ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน พ.ศ. 2533 ในชื่อ North York Atletico Argentina Soccer Club และได้รับการยอมรับเข้าเป็นสมาชิกโดย คณะกรรมการ National Soccer Leagueเพื่อเข้าร่วมในฤดูกาล NSL ปี 2534 สนาม Lamport Stadiumเป็นสนามเหย้าแห่งแรกของสโมสร Elio Garro ได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชคนแรกของสโมสร North York ประสบความสำเร็จในฤดูกาลเปิดตัว โดยคว้าแชมป์ Peniche Pre-season Tournament ปี 2534 เอาชนะNorth York RocketsจากCanadian Soccer Leagueในการดวลจุดโทษหลังจากเสมอกัน 1-1 ที่สนาม Lamport Stadium คว้าแชมป์ NSL Ontario Cup ปี 2534 เอาชนะToronto Jets (2-0) และคว้าแชมป์ NSL Canadian Cup Championship เอาชนะ Montreal Dollard (3-2) ที่สนาม Claude Robillard Stadiumในมอนทรีออล รัฐควิเบก^{[ 1 ]}

ในปี 1992 นอร์ท ยอร์ค แพ้ในการแข่งขันชิงแชมป์ซูเปอร์ชีลด์คัพให้กับสการ์โบโรห์ อินเตอร์เนชั่นแนล ซอคเกอร์ คลับ ด้วยสกอร์ 1-0 ถ้วยรางวัล NSL นี้เป็นการแข่งขันเพื่อชิงแชมป์รวมระหว่างแชมป์ลีก NSL และแชมป์ NSL แคนาเดียนคัพ เป็นปีที่สองติดต่อกันที่สโมสรเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศ NSL ออนแทรีโอ คัพ แต่พ่ายแพ้ให้กับโทรอนโต โครเอเชียด้วย สกอร์ 2-1

ในปี 1993 คณะกรรมการ NSL ยอมรับ North York Rockets และWinnipeg Furyจาก CSL ที่ยุบไปแล้ว และเปลี่ยนชื่อเป็น Canadian National Soccer League (CNSL) เพื่อแสดงถึงสถานะระดับชาติที่ได้รับจากสมาคมฟุตบอลแคนาดา ด้วยเหตุนี้ คณะกรรมการ CNSL จึงตัดสินใจย้าย North York ไปยังScarboroughซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการปรับโครงสร้างใหม่ คณะกรรมการ North York Atletico Argentina Soccer Club จึงตัดสินใจใช้ชื่อ Scarborough Astros Soccer Club เพื่อเชื่อมโยงกับเมืองใหม่ และเลือกBirchmount Stadiumเป็นสนามเหย้าแห่งใหม่ มีการเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้นกับฝ่ายบริหารทีมเช่นกัน โดยJorge Armuaได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ช ในปี 1995 รายชื่อผู้เล่นของ Astros ประกอบด้วยผู้เล่นออลสตาร์ CNSL สามคน ได้แก่Paulo Silva , Rene Martin, Roosevelt Angulo, Rick Titus , Patrick ToboและBasil Gorgisนัก เตะทีมชาติอิรัก ^{[ 2 ]}ตลอดฤดูกาล สโมสรทำผลงานไร้พ่ายในการแข่งขัน Umbro Cup ในรอบชิงชนะเลิศ Umbro Cup สการ์โบโรห์เผชิญหน้ากับเซนต์แคทเธอรีนส์วูล์ฟส์แต่พ่ายแพ้ในการดวลจุดโทษ^{[ 3 ]}ในงานเลี้ยงมอบรางวัล CNSL ลาสโล มาร์ตอนฟี ได้รับรางวัลรองเท้าทองคำจากการเป็นผู้ทำประตูสูงสุดของลีกด้วย 12 ประตู^{[ 4 ]}

