ฐาน PHI

เนื้อหา
คำอธิบาย	ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างเชื้อโรคและโฮสต์
ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้	ลักษณะฟีโนไทป์ของจุลินทรีย์กลายพันธุ์
สิ่งมีชีวิต	มีการทดสอบเชื้อรา แบคทีเรีย และโปรติสต์ก่อโรคประมาณ 290 ชนิด ที่มีความสำคัญทางการเกษตรและการแพทย์ บนพืชอาศัยประมาณ 240 ชนิด
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย	งานวิจัยโรแธมสเต็ด
การอ้างอิงหลัก	PMID  39588765
วันที่วางจำหน่าย	พฤษภาคม 2548
เข้าถึง
รูปแบบข้อมูล	XML, FASTA
เว็บไซต์	phibase.org​
เครื่องมือ
เว็บ	การค้นหาฐานข้อมูล PHI พีเอชไอบี-บลาสต์ PHI-Canto (คัดสรรโดยผู้เขียน)
เบ็ดเตล็ด
ใบอนุญาต	ใบอนุญาต Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 International
การกำหนดเวอร์ชัน	ใช่
ความถี่ในการเผยแพร่ข้อมูล	6 เดือน
เวอร์ชั่น	4.18 (พฤษภาคม 2568)
นโยบายการคัดสรร	การคัดสรรด้วยตนเอง

ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างเชื้อโรคและโฮสต์ ( PHI-base ) ^{[ 1 ]}เป็นฐานข้อมูลทางชีววิทยาที่รวบรวมข้อมูลที่คัดสรรด้วยตนเองเกี่ยวกับยีนที่ได้รับการพิสูจน์แล้วจากการทดลองว่ามีผลต่อผลลัพธ์ของปฏิสัมพันธ์ระหว่างเชื้อโรคและโฮสต์ฐานข้อมูลนี้ได้รับการดูแลโดยนักวิจัยที่Rothamsted Researchและผู้ร่วมงานภายนอกตั้งแต่ปี 2005 ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]} PHI-base เป็นส่วนหนึ่งของโหนดสหราชอาณาจักรของELIXIRซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานด้านวิทยาศาสตร์ชีวภาพของยุโรปสำหรับข้อมูลทางชีววิทยาตั้งแต่ปี 2016 ^{[ 6 ]}

ฐาน ข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่าง เชื้อโรคและโฮสต์ได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อใช้ประโยชน์จากยีนที่ได้รับการตรวจสอบจำนวนมากขึ้นเรื่อยๆ ที่เป็นตัวกลางในความสามารถของสิ่งมีชีวิตในการก่อให้เกิดโรคและ/หรือกระตุ้นการตอบสนองของโฮสต์^{[ 7 ]}

ฐานข้อมูลที่เข้าถึงได้ทางเว็บนี้รวบรวมยีนก่อโรค ความรุนแรง และยีนออกฤทธิ์ที่ได้รับการตรวจสอบแล้วจากการทดลองของเชื้อแบคทีเรีย เชื้อรา และโอโอไมซีตที่ก่อโรคในสัตว์ พืช และโฮสต์ที่เป็นเชื้อรา PHI-base เป็นแหล่งข้อมูลออนไลน์แรกที่อุทิศให้กับการระบุและการนำเสนอข้อมูลเกี่ยวกับยีนก่อโรคของเชื้อราและโอโอไมซีตและปฏิสัมพันธ์กับโฮสต์ PHI-base เป็นแหล่งข้อมูลสำหรับการค้นหาเป้าหมายที่เป็นไปได้ในเชื้อราและโอโอไมซีตที่ก่อโรคซึ่งมีความสำคัญทางการแพทย์และการเกษตรสำหรับการแทรกแซงด้วยสารเคมีสังเคราะห์และผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ (สารฆ่าเชื้อรา ) ^{[ 8 ] [ 9 ]}

ข้อมูลแต่ละรายการใน PHI-base ได้รับการคัดกรองโดยผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านและได้รับการสนับสนุนด้วยหลักฐานเชิงทดลองที่แข็งแกร่ง (การทดลองการรบกวนยีน) รวมถึงเอกสารอ้างอิงที่อธิบายถึงการทดลองเหล่านั้น แต่ละยีนใน PHI-base จะแสดงลำดับนิวคลีโอไทด์และลำดับกรดอะมิโนที่อนุมานได้ รวมถึงคำอธิบายโครงสร้างโดยละเอียดเกี่ยวกับหน้าที่ของโปรตีนที่คาดการณ์ไว้ในระหว่างกระบวนการติดเชื้อในโฮสต์ เพื่ออำนวยความสะดวกในการทำงานร่วมกันของข้อมูล ยีนจะได้รับการระบุคำอธิบายโดยใช้คำศัพท์ควบคุม ( คำศัพท์ Gene Ontology , หมายเลข ECเป็นต้น) และลิงก์ไปยังแหล่งข้อมูลภายนอกอื่นๆ เช่นUniProt , EMBLและบริการอนุกรมวิธาน ของ NCBI

ในปี 2016 ส่วนของพืชในฐานข้อมูล PHI-base ถูกนำมาใช้เพื่อสร้างเครื่องมือค้นหา PHI-base เชิงความหมาย PHI-base ได้ถูกเชื่อมโยงกับEnsembl Genomesตั้งแต่ปี 2011, FungiDB ตั้งแต่ปี 2016, Global Biotic Interactions (GloBI) ตั้งแต่ปี 2018 และUniprotตั้งแต่ปี 2020 การเผยแพร่ PHI-base เวอร์ชันใหม่ทั้งหมดจะถูกรวมเข้ากับฐานข้อมูลอิสระเหล่านี้

