โอเอ็มพีดีบี

เนื้อหา
คำอธิบาย	โปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอกแบบ β-barrel
สิ่งมีชีวิต	แบคทีเรียแกรมลบ
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย	มหาวิทยาลัยเอเธนส์
ห้องปฏิบัติการ	ภาควิชาชีววิทยาเซลล์และชีวฟิสิกส์
ผู้เขียน	คอนสแตนตินอส ดี ซิริโกส, ปันเทลิส จี. บากอส และ สตาฟรอส เจ. ฮาโมดราคัส
การอ้างอิงหลัก	Tsirigos และคณะ (2011) [ 1 ]
วันที่วางจำหน่าย	2011
เข้าถึง
เว็บไซต์	http://www.ompdb.org

OMPdbเป็นฐานข้อมูลเฉพาะที่ประกอบด้วย โปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอก แบบเบต้าบาร์เรล (β-barrel) จากแบคทีเรียแกรมลบ^{[ 1 ]}โปรตีนเหล่านี้มีหน้าที่รับผิดชอบหน้าที่สำคัญมากมาย เช่นการดูดซึมสารอาหารแบบพาสซีฟการขนส่งโมเลกุลขนาดใหญ่แบบแอค ทีฟ การ หลั่งโปรตีนรวมถึงการยึดเกาะกับเซลล์เจ้าบ้านซึ่งแบคทีเรียใช้แสดง ฤทธิ์ ก่อโรค

ความสำคัญทางชีววิทยาของโปรตีนเบต้า-บาร์เรล ประกอบกับข้อมูลการระบุและการจำแนกประเภทที่ไม่เพียงพอในฐานข้อมูลสาธารณะ ทำให้จำเป็นต้องมีการศึกษาอย่างเข้มข้นและการรวบรวมข้อมูลที่ถูกต้องเกี่ยวกับโปรตีนเบต้า-บาร์เรล

ข้อมูลที่รวมอยู่ใน OMPdb ประกอบด้วย ข้อมูล ลำดับรวมถึงคำอธิบายลักษณะโครงสร้าง (เช่นส่วนของเยื่อหุ้มเซลล์ ) ข้อมูลอ้างอิงจากวรรณกรรม และลิงก์ไปยังฐานข้อมูลสาธารณะอื่นๆ ซึ่งเป็นคุณสมบัติที่ไม่เหมือนใครในระดับโลก นอกจากนี้ ยังสามารถค้นหารายชื่อโปรตีนที่มีโครงสร้างสามมิติที่ได้รับการแก้ไขแล้วได้ในหน้าข้อมูลของแต่ละตระกูล หากมีข้อมูลดังกล่าว

นอกจากฐานข้อมูลแล้วยังมีการรวบรวม แบบจำลอง Hidden Markov Model โปรไฟล์ ซึ่งส่วนใหญ่มาจาก ฐานข้อมูล PFAM ^{[ 2 ]} ซึ่งแสดงให้เห็นว่ามีลักษณะเฉพาะสำหรับโปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอกแบบ β-barrel ชุดนี้ เมื่อใช้ร่วมกับอัลกอริทึม PRED-TMBB2 Archived 2017-03-21 ที่นำเสนอเมื่อเร็ว ๆ นี้ในWayback Machine ^{[ 3 ]}จะเป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการจำแนกและจัดประเภทโปรตีน β-barrel ใหม่และการวิเคราะห์โปรตีนทั้งหมด

อินเทอร์เฟซบนเว็บของ OMPdb ช่วยให้ผู้ใช้สามารถดูข้อมูลที่มีอยู่ได้ รวมถึงสามารถส่งคำค้นหาขั้นสูงสำหรับการค้นหาข้อความภายในรายการโปรตีนของฐานข้อมูล หรือทำการค้นหาโปรตีนและโดเมนได้ สามารถดาวน์โหลดฐานข้อมูลเวอร์ชันล่าสุดได้ในรูปแบบต่างๆ (ข้อความธรรมดา รูปแบบ XMLหรือ ลำดับ FASTA ดิบ )

ในหน้าดาวน์โหลด ผู้ใช้สามารถดาวน์โหลดชุดข้อมูลโปรตีน β-barrel ที่สมบูรณ์ ซึ่งรวบรวมตามการอัปเดตเป็นประจำของฐานข้อมูลPDBTM ^{[ 4 ]} ฐานข้อมูล OPM ^{[ 5 ]} และรายการ โปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์ ที่ มีโครงสร้าง 3 มิติที่ทราบจากห้องปฏิบัติการ ของ Stephen White ที่ UC Irvine ซึ่งเก็บถาวรไว้ เมื่อวันที่ 25 ธันวาคม 2013 ที่Wayback Machine

ระหว่างวันที่ 11–12 สิงหาคม 2557 OMPdb ได้เข้าร่วมการประชุมเชิงปฏิบัติการด้านชีวสารสนเทศโปรตีนและทรัพยากรชุมชน ณศูนย์การประชุม Wellcome Trustซึ่งรวบรวมนักวิจัยหลักของแหล่งข้อมูลโปรตีนเฉพาะทางหลายแห่ง รวมถึงแหล่งข้อมูลโปรตีนจากศูนย์ชีวสารสนเทศขนาดใหญ่ ในระหว่างการประชุมนี้ ได้มีการหารือเกี่ยวกับความท้าทายหลักทั่วไปในการสร้างและบำรุงรักษาแหล่งข้อมูลดังกล่าว พร้อมทั้งแนวทางต่างๆ ในการแก้ไขปัญหาเหล่านั้น^{[ 6 ]}ผลลัพธ์ที่สำคัญประการหนึ่งคือการสร้างเครือข่ายแหล่งข้อมูลโปรตีนเฉพาะทาง ซึ่งมีเป้าหมายเพื่อปรับปรุงการประสานงานกิจกรรมของแหล่งข้อมูลที่เป็นสมาชิก^{[ 7 ]}