เปปไทด์อินเป็นโมเลกุลขนาดเล็กที่ประกอบด้วยกรดอะมิโนมีลักษณะและบทบาททางชีวกลศาสตร์คล้ายกับโปรตีน^{[ 1 ]}มีการระบุเปปไทด์อินมากกว่า 1,700 ชนิด ซึ่งส่วนใหญ่ยังไม่ทราบหน้าที่ แต่บางชนิดเกี่ยวข้องกับโรคทางพันธุกรรมและมะเร็ง^{[ 2 ]}เรียกกันทั่วไปว่า " โปรตีโอม มืด " ^{[ 3 ]}หรือ "โปรตีนมืด" ^{[ 4 ]}เนื่องจากเอกลักษณ์ที่คลุมเครือ พวกมันเป็นไมโครโปรตีน ชนิดหนึ่ง และถูกค้นพบโดยทีมนักวิทยาศาสตร์นานาชาติที่นำโดย Sebastiaan van Heesch จากศูนย์มะเร็งเด็ก Princess Máxima เมืองอูเทรคต์ ประเทศเนเธอร์แลนด์ ในปี 2026 ^{[ 5 ]}

ในปี 2022 Sonia Chothani จากDuke-NUS Medical SchoolและGenome Institute of Singaporeและ Jorge Ruiz-Orera จากMax Delbrück Center for Molecular Medicine ใน Helmholtz Association (MDC) กรุงเบอร์ลิน ประเทศเยอรมนี ได้ริเริ่มโครงการระหว่างประเทศชื่อ TransCODE Consortium โครงการนี้มีเป้าหมายเพื่อระบุโปรตีนทั้งหมดที่ผลิต ( เข้ารหัส ) จากกรอบการอ่านแบบเปิดขนาดเล็ก (sORF หรือ smORF) ใน จีโน มมนุษย์^{[ 6 ]}มีการประมาณว่ามี sORF หลายร้อยถึงหลายพันตัวในสิ่งมีชีวิตต่างๆ และได้รับการตั้งชื่อเช่นนั้นโดย Munira A. Basrai, Philip Hieter และ Jef D. Boeke จากJohns Hopkins University School of Medicineในปี 1997 ^{[ 7 ]} sORF บางตัวมีขนาดเล็กมาก^{[ 8 ]}โดยปกติจะสั้นกว่า 100 โคดอน^{[ 9 ]}จนเชื่อกันว่าไม่มีจีนที่เข้ารหัสโปรตีนเพื่อสร้างเปปไทด์ ที่ใช้งาน ได้^{[ 10 ] [ 11 ]}อย่างไรก็ตาม พบว่าโรคทางพันธุกรรมและมะเร็งบางชนิดในมนุษย์มีความเกี่ยวข้องกับลำดับดีเอ็นเอสั้นเหล่านี้^{[ 12 ] [ 13 ]}ความเกี่ยวข้องกับโรคบ่งชี้ว่าพวกมันต้องผลิตโปรตีนบางชนิดหลายร้อยชนิด แต่ไม่สามารถตรวจจับได้โดยตรง^{[ 14 ]}เนื่องจากธรรมชาติที่ลึกลับของพวกมัน พวกมันจึงถูกเรียกว่า "dark proteome " ^{[ 3 ]}หรือ "dark proteins" ^{[ 4 ]}

ในปี 2026 กลุ่ม TransCODE Consortium ได้ประกาศการระบุไมโครโปรตีนอย่างสมบูรณ์ครั้งแรกและตีพิมพ์ในวารสารNatureจากงานวิจัยที่นำโดย Sebastiaan van Heesch จากศูนย์ Princess Máxima Center for Pediatric Oncology เมืองอูเทรคต์ ประเทศเนเธอร์แลนด์ และร่วมนำโดย John Prensner ( คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมิชิแกน ) และ Robert Moritz ( สถาบันชีววิทยาระบบ ) ^{[ 15 ]}นักวิทยาศาสตร์ตั้งชื่อโมเลกุลที่คล้ายโปรตีนว่า "peptidein" ^{[ 1 ]}ตามคำจำกัดความ โมเลกุลเหล่านี้มีขนาดเล็กเกินกว่าจะเรียกว่าโปรตีนได้^{[ 12 ]}ดังที่พวกเขาอธิบายไว้ว่า:

เราพัฒนากรอบการทำงานคำอธิบายประกอบสำหรับไมโครโปรตีนที่เข้ารหัสโดย ncORF ในฐานะโปรตีนของมนุษย์ และกำหนดแบบจำลองเชิงแนวคิดใหม่ของ 'เปปไทด์อิน' เป็นไมโครโปรตีนที่มีศักยภาพที่ไม่แน่นอนในฐานะโปรตีนเชิงฟังก์ชัน... เพื่อนำสถานะคำอธิบายประกอบยีนอ้างอิงอย่างเป็นทางการมาสู่ไมโครโปรตีนที่มีลักษณะเฉพาะน้อยกว่า เราจึงแนะนำ 'เปปไทด์อิน' เป็นแผนการจำแนกประเภท ซึ่งได้รับการยอมรับจากกลุ่มพันธมิตรของเรา ให้มีอยู่ควบคู่ไปกับโปรตีนทั่วไป เพื่อแสดงให้เห็นว่าการกำหนดลักษณะเฉพาะของเปปไทด์อินเพิ่มเติมอาจยกระดับการจำแนกประเภท เราใช้จีโนมิกส์เชิงฟังก์ชันและข้อจำกัดเชิงวิวัฒนาการเพื่อระบุตัวอย่างที่แสดงลายเซ็นที่สอดคล้องกับยีนที่เข้ารหัสโปรตีน^{[ 16 ]}

กลุ่ม TransCODE Consortium ระบุเปปไทด์อินได้ 1,785 ชนิด จีโนมมนุษย์มีโปรตีนที่ใช้งานได้ประมาณ 19,500 ชนิด ดังนั้นเปปไทด์อินจึงเพิ่มยีนที่ใช้งานได้ขึ้นอีก 10% ^{[ 3 ]}ตัวเลขนี้ยังเป็นเพียงเบื้องต้น เนื่องจาก Moritz อธิบายว่าอาจมีเปปไทด์อินอีกหลายพันชนิดที่ยังไม่ได้รับการระบุ และอาจทำให้โปรตีโอมของมนุษย์เพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า^{[ 17 ]}