ตั้งแต่ปี 2015 เว็บไซต์นี้เชื่อมโยงกับเครื่องมือคัดกรองวรรณกรรมออนไลน์ที่เรียกว่า PHI-Canto ซึ่งช่วยให้ชุมชนสามารถคัดกรองวรรณกรรมสำหรับสายพันธุ์ก่อโรคต่างๆ ได้^{[ 10 ]} PHI-Canto ใช้กรอบการคัดกรองของชุมชนซึ่งไม่เพียงแต่มีเครื่องมือคัดกรองเท่านั้น แต่ยังรวมถึงออนโทโลยีฟีโนไทป์และคำศัพท์ควบคุมโดยใช้ภาษาและกฎที่เป็นหนึ่งเดียวที่ใช้ในการทดลองทางชีววิทยา แนวคิดหลักของกรอบนี้คือการแนะนำ 'เมตาจีโนไทป์' ซึ่งช่วยให้สามารถระบุและกำหนดฟีโนไทป์ให้กับปฏิสัมพันธ์ระหว่างเชื้อกลายพันธุ์กับโฮสต์ที่เฉพาะเจาะจงได้ PHI-Canto ขยายเครื่องมือคัดกรองสายพันธุ์เดียวที่พัฒนาขึ้นสำหรับPomBase [ ^{11 ] ซึ่ง เป็น}ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบสำหรับยีสต์ฟิชชัน

PHI-base เวอร์ชัน 4.18 (พฤษภาคม 2025) ^{[ 1 ]}ให้ข้อมูลเกี่ยวกับยีน 10,614 ยีนจากเชื้อก่อโรค 335 ชนิดและโฮสต์ 265 ชนิด และผลกระทบต่อปฏิสัมพันธ์ 23,497 รายการ รวมถึงข้อมูลประสิทธิภาพของยาประมาณ 20 ชนิดและลำดับเป้าหมายในเชื้อก่อโรค ปัจจุบัน PHI-base มุ่งเน้นไปที่สิ่งมีชีวิตที่ก่อโรคในพืชและมนุษย์ รวมถึงเชื้อรา โอโอไมซีต และแบคทีเรีย สามารถดาวน์โหลดเนื้อหาทั้งหมดของฐานข้อมูลได้ในรูปแบบคั่นด้วยแท็บ นับตั้งแต่เปิดตัวเวอร์ชัน 4 PHI-base ยังสามารถค้นหาได้โดยใช้เครื่องมือค้นหา PHIB-BLAST ซึ่งใช้ อัลกอริทึม BLASTเพื่อเปรียบเทียบลำดับของผู้ใช้กับลำดับที่มีอยู่ใน PHI-base ^{[ 12 ]} PHI-base เวอร์ชันใหม่ที่เน้นยีน (เวอร์ชัน 5.0) ได้รับการเผยแพร่ในเดือนมีนาคม 2024 และประกาศในข่าวประชาสัมพันธ์บนเว็บไซต์ Rothamsted Research ^{[ 13 ]} PHI-base 5 ได้ปรับโครงสร้างข้อมูลใหม่เพื่อจัดกลุ่มปฏิสัมพันธ์ตามยีนของเชื้อโรคและโฮสต์ ขยายการใช้ออนโทโลยีสำหรับการระบุลักษณะฟีโนไทป์ และเพิ่มการสนับสนุนสำหรับฟีโนไทป์ที่เกี่ยวข้องกับความสัมพันธ์แบบยีนต่อยีนรวมถึงฟีโนไทป์ของโฮสต์และเชื้อโรคที่สังเกตได้ในหลอดทดลอง ปัจจุบัน PHI-base เวอร์ชัน 4 และเวอร์ชัน 5 มีให้บริการออนไลน์ควบคู่กันไปในช่วงระยะเวลาเปลี่ยนผ่าน ทำให้ผู้ใช้มีเวลาทำความคุ้นเคยกับอินเทอร์เฟซใหม่ก่อนที่ PHI-base 4 จะถูกยกเลิกในช่วงกลางปี ​​2026 นอกจากนี้ยังมีการพัฒนาเครื่องมือขุดข้อมูลใหม่เพื่อรองรับเวอร์ชัน 5 บทความทั้งหมดที่อ้างอิง PHI-base จะแสดงอยู่ในส่วน 'เกี่ยวกับเรา' ของฐานข้อมูล โดยเรียงลำดับตามปี

PHI-base เป็นแหล่งข้อมูลสำหรับแอปพลิเคชันหลายประเภท รวมถึง:

• การค้นพบยีนที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้ในเชื้อโรคที่มีความสำคัญทางการแพทย์และการเกษตร ซึ่งอาจเป็นเป้าหมายสำหรับการแทรกแซงทางเคมี
• การวิเคราะห์จีโนมเชิงเปรียบเทียบ
• การระบุข้อมูลทางพันธุกรรมของเชื้อก่อโรคที่ได้รับการจัดลำดับใหม่
• การตีความเชิงหน้าที่ของข้อมูลการจัดลำดับ RNA และการทดลองไมโครอาร์เรย์
• การตรวจสอบความแตกต่างทางลักษณะภายนอกระหว่างสายพันธุ์ก่อโรคอย่างรวดเร็วเมื่อเขียนบทความเพื่อส่งให้ผู้ทรงคุณวุฒิพิจารณา

การใช้ PHI-base ได้รับการอ้างอิงในบทความวิจัยที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิมากกว่า 900 บทความ^{[ 1 ]}

PHI-base ได้รับทุนสนับสนุนจากสภาวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (BBSRC) ^{[ 7 ]}ผ่านทางโครงการเชิงกลยุทธ์ของสถาบัน Growing Health and Delivering Sustainable Wheat Institute

• ฐาน PHI
• พีเอชไอ-เบส 5