อ่าน 3 นาที
โอพีแอลเอส
ฟิลด์ แรง OPLS (Optimized Potentials for Liquid Simulations) ถูกพัฒนาโดยศาสตราจารย์ William L.
โอพีแอลเอส
ฟิลด์แรง OPLS (Optimized Potentials for Liquid Simulations) ถูกพัฒนาโดยศาสตราจารย์William L. Jorgensenที่มหาวิทยาลัย Purdueและต่อมาที่มหาวิทยาลัย Yaleและกำลังได้รับการพัฒนาต่อยอดในเชิงพาณิชย์โดยSchrödinger, Inc.
รูปแบบการทำงาน
รูปแบบการทำงานของฟิลด์แรง OPLS คล้ายคลึงกับของAMBER มาก :
โดยใช้กฎการรวมและ .
ปฏิสัมพันธ์แบบไม่ใช้พันธะภายในโมเลกุลจะนับเฉพาะอะตอมที่อยู่ห่างกันสามพันธะขึ้นไปเท่านั้น ปฏิสัมพันธ์แบบ 1,4 จะถูกปรับลดลงด้วย "ตัวคูณปรับแก้" มิฉะนั้นตำแหน่งปฏิสัมพันธ์ทั้งหมดจะอยู่ตรงกลางของอะตอม ไม่มี "คู่โดดเดี่ยว"
การกำหนดพารามิเตอร์
มีการเผยแพร่ชุดพารามิเตอร์ OPLS หลายชุด ได้แก่ OPLS-ua (united atom) ซึ่งรวมอะตอมไฮโดรเจนไว้ข้างอะตอมคาร์บอนโดยปริยายในพารามิเตอร์คาร์บอน และสามารถใช้เพื่อประหยัดเวลาในการจำลอง และ OPLS-aa (all atom) ซึ่งรวมอะตอมทุกตัวไว้โดยชัดเจน ต่อมามีการเผยแพร่พารามิเตอร์สำหรับหมู่ฟังก์ชันเฉพาะอื่นๆ และโมเลกุลประเภทต่างๆ เช่น คาร์โบไฮเดรต การจำลอง OPLS ในสารละลายในน้ำโดยทั่วไปจะใช้แบบจำลองน้ำ TIP4P หรือ TIP3P
คุณลักษณะที่โดดเด่นของพารามิเตอร์ OPLS คือได้รับการปรับให้เหมาะสมกับคุณสมบัติเชิงทดลองของของเหลว เช่น ความหนาแน่นและความร้อนของการระเหย นอกเหนือจากการปรับให้เข้ากับโปรไฟล์การบิดตัวในเฟสแก๊สด้วย
การดำเนินการ
โปรแกรมอ้างอิงที่ใช้ฟิลด์แรง OPLS คือ โปรแกรม BOSSและMCPROที่พัฒนาโดย Jorgensen นอกจากนี้ โปรแกรมอื่นๆ เช่นTINKER , GROMACS , PCMODEL , Abalone , LAMMPS , Desmond และNAMDก็มีการใช้งานฟิลด์แรง OPLS เช่นกัน
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ โอพีแอลเอส
ฟิลด์ แรง OPLS (Optimized Potentials for Liquid Simulations) ถูกพัฒนาโดยศาสตราจารย์ William L.
รูปแบบการทำงาน
รูปแบบการทำงานของฟิลด์แรง OPLS คล้ายคลึงกับของ AMBER มาก :
การกำหนดพารามิเตอร์
มีการเผยแพร่ชุดพารามิเตอร์ OPLS หลายชุด ได้แก่ OPLS-ua (united atom) ซึ่งรวมอะตอมไฮโดรเจนไว้ข้างอะตอมคาร์บอนโดยปริยายในพารามิเตอร์คาร์บอน และสามารถใช้เพื่อประหยัดเวลาในการจำลอง และ OPLS-aa (all atom) ซึ่งรวมอะตอมทุกตัวไว้โดยชัดเจน...
การดำเนินการ
โปรแกรมอ้างอิงที่ใช้ฟิลด์แรง OPLS คือ โปรแกรม BOSS และ MCPRO ที่พัฒนาโดย Jorgensen นอกจากนี้ โปรแกรมอื่นๆ เช่น TINKER , GROMACS , PCMODEL , Abalone , LAMMPS , Desmond และ NAMD ก็มีการใช้งานฟิลด์แรง OPLS เช่นกัน