จุลินทรีย์ที่ไม่ก่อโรคคือจุลินทรีย์ที่ไม่ก่อให้เกิดโรคอันตราย หรือความตายแก่สิ่งมีชีวิตอื่น คำนี้มักใช้เพื่ออธิบายแบคทีเรีย^{[ 1 ] [ 2 ]}คำนี้อธิบายถึงคุณสมบัติของแบคทีเรีย นั่นคือความไม่สามารถก่อโรคได้ แบคทีเรียส่วนใหญ่ไม่ก่อโรค คำนี้สามารถอธิบายถึงการมีอยู่ของแบคทีเรียที่ไม่ก่อโรคซึ่งปกติอาศัยอยู่บนพื้นผิวของสัตว์มีกระดูกสันหลังและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังในฐานะจุลินทรีย์ ร่วมอาศัย จุลินทรีย์ ที่ ไม่ก่อโรคบางชนิดเป็นจุลินทรีย์ร่วมอาศัยบนและภายในร่างกายของสัตว์และเรียกว่าจุลินทรีย์ประจำถิ่น จุลินทรีย์ที่ไม่ก่อโรคเหล่านี้บางชนิดมีศักยภาพที่จะก่อโรคหรือเป็นจุลินทรีย์ก่อโรคได้ หากพวกมันเข้าสู่ร่างกาย ขยายพันธุ์ และทำให้เกิดอาการติดเชื้อ บุคคล ที่มีภูมิคุ้มกัน บกพร่อง มีความเสี่ยงเป็นพิเศษต่อแบคทีเรียที่ไม่ก่อโรคโดยทั่วไป เนื่องจากระบบภูมิคุ้มกัน บกพร่อง โรคจะเกิดขึ้นเมื่อแบคทีเรียเหล่านี้เข้าสู่ภายในร่างกายยีนที่ระบุได้นั้นทำให้เกิดความเสี่ยงต่อโรคและการติดเชื้อจากแบคทีเรียที่ไม่ก่อโรคในบุคคลจำนวนน้อย^{[ 3 ]} สายพันธุ์ Escherichia coliที่ไม่ก่อโรคซึ่งปกติพบในระบบทางเดินอาหารมีความสามารถในการกระตุ้นการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันในมนุษย์ แม้ว่าจะต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อกำหนดการใช้งานทางคลินิก^{[ 4 ]}

แบคทีเรียสายพันธุ์หนึ่งอาจไม่ก่อโรคในสปีชีส์หนึ่ง แต่ก่อโรคในอีกสปีชีส์หนึ่งได้^{[ 5 ]}สปีชีส์หนึ่งของแบคทีเรียอาจมีหลายประเภทหรือหลายสายพันธุ์ สายพันธุ์หนึ่งของสปีชีส์แบคทีเรียอาจไม่ก่อโรค และอีกสายพันธุ์หนึ่งของสปีชีส์เดียวกันอาจก่อโรคได้^{[ 6 ]}