เมื่ออายุ 15 ปี สโตยาโควิชเข้าร่วม สโมสรบาสเกตบอล Crvena zvezda (เรดสตาร์ เบลเกรด) กับเรดสตาร์ เขาเล่นในระดับอาวุโส 2 ฤดูกาล (ฤดูกาล 1992–93 และ 1993–94) กับสโมสรแห่งนี้ เขายังคว้าแชมป์ระดับชาติของสหพันธ์ยูโกสลาเวียในฤดูกาล 1992–93 อีกด้วย ในฤดูกาล 1993–94 เขาเล่นเฉพาะใน ทัวร์ นาเมนต์ถ้วยระดับชาติของสหพันธ์ยูโกสลาเวียเท่านั้น กับเรดสตาร์ เขาลงเล่นทั้งหมด 39 เกม ทำคะแนนรวม 113 คะแนน เฉลี่ย 2.9 คะแนนต่อเกม^{[ 3 ]}

สโตยาโควิชย้ายไปกรีซในปี 1993 เมื่ออายุ 16 ปี และเข้าร่วมสโมสรPAOK Thessaloniki ในลีกกรีก^{[ 4 ]} หนึ่งปีต่อมา เขาคว้าแชมป์ กรีกคัพในฤดูกาล 1994–95 กับ PAOK นอกจากนี้เขายังได้เล่นใน รอบชิงชนะเลิศ ของ FIBA ​​European Cup (FIBA Saporta Cup) ฤดูกาล 1995–96 ซึ่งเป็นการแข่งขัน ระดับรองของยุโรปอีกด้วย

สโตยาโควิชทำ คะแนนสามแต้ม ในช่วง วินาทีสุดท้ายที่น่าจดจำในการแข่งขันรอบรองชนะเลิศ เพลย์ออฟลีกกรีกปี 1998 กับโอลิมปิอาโกส ที่เมืองพีราเออุส ซึ่งทำให้พีเอโอเคชนะไปด้วยคะแนน 58–55 ^{[ 5 ]}ชัยชนะครั้งนั้นซึ่งยุติการครองแชมป์ลีกกรีก 5 ปีของโอลิมปิอาโกส ทำให้พีเอโอเคได้ไปเจอกับพานาธิไนกอสในรอบชิงชนะเลิศของลีก แม้ว่าสโมสรจะมีข้อเสียเปรียบในการเล่นในบ้าน และในที่สุดก็แพ้ในซีรีส์ 5 เกม (และเสียแชมป์ลีก) ไป 3–2 สโตยาโควิชซึ่งถูกประกบอย่างใกล้ชิดตลอดทั้งซีรีส์โดยไบรอน สก็อตต์ หัวหน้าโค้ชในอนาคตของเขาในนิวออร์ลีนส์ ซึ่งกำลังจะปิดฉากอาชีพนักบาสเกตบอลของเขา ในฐานะหนึ่งในผู้เล่นหลักของพานาธิไนกอส ไม่ได้เล่นในระดับปกติของเขา

ในฤดูกาลสุดท้ายของเขากับPAOKสโตยาโควิชทำคะแนนเฉลี่ย 23.9 คะแนน รีบาวด์ 4.9 ครั้ง แอสซิสต์ 2.5 ครั้ง และสตีล 1.2 ครั้งต่อเกมในลีกกรีก และทำคะแนนเฉลี่ย 20.9 คะแนน รีบาวด์ 3.6 ครั้ง และแอสซิสต์ 1.5 ครั้งต่อเกมในยูโรลีก ซึ่ง เป็นลีกระดับสูงสุดของยุโรป ในฤดูกาล1997–98 ^{[ 6 ]}

สโตยาโควิชถูกเลือกโดยทีมซาคราเมนโต คิงส์ในรอบแรก (ลำดับที่ 14) ของการดราฟท์ NBA ปี 1996ขณะที่ยังเล่นอยู่ในประเทศกรีซ เขาเล่นที่นั่นต่อไปจนกระทั่งคิงส์เซ็นสัญญากับเขาก่อนฤดูกาล NBA ปี 1998–99 ที่มีการล็อกเอาต์หลังจากสองฤดูกาลที่นั่งสำรองกับซาคราเมนโต เขาประสบความสำเร็จอย่างมากในฤดูกาล2000–01โดยทำคะแนนเฉลี่ย 20.4 แต้มและรีบาวด์ 5.8 ครั้งต่อเกม พร้อมกับยิงสามแต้มได้แม่นยำถึง .400 ในฤดูกาลแรกที่เขาเป็นตัวจริง เขาได้อันดับสองในการโหวตรางวัลผู้เล่นพัฒนาการยอดเยี่ยมประจำ ปี 2001

ในฤดูกาล 2001–02เขาได้เล่นในเกม NBA All-Starเป็นครั้งแรก ค่าเฉลี่ยการทำแต้มของเขาเพิ่มขึ้นเป็น 21.2 แต้มต่อเกม และเขายังทำสถิติสูงสุดในอาชีพการงานในด้านเปอร์เซ็นต์การยิง (.484) และเปอร์เซ็นต์การยิงสามแต้ม (.416) ค่าเฉลี่ยการทำแต้มของเขาลดลงเล็กน้อยเหลือ 19.2 แต้มต่อเกมในฤดูกาล 2002–03แต่เขาก็ได้เล่นในเกม All-Star อีกครั้ง ในทั้งสองฤดูกาล เขาชนะการแข่งขันยิงสามแต้มที่จัดขึ้นในช่วงสุดสัปดาห์ All-Star ในฤดูกาล '02–03 สโตยาโควิชเป็นหนึ่งในนักกีฬา 24 คนที่เซ็นชื่อให้รูปเหมือนของตนกับกลุ่ม LEGOเพื่อนำไปสร้างใหม่สำหรับธีมLEGO Sports ของพวกเขา ^{[ 7 ]} ซึ่งถือเป็นประวัติศาสตร์เนื่องจากเป็น มินิฟิกเกอร์ LEGOตัวแรกที่มีสีผิวที่เป็นธรรมชาติ นับตั้งแต่สร้างขึ้นในปี 1978 ^{[ 8 ]}

ในฤดูกาล 2003–04สโตยาโควิชได้รับเลือกให้เป็นออลสตาร์อีกครั้ง และจบอันดับสองในลีกด้วยคะแนนเฉลี่ยสูงสุดในอาชีพที่ 24.2 แต้มต่อเกม เขาจบอันดับสี่ในการโหวต MVP และได้รับเลือกให้ติดทีม All-NBA ชุดที่ 2 เขายังเป็นผู้นำ NBA ในด้านเปอร์เซ็นต์การยิงลูกโทษ (.933) และการยิงสามแต้มมากที่สุดในฤดูกาล (240) ในฤดูกาล2004–05เขาพลาดการแข่งขัน 16 เกมเนื่องจากอาการบาดเจ็บ และมีอาการบาดเจ็บเล็กน้อยในหลายเกม แต่ก็ยังทำคะแนนเฉลี่ยได้ 20.1 แต้มต่อเกม หมายเลข 16 ของสโตยาโควิชได้รับการยกเลิกโดยทีมแซคราเมนโต คิงส์ เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2014 ^{[ 9 ] [ 10 ]}

เมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2549 สโตยาโควิชถูกