การคำนวณด้วยเปปไทด์เป็นรูปแบบหนึ่งของการคำนวณที่ใช้เปปไทด์แทนส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์ แบบดั้งเดิม พื้นฐานของแบบจำลองการคำนวณนี้คือความสัมพันธ์ของแอนติบอดีกับลำดับเปปไทด์ คล้ายกับการคำนวณด้วยดีเอ็นเอ ปฏิสัมพันธ์แบบขนานของลำดับเปปไทด์และแอนติบอดีถูกนำมาใช้โดยแบบจำลองนี้เพื่อแก้ปัญหา NP-completeบางปัญหา โดยเฉพาะอย่างยิ่งปัญหาเส้นทางแฮมิลโทเนียน (HPP) และปัญหาการครอบคลุมเซต บางเวอร์ชัน เป็นปัญหา NP-complete บางส่วนที่ได้รับการแก้ไขโดยใช้แบบจำลองการคำนวณนี้แล้ว แบบจำลองการคำนวณนี้ยังแสดงให้เห็นว่าเป็นสากลในเชิงการคำนวณ (หรือสมบูรณ์แบบทัวริง) อีกด้วย

รูปแบบการคำนวณนี้มีข้อดีที่สำคัญบางประการเหนือกว่าการคำนวณด้วยดีเอ็นเอตัวอย่างเช่น ในขณะที่ดีเอ็นเอประกอบด้วยหน่วยย่อยสี่หน่วย แต่เปปไทด์ประกอบด้วยหน่วยย่อยยี่สิบหน่วย ปฏิสัมพันธ์ระหว่างเปปไทด์กับแอนติบอดีก็มีความยืดหยุ่นมากกว่าในแง่ของการจดจำและความสัมพันธ์เมื่อเทียบกับปฏิสัมพันธ์ระหว่างสายดีเอ็นเอและส่วนเติมเต็มย้อนกลับ อย่างไรก็ตาม ต่างจากการคำนวณด้วยดีเอ็นเอ รูปแบบนี้ยังไม่ได้รับการนำไปใช้ในทางปฏิบัติ ข้อจำกัดหลักคือความพร้อมของโมโนโคลนอลแอนติบอดี เฉพาะ ที่จำเป็นสำหรับรูปแบบนี้

• คอมพิวเตอร์ชีวภาพ
• ยีนเชิงคำนวณ
• ทฤษฎีความซับซ้อนในการคำนวณ
• การคำนวณด้วยดีเอ็นเอ
• อิเล็กทรอนิกส์ระดับโมเลกุล
• การประมวลผลแบบขนาน
• การคำนวณแบบไม่ธรรมดา
• ประตูตรรกะระดับโมเลกุล