นอร์แมน ดี. เลวีน เป็นผู้บรรยายเพอร์กินซิดส์เป็นครั้งแรกในปี 1978 โดยจัดเป็นคลาสPerkinseaภายในAlveolataเลวีนรวมไว้เพียงสกุล เดียว คือPerkinsusซึ่งบรรยายไว้ในสิ่งพิมพ์เดียวกัน^{[ 2 ]}ต่อมา ผู้เขียนคนเดียวกันได้จัดกลุ่มนี้เป็นคลาสPerkinsasidaภายในไฟลัมApicomplexaโดยเสนอว่าPerkinsusเป็นอะพิคอมเพล็กซานที่ดั้งเดิมที่สุด^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม การจัดวางนี้เป็นที่ถกเถียงกัน และต่อมาถูกหักล้างโดยการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการที่พิสูจน์ให้เห็นถึงความใกล้ชิดทางวิวัฒนาการกับไดโนแฟลเจลเลตมากกว่าอะพิคอมเพล็กซาน^{[ 11 ]}

ในปี พ.ศ. 2542 ด้วยการค้นพบParviluciferaนักชีววิทยา Fredrik Norén และØjvind Moestrupได้แยกชั้น Perkinsea ออกเป็นไฟลัมใหม่PerkinsozoaภายในAlveolataเพื่อรองรับสกุลทั้งสองนี้^{[ 1 ]}ในปี พ.ศ. 2545 ได้มีการอธิบายสกุลที่สามCryptophagus (ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็นRastrimonas ) แต่ไม่เคยมีการจัดลำดับทางพันธุกรรมทำให้ตำแหน่งทางวิวัฒนาการของมันไม่แน่นอน^{[ 12 ]}

ในปี 2014 มีการเพิ่มคลาสใหม่เข้าไปในไฟลัม ซึ่งรู้จักกันในชื่อSquirmidea [ ^{13 ] อย่างไรก็ตาม}การวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการในภายหลังแสดงให้เห็นว่า squirmids มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับกลุ่มที่รวมApicomplexaและColpodellidaมากกว่าไดโนแฟลเจลเลตและเพอร์กินซิด และสถานะของมันในฐานะคลาสของ Perkinsozoa ถูกปฏิเสธ ทำให้ Perkinsea เป็นคลาสเดียวที่เหลืออยู่^{[ 14 ] [ 15 ]}

เพอร์กินซิดเป็น กลุ่ม โมโนฟิเลติก (หรือกลุ่มสายพันธุ์ ) ของอัลวีโอลาตาซึ่งเป็นกลุ่มโปรติสต์ที่มีความหลากหลายทางนิเวศวิทยาขนาดใหญ่ เช่นไดโนแฟลเจลเลต ซิลิเอตอะ พิคอมเพ ล็ กซาน และโครมโพเดลลิดซึ่งทั้งหมดมีลักษณะเฉพาะคือการมีถุงคอร์ติคัลอยู่ใต้เยื่อหุ้มเซลล์โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เพอร์กินซิดเป็นกลุ่มพี่น้องของไดโนแฟลเจลเลต ซึ่งรวมกันเป็นกลุ่มสายพันธุ์ที่เรียกว่าไดโนซัว [ ^{16 ] ทั้ง}สองกลุ่มนี้ ร่วมกับอะพิคอมเพล็กซานและญาติสนิทที่สุด ประกอบกันเป็นกลุ่มสายพันธุ์ที่เรียกว่าไมโซซัว^{[ 14 ] [ 15 ]}

ณ ปี 2023 การจำแนกประเภทระดับอันดับของเพอร์กินซิดยังคงคลุมเครือ และมีการใช้อันดับน้อยมาก วงศ์PararosariidaeและParviluciferaceaeไม่มีอันดับแม่ที่กำหนดไว้^{[ 4 ] [ 5 ]}แม้ว่าผู้เขียนคนหนึ่งคือThomas Cavalier-SmithเคยจัดParvilucifera ไว้ ในอันดับRastrimonadidaร่วมกับRastrimonas ^[ 17 ^]แต่สิ่งนี้ไม่ได้รับการสนับสนุนจากผู้เขียนคนอื่น และทั้ง Rastrimonadida และRastrimonasถูกละเว้นจากการจำแนกประเภทในปัจจุบันเนื่องจากขาดข้อมูลโมเลกุล^{[ 12 ]}ในทำนองเดียวกัน สกุลAcrocoelusซึ่งถูกกำหนดให้อยู่ในอันดับAcrocoelida โดยตรง โดยไม่มีวงศ์^{[ 17 ]}ก็ถูกยกเว้นเช่นกันเนื่องจากไม่มีข้อมูลโมเลกุล^{[ 18 ]}สกุลMaranthosแม้ว่าจะมีการจัดลำดับทางพันธุกรรมแล้วแต่ก็ไม่ได้ถูกกำหนดให้อยู่ในวงศ์หรืออันดับใด ๆ^{[ 19 ]}กลุ่มที่เหลือPerkinsidaeและXcellidaeบางครั้งถูกกำหนดให้เป็นอันดับ Perkinsida ^{[ 20 ] [ 21 ]}ในขณะที่ในกรณีอื่นๆ กลุ่มอนุกรมวิธานหลักของพวกมันคือ Perkinsea โดยตรง^{[ 6 ] [ 22 ]}ลำดับชั้นทางอนุกรมวิธาน (เช่น วงศ์ อันดับ ชั้น...) ส่วนใหญ่จะถูกละเว้นเพื่อใช้เฉพาะกลุ่มวิวัฒนาการเท่านั้น^{[ 18 ]}แผนผังที่ยอมรับกันโดยทั่วไปแสดงไว้ด้านล่าง โดยละเว้นอนุกรมวิธานระดับอันดับ:

• Maranthos Alacid และ Reñé 2021 ^{[ 19 ]}
• วงศ์Pararosariidae Jeon & Park 2021 ^{[ 5 ]}
  • พาราโรซาเรียม จอน แอนด์ พาร์ค 2021
• วงศ์Parviliferaceae Reñé & Alacid 2017 ^{[ 4 ]}
  • Dinovorax Reñé & Alacid 2017
  • ParviluciferaNorén & Moestrup 1999^[1]
  • SnorkeliaReñé & Alacid 2017
  • TuberlatumJeon & Park 2019^[23]
• Family PerkinsidaeLevine 1978^[2]
  • PerkinsusLevine 1978^[2]
• Family XcellidaeFreeman et al. 2017 em. Karlsbakk, Nystøyl, Plarre & Nylund 2021^[21]
  • CryoxcelliaEvans, Patel, Matzke & Millar 2023^[20]
  • GadixcelliaFreeman et al. 2017^[6]
  • NotoxcelliaDesvignes et al. 2022^[22]
  • SalmoxcelliaKarlsbakk, Nystøyl, Plarre & Nylund 2021^[21]
  • XcelliaFreeman et al. 2017^[6]

As mentioned above, two genera have uncertain placement because they have never been genetically sequenced, but they have been assigned to Perkinsea on the basis of their morphology:^[13]

• RastrimonasBrugerolle 2003^[24]
• AcrocoelusFernández, Pardos, Benito & Arroyo 1999^[8]