ตั้งแต่ปี 1999 จนถึงปี 2001 Cramer ทำงานเป็นนักวิจัยหลังปริญญาเอกและผู้รับทุนจากมูลนิธิวิจัยเยอรมัน (DFG) ในห้องปฏิบัติการของRoger D. Kornberg ผู้ได้รับรางวัลโนเบลในเวลาต่อมา ที่มหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดสหรัฐอเมริกา^{[ 3 ]}

ในปี 2001 เครเมอร์กลับไปเยอรมนี ซึ่งเขาได้รับตำแหน่งศาสตราจารย์ประจำสาขาชีวเคมีที่ศูนย์พันธุศาสตร์ของLMU มิวนิก และต่อมาในปี 2004 ได้รับการแต่งตั้งเป็นศาสตราจารย์เต็มขั้นสาขาชีวเคมี แพทริค เครเมอร์ดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์พันธุศาสตร์ของ LMU เป็นเวลา 10 ปี^{[ 4 ]}ตั้งแต่ปี 2004 จนถึงปี 2013 ^{[ 2 ]}เขายังดำรงตำแหน่งคณบดีคณะเคมีและเภสัชศาสตร์ตั้งแต่ปี 2007 ถึง 2009 และดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการภาควิชาชีวเคมีตั้งแต่ปี 2010 ถึง 2013 เครเมอร์ยังเป็นสมาชิกของคณะกรรมการวิจัยของมหาวิทยาลัยตั้งแต่ปี 2007 ถึง 2013 และเป็นโฆษกของโครงการวิจัยเครือข่าย SFB464 ของสภาวิจัยแห่งเยอรมนี (DFG)

ในปี 2014 Cramer ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการสถาบัน Max Planck Institute for Biophysical Chemistryในเมือง Göttingenประเทศเยอรมนี^{[ 2 ] [ 5 ]}

• Wacker Chemieสมาชิกคณะกรรมการกำกับดูแล (ตั้งแต่ปี 2023) ^{[ 11 ]}

• มูลนิธิโรเบิร์ต โคช สมาชิกคณะกรรมการบริหาร^{[ 12 ]}
• มูลนิธิไบเออร์ประธานคณะกรรมการบริหาร (2020–2022) ^{[ 13 ]}
• ห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลแห่งยุโรป (EMBL) ประธานสภา (2016–2019) ^{[ 14 ]}
• เซลล์สมาชิกคณะบรรณาธิการ (2016–2022) ^{[ 15 ]}

• ชวาลบ์, บียอร์น; มิเชล, มาร์โกซ์; ซาเชอร์, เบเนดิกต์; ฟรูเฮาฟ, คัตยา; เดเมล, คาริน่า; เทรช, อาคิม; แกกเนอร์, จูเลียน; แครเมอร์, แพทริค (3 มิถุนายน 2559) "TT-seq แมปทรานสคริปต์โทมชั่วคราวของมนุษย์" ศาสตร์ . 352 (6290): 1225– 1228. Bibcode : 2016Sci...352.1225S . ดอย : 10.1126/science.aad9841 . ISSN 0036-8075​ PMID27257258 .​ S2CID 8549873 .   
• Plaschka, C.; Hantsche, M.; Dienemann, C.; Burzinski, C.; Plitzko, J.; Cramer, P. (2016). "โครงสร้างของคอมเพล็กซ์การเริ่มต้นการถอดรหัสอธิบายการเปิด DNA" Nature . 533 (7603): 353– 358. Bibcode : 2016Natur.533..353P . doi : 10.1038/nature17990 . hdl : 11858/00-001M-0000-002A-6CC4-0 . PMID 27193681 . S2CID 4465762 .  
• เบอร์เนคกี้, แคร์รี; เฮอร์ซ็อก, ฟรานซ์; เบาเมสเตอร์, โวล์ฟกัง; พลิทซ์โก้, เจอร์เก้น เอ็ม.; แครเมอร์, แพทริค (2016) "โครงสร้างการถ่ายทอด RNA polymerase II ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม" ธรรมชาติ . 529 (7587): 551– 554. Bibcode : 2016Natur.529..551B . ดอย : 10.1038/nature16482 . hdl : 11858/00-001M-0000-0029-7D45-3 . PMID26789250 .​ S2CID 4404463 .  
• Plaschka, C.; Larivière, L.; Wenzeck, L.; Seizl, M.; Hemann, M.; Tegunov, D.; Petrotchenko, EV; Borchers, CH; Baumeister, W. (2015). "สถาปัตยกรรมของคอมเพล็กซ์เริ่มต้นแกนกลาง RNA polymerase II–Mediator" Nature . 518 (7539): 376– 380. Bibcode : 2015Natur.518..376P . doi : 10.1038/nature14229 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0024-CED0-5 . PMID 25652824 . S2CID 4450934 .  
• Schulz, Daniel; Schwalb, Bjoern; Kiesel, Anja; Baejen, Carlo; Torkler, Phillipp; Gagneur, Julien; Soeding, Johannes; Cramer, Patrick (21 พฤศจิกายน 2013). "การเฝ้าระวังทรานสคริปโตมโดยการยุติการสังเคราะห์ RNA ที่ไม่เข้ารหัสแบบเลือกสรร" . Cell . 155 (5): 1075– 1087. doi : 10.1016/j.cell.2013.10.024 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-39ED-1 . ISSN 1097-4172 . PMID 24210918 .  
• Kostrewa, Dirk; Zeller, Mirijam E.; Armache, Karim-Jean; Seizl, Martin; Leike, Kristin; Thomm, Michael; Cramer, Patrick (2009). "โครงสร้าง RNA polymerase II–TFIIB และกลไกการเริ่มต้นการถอดรหัส" Nature . 462 (7271): 323– 330. Bibcode : 2009Natur.462..323K . doi : 10.1038/nature08548 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8570-1 . PMID 19820686 . S2CID 205218821 .  
• Bushnell, David A.; Cramer, Patrick; Kornberg, Roger D. (5 กุมภาพันธ์ 2545). "โครงสร้างพื้นฐานของการถอดรหัส: ผลึกร่วม α-Amanitin–RNA polymerase II ที่ความละเอียด 2.8 Å" Proceedings of the National Academy of Sciences . 99 (3): 1218– 1222. Bibcode : 2002PNAS...99.1218B . doi : 10.1073/pnas.251664698 . ISSN 0027-8424 . PMC 122170 . PMID 11805306 .   
• Cramer, P.; Bushnell, DA; Fu, J.; Gnatt, AL; Maier-Davis, B.; Thompson, NE; Burgess, RR; Edwards, AM; David, PR (28 เมษายน 2543). "โครงสร้างของ RNA polymerase II และนัยสำคัญต่อกลไกการถอดรหัส" Science . 288 (5466): 640– 649. Bibcode : 2000Sci...288..640C . doi : 10.1126/science.288.5466.640 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-872F-3 . ISSN 0036-8075 . PMID 10784442 .  

