้วยฟลูออเรสเซนต์ หรือแอนติเจนสำหรับการตรวจจับภูมิคุ้มกัน เมื่อ DNA polymerase I แยกตัวออกจาก DNA ในที่สุด มันจะทิ้งนิคอีกอันไว้ในโครงสร้างฟอสเฟต รอยแตกนั้น "เคลื่อนที่" ไปได้ระยะหนึ่ง ขึ้นอยู่กับประสิทธิภาพของเอนไซม์พอลิเมอเรส รอยแตกนี้อาจถูกปิดผนึกโดยเอนไซม์ดีเอ็นเอไลเกสหรือหมู่ไฮดรอกซิล 3' อาจทำหน้าที่เป็นแม่แบบสำหรับการทำงานของเอนไซม์ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส I ต่อไป มีเอนไซม์ผสมสูตรเฉพาะจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ที่สามารถดำเนินการทุกขั้นตอนในกระบวนการนี้ได้ในการบ่มเพียงครั้งเดียว
การแปลรหัสแบบนิค (Nick translation) อาจทำให้เกิดการแตกหักของดีเอ็นเอแบบสองสาย หากเอนไซม์ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส I พบนิคอีกจุดหนึ่งบนสายดีเอ็นเอฝั่งตรงข้าม ส่งผลให้เกิดชิ้นส่วนที่สั้นลงสองชิ้น อย่างไรก็ตาม กระบวนการนี้ไม่มีผลต่อประสิทธิภาพของโพรบที่มีการติดฉลากในการไฮบริดไดเซชันแบบในแหล่งกำเนิด (in-situ hybridization)