ในปี 1997 Scarborough Astros ได้รวมกับ North York Talons และรวมรายชื่อผู้เล่นของทั้งสองทีมเข้าด้วยกัน^{[ 5 ]}การเพิ่มผู้เล่นที่โดดเด่นอย่างหนึ่งคือการเซ็นสัญญากับLalo Maradonaน้องชายของDiego Maradona ^{[ 6 ]}น่าเสียดายที่ในช่วงกลางฤดูกาล คณะกรรมการ CNSL ได้สั่งระงับ North York และ Hamilton White Eagles สำหรับฤดูกาลที่เหลือของปี 1997 ในปีต่อมา CNSL ได้รวมกับ Ontario Professional Soccer League ที่ล้มเหลว และก่อตั้งCanadian Professional Soccer Leagueคณะกรรมการ CPSL ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ได้ยอมรับ North York Talons, London City , Toronto CroatiaและSt. Catharines Roma เข้าเป็นสมาชิกในฐานะส่วนหนึ่งของการควบรวมกิจการนี้ และยอมรับพวกเขาในฐานะสมาชิกผู้ก่อตั้ง^{[ 7 ] [ 8 ]} CPSL จะดำเนินการภายใต้การดูแลและการสนับสนุนร่วมกันของOSAจากนั้นคณะกรรมการ CPSL ก็ยอมรับสโมสรใหม่สี่แห่ง ได้แก่Glen Shields , York Region Shooters , Mississauga EaglesและToronto Olympians ต่อมา North York ตกลงตามคำขอของคณะกรรมการ CPSL ที่จะย้ายไปอยู่ที่North Yorkอย่างถาวรและใช้ชื่อ North York Astros Soccer Club และสนาม Esther Shiner Stadiumเป็นสนามเหย้า เพื่อให้ Toronto Olympians ย้ายไปที่ Scarborough และใช้สนาม Birchmount Stadium เป็นสนามเหย้า ในฤดูกาลแรกที่เข้าร่วม CPSL Astros ผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟโดยคว้าตำแหน่งเพลย์ออฟสุดท้าย ในรอบเพลย์ออฟ North York พบกับ Toronto Olympians แต่พ่ายแพ้ไปด้วยคะแนน 5–1 ^{[ 9 ]}ในงานเลี้ยงมอบรางวัลของ CPSL Rene Martin ได้รับ รางวัล MVP ของ CPSL ^{[ 10 ]}

ในปี 1999 แอสโทรส์ได้ว่าจ้างราฟาเอล คาร์บาฮาลเป็นหัวหน้าโค้ช ในสองฤดูกาลที่เขาคุมทีม เขาได้รวบรวมผู้เล่นที่มีประสบการณ์ในยุโรปและNPSL ผู้เล่น ที่เซ็นสัญญาเข้ามาได้แก่ โอนีล บราวน์, พลาตอน คริโวชชโยคอฟ , ปิโอตร์ ลิบิช , อีวาน ยูริซิช , แซม เมเดรอส และอังเดร มาลีเชน คอฟ การ เซ็นสัญญาเหล่านี้ไม่ได้ผล เนื่องจากแอสโทรส์ไม่สามารถคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟได้ทั้งสองฤดูกาล ความสำเร็จที่โดดเด่นอย่างหนึ่งคือ ลิบิช ได้รับรางวัลผู้รักษาประตูยอดเยี่ยมแห่งปีของ CPSL ในปี 2000 ^{[ 11 ]}ในการเตรียมตัวสำหรับฤดูกาล 2001 แอสโทรส์ได้ดึงโทนี่ ลาเฟอร์รารามาเป็นโค้ชทีม ลาเฟอร์ราราได้ดึงเดยาน กลูเชวิช อดีต กอง หน้า ของมอนทรีออลอิมแพ็ค และลูเซียโน มิรันดา เข้ามา และแต่งตั้งอเล็กซ์ นาร์ดี ผู้มากประสบการณ์เป็นกัปตันทีม^{[ 12 ] [ 13 ]}หลังจากผลงานที่ธรรมดา ลาเฟอร์ราราถูกแทนที่โดยผู้ช่วยโค้ช แซม เมเดรอส แม้ว่าผลงานของนอร์ทยอร์กจะดีขึ้นจากฤดูกาลก่อน แต่ก็ยังไม่เพียงพอที่จะคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟ^{[ 14 ]}ลูเซียโน มิแรนดา ได้รับรางวัลผู้รักษาประตูยอดเยี่ยมแห่งปีของ CPSL และเคิร์ต แรมซีย์ ได้รับรางวัลกองหลังยอดเยี่ยมแห่งปีของ CPSL ^{[ 15 ]}