• Plaschka, Clemens; Nozawa, Kayo; Cramer, Patrick (2016). "สถาปัตยกรรมของตัวกลางและการโต้ตอบของ RNA Polymerase II". Journal of Molecular Biology . 428 (12): 2569– 2574. doi : 10.1016/j.jmb.2016.01.028 . ISSN 0022-2836 . PMID 26851380 .  
• Sainsbury, Sarah; Bernecky, Carrie; Cramer, Patrick (2015). "โครงสร้างพื้นฐานของการเริ่มต้นการถอดรหัสโดย RNA polymerase II" Nature Reviews Molecular Cell Biology . 16 (3): 129– 143. doi : 10.1038/nrm3952 . ISSN 1471-0072 . PMID 25693126 . S2CID 32487971 .   
• Cramer, Patrick (2014). "เรื่องราวของโครมาตินและการถอดรหัสใน 100 โครงสร้าง". Cell . 159 (5): 985– 994. doi : 10.1016/j.cell.2014.10.047 . hdl : 11858/00-001M- 0000-0024-44B9-9 . ISSN 0092-8674 . PMID 25416940. S2CID 8634234 .   
• Cheung, Alan CM; Cramer, Patrick (2012). "ภาพยนตร์การถอดรหัส RNA Polymerase II" . Cell . 149 (7): 1431– 1437. doi : 10.1016/j.cell.2012.06.006 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-3E91-7 . ISSN 0092-8674 . PMID 22726432 . S2CID 18405467 .   
• Cramer, Patrick (2006). "การถอดรหัสโครงสร้างของ RNA polymerase II: มุมมองส่วนตัว" Nature Structural & Molecular Biology . 13 (12): 1042– 1044. doi : 10.1038/nsmb1206-1042 . ISSN 1545-9993 . PMID 17146456 . S2CID 31141435 .   

• Aufbruch ใน Die Molekulare Systembiology - เรียงความสำหรับฉบับครบรอบ "20 Jahre Laborjournal" ตีพิมพ์ใน Laborjournal เมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม 2014
• Entwicklungen ใน der Biomedizin: Genom-Sequenzierung ในการวินิจฉัย, Prävention und Therape; ชีววิทยาระบบและ Medizin . ใน: T. Rendtorff (ชม.): Zukunft der biomedizinischen Wissenschaften. โนมอส, 2013, ISBN 978-3-8487-0849-9.
• O. Primavesi, P. Cramer, R. Hickel, TO Höllmann; W. Schön: Lob der Promotion . เผยแพร่ใน Frankfurter Allgemeine Zeitung เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 2013
• เจ. แฮกเกอร์, ที. เรนทอร์ฟฟ์, พี. แครมเมอร์, เอ็ม. ฮัลเล็ค, เค. ฮิลเพิร์ต, ซี. คูพัตต์, เอ็ม. โลห์เซ่ , เอ. มุลเลอร์, อู ชรอธ, เอฟ. วอยต์, เอ็ม. ซิชี่Biomedizinische Eingriffe am Menschen – Ein Stufenmodell zur ethischen สร้างขึ้นโดย Gen- และ Zelltherapie . วอเตอร์ เดอ กรอยเตอร์, เบอร์ลินไอเอสบีเอ็น 978-3-11-021306-5(2009)