สายการบินซานฮวนแอร์ไลน์เป็นสายการบินที่ให้บริการเที่ยวบินประจำและเที่ยวบินเช่าเหมาลำในรัฐวอชิงตันของ สหรัฐอเมริกา และจังหวัดบริติชโคลัมเบียของ แคนาดา ฐานปฏิบัติการหลักอยู่ที่เบลลิงแฮมใกล้กับหมู่เกาะซานฮวนฝูงบินของสายการบินประกอบด้วยเครื่องบินเซสนา 172, 206 และ 207 ในปี 1981 สายการบินซานฮวนแอร์ไลน์ได้เข้าซื้อกิจการเพียร์สันแอร์คราฟต์ซึ่งตั้งอยู่ที่พอร์ตแองเจเลส รัฐวอชิงตัน^{[ 4 ]}

เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2014 สายการบิน Northwest Sky Ferryซึ่งดำเนินงานมาตั้งแต่ปี 2007 ได้ควบรวมกิจการกับสายการบิน San Juan Airlines ^{[ 5 ]} ในเดือนพฤษภาคม 2019 สายการบิน San Juan Airlines กลายเป็นสายการบินที่สามที่เริ่มให้บริการเที่ยวบินโดยสารรายสัปดาห์ที่ สนามบิน Paine Fieldในเขต Snohomish รัฐวอชิงตัน^{[ 6 ]}

• วอชิงตันสหรัฐอเมริกา​
  • อนาคอร์เตส – สนามบินอนาคอร์เตส
  • เบลลิงแฮม – สนามบินนานาชาติเบลลิงแฮม
  • ฟรายเดย์ฮาร์เบอร์ ( เกาะซานฮวน ) – สนามบินฟรายเดย์ฮาร์เบอร์
  • เกาะโลเปซ – สนามบินเกาะโลเปซ
  • เกาะออร์คัส – สนามบินเกาะออร์คัส
  • เกาะเดเคเตอร์ - สนามบินเดเคเตอร์ชอร์ส
  • เกาะเซ็นเตอร์ - สนามบินเกาะเซ็นเตอร์
  • เกาะวอลดรอน - สนามบินวอลดรอแนร์
  • เกาะสจวร์ต - สนามบินเกาะสจวร์ตฝั่งตะวันตก/ตะวันออก
  • พอยต์โรเบิร์ตส์ - สนามบินพอยต์โรเบิร์ตส์
  • พอร์ตแองเจเลส – สนามบินนานาชาติวิลเลียม อาร์. แฟร์ไชลด์
  • ท่าอากาศยานนานาชาติพอร์ตทาวน์เซนด์ - เจฟเฟอร์สันเคาน์ตี้
  • เอเวอเร็ตต์ – เพนฟิลด์
  • อาร์ลิงตัน – สนามบินอาร์ลิงตัน
  • เรนตัน – สนามบินเรนตัน
  • ซีแอตเติล – สนามบินโบอิ้ง
  • โอลิมเปีย – สนามบินโอลิมเปีย
  • ทาโคมา – สนามบินทาโคมา นาร์โรว์ส

• รัฐโอเรกอนสหรัฐอเมริกา
  • พอร์ตแลนด์ – สนามบินนานาชาติพอร์ตแลนด์

• บริติชโคลัมเบียประเทศแคนาดา
  • แคมป์เบลล์ริเวอร์ – สนามบินแคมป์เบลล์ริเวอร์
  • นานาอิโม – สนามบินนานาอิโม
  • พอร์ตฮาร์ดี – สนามบินพอร์ตฮาร์ดี
  • โทฟิโน – สนามบินโทฟิโน
  • แวนคูเวอร์ – สนามบินนานาชาติแวนคูเวอร์
  • วิคตอเรีย – สนามบินนานาชาติวิคตอเรีย

• 2 – เซสนา 172 สกายฮอว์ก
• 3 – เซสนา 207 สกายแวกอน
• 1 – เซสนา 206 สเตชั่นแอร์

ก่อนหน้านี้สายการบินซานฮวนแอร์ไลน์เคยใช้ เครื่องบินเทอร์โบพร็อป Cessna Caravan , Beechcraft 99และEmbraer EMB-110 Bandeiranteรวมถึงเครื่องบินพร็อปBritten-Norman IslanderและCessna 402 ^{[ 7 ]}

• เว็บไซต์อย่างเป็นทางการ