เดยาน กลูเชวิช อดีตกองหน้าของแอสโทรส์ ร่วมกับพาเวล ซาสลาฟสกี้ ได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชร่วมสำหรับฤดูกาล 2002 ^{[ 16 ]}กิเยร์โม คอมป์ตัน ฮอลล์ และ กาเบรียล ซัลเกโรได้เข้าร่วมทีมด้วย ในช่วงฤดูกาลปกติ แอสโทรส์ทำผลงานได้ไม่ดีนักและจบอันดับที่ 5 ในการแข่งขันฝั่งตะวันตก พวกเขาได้รับสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟในฐานะเจ้าภาพจัดการแข่งขัน คู่แข่งของพวกเขาในรอบไวลด์การ์ดคือทีมแกร่งของลีกอย่างมิสซิสซอกา โอลิมเปียนส์ และแอสโทรส์ก็เอาชนะไปได้ด้วยสกอร์ 3–0 ^{[ 17 ]} เรื่องราวสุดเหลือเชื่อของพวกเขายังคงดำเนินต่อไปในรอบรองชนะเลิศ โดยพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับแชมป์ฝั่งตะวันตกอย่างโตรอนโต โครเอเชีย และเอาชนะอุปสรรคได้อีกครั้งด้วยประตูจากฮอลล์ ทำให้จบเกมด้วยชัยชนะ 1–0 ^{[ 18 ]}ในรอบชิงชนะเลิศของ CPSL Championship นอร์ท ยอร์ก ต้องเผชิญหน้ากับแชมป์ฝั่งตะวันออกอย่างออตตาวา วิซาร์ดส์แต่พลาดแชมป์ไปอย่างน่าเสียดายด้วยสกอร์ 2–0 ^{[ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล คอมป์ตัน ฮอลล์ ได้รับรางวัล MVP ของการแข่งขันชิงแชมป์ CPSL และบรูโน อิเอรูลโล ได้รับรางวัลประธาน CPSL ^{[ 22 ] [ 23 ]}

สำหรับฤดูกาล 2003 Zaslavski ได้รับหน้าที่เป็นหัวหน้าโค้ชเต็มตัว และเซ็นสัญญากับFrancisco Dos Santos อดีต กองหน้าของ Toronto Lynx , Vitaliy MishchenkoและBoris Krimus [ ^{24 ] ฤดูกาล}จบลงด้วยผลงานที่ค่อนข้างธรรมดา โดยสโมสรจบอันดับที่ 5 ใน Western Conference และไม่สามารถคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟได้ ฤดูกาล 2003 ถือเป็นช่วงเวลาของการสร้างทีมใหม่สำหรับสโมสร ความสำเร็จที่โดดเด่นที่เกิดขึ้นในช่วงการสร้างทีมใหม่นี้คือ Ierullo ได้รับรางวัล President's Award เป็นครั้งที่สองในปี 2004 ^{[ 25 ]}ในปี 2005 Gluscevic กลับมาเป็นโค้ชให้กับ Astros อีกครั้ง และสามารถคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟได้ ในการแข่งขัน North York พบกับ Toronto Croatia แต่ถูกคัดออกจากการแข่งขันด้วยสกอร์ 1–0 ^{[ 26 ]}ในพิธีมอบรางวัล CPSL Gluscevic ได้รับรางวัลโค้ชแห่งปีของ CPSL และ North York ได้รับรางวัล Fair Play Award ของ CPSL ^{[ 27 ]}

ฤดูกาล 2007 ถือเป็นการกลับมาของราฟาเอล คาร์บาฆาลในฐานะหัวหน้าโค้ช การเซ็นสัญญาของเขารวมถึงอดีตนักเตะUSL อย่างเดวิด ดิปลาซิโด , ไฮดาร์ อัล-ชาอิบานี , เซลวิน แลมมี และดิเอโก มาราโดนา (ลูกชายของลาโล มาราโดนา) ^{[ 28 ]}คาร์บาฆาลประสบความสำเร็จในการปรับปรุงผลงานของทีม โดยแอสโทรส์ผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ฤดูกาล 1998 โดยไม่ต้องได้บายในรอบเพลย์ออฟ คู่แข่งของพวกเขาในรอบแรกของเพลย์ออฟคือโตรอนโต โครเอเชีย หลังจากที่โครเอเชียขึ้นนำ 2-0 พวกเขาก็กลับมายิงได้ 4 ประตูเพื่อเขี่ยทีมนอร์ธยอร์กออกจากการแข่งขัน^{[ 29 ]}เจ้าของทีมอย่างเอรูลโลได้รับรางวัลแฮร์รี พอล เกาส์เป็นครั้งที่ 3 ในอาชีพของเขา^{[ 30 ]}เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับฤดูกาล 2008 คาร์บาฮาลได้เสริมทัพด้วยการเซ็นสัญญากับนักเตะทีมชาติบาฮามาสอย่างแฮปปี้ ฮอลล์ , โก นากาโอกะ , ฟรังโก ลัลลี , คาร์ลอ ส เซบาลลอส และแอนโทนี บาฮาดูร์ นอร์ท ยอร์ค ทำผลงานได้ดีในฤดูกาลนั้น โดยจบอันดับรองชนะเลิศในดิวิชั่นแห่งชาติ ซึ่งเป็นอันดับสูงสุดของสโมสรในฤดูกาลปกติของ CSL ในรอบก่อนรองชนะเลิศ แอสโทรส์ต้องเผชิญหน้ากับไวท์อีเกิลส์จากเซอร์เบียแต่พ่ายแพ้ไป 2–1 ^{[ 31 ]}รางวัลโค้ชแห่งปีของ CSL ตกเป็นของคาร์บาฮาล และเซบาลลอสได้รับรางวัลกองหลังแห่งปี^{[ 32 ]}

หลังจากที่คาร์บาฮาลจากไป แอสโทรส์ก็ต้องเผชิญกับช่วงเวลาการสร้างทีมใหม่ที่ยากลำบาก นอร์ทยอร์กได้ใช้บริการของอูร์ ชีเมน , วลาดิมีร์ คลินอฟสกี , ไมเคิล ริดเอาท์ และเกราร์โด เลซกาโน ในฐานะหัวหน้าโค้ช^{[ 33 ]}แอสโทรส์จบอันดับท้ายตารางติดต่อกันถึงสี่ฤดูกาล ในปี 2010 แอสโทรส์ได้บรรลุข้อตกลงกับนอร์ทยอร์ก ฮาร์ทส์ เอสซี เพื่อทำหน้าที่เป็นสโมสรป้อนผู้เล่น^{[ 34 ] [ 35 ]}ในเดือนพฤษภาคม 2013 สโมสรได้รวมกับองค์กรโทรอนโต วาซาส เพื่อก่อตั้งแอสโทรส์ วาซาส เอฟซี^{[ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]}ลาซโล คิสส์ผู้มีประสบการณ์ในวงการฟุตบอลยุโรป ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชคนใหม่ แอสโทรส์ได้รับการเสริมทัพเพิ่มเติมหลังจากได้สิทธิ์ผู้เล่นจากมิสซิสซอกา อีเกิ ลส์ คิสส์ได้รวบรวมรายชื่อผู้เล่นซึ่งประกอบด้วยโจอี้ เมโล , อิกอร์ ปิซานจุกและเอริก ลุปตัก^{[ 39 ]}ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาล ทีมประสบปัญหาในการทำผลงาน ซึ่งส่งผลให้ต้องเปลี่ยนโค้ชจาก Kiss เป็น Lezcano Lezcano สามารถทำผลงานได้ดีพอที่จะพยายามครั้งสุดท้ายเพื่อคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟ น่าเสียดายที่ Astros พลาดไปเพียง 1 คะแนน ทำให้ไม่สามารถคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟได้

ในปี 2014 โจเซฟ คอมโลดี ได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ช และได้ดึงตัวผู้เล่นมากประสบการณ์จาก CSL อย่างเกบ กาลา , บอริส มิลิซิช , มาร์ค ยานโควิช และเจสัน โลเปส มาร่วมทีม ในช่วงกลางฤดูกาล คอมโลดีได้ลาออก และอิกอร์ ปิซานจุก ทำหน้าที่เป็นผู้เล่น-โค้ช ปิซานจุกนำทีมแอสโตรส์เข้าสู่รอบเพลย์ออฟโดยจบอันดับที่สี่ในตารางคะแนนรวม ในรอบเพลย์ออฟ สโมสรได้พบกับเบอร์ลิงตัน เอสซีและผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศด้วยชัยชนะ 4-0 ^{[ 40 ]}ในรอบที่สองของรอบเพลย์ออฟ นอร์ทยอร์กได้พบกับยอร์ก รีเจียน ชูตเตอร์ส แต่พ่ายแพ้ไป 1-0 ^{[ 41 ] [ 42 ]}เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2015 CSL ได้ประกาศว่านอร์ทยอร์กและคิงส์ตัน เอฟซีจะไม่กลับมาแข่งขันในฤดูกาล 2015 ^{[ 43 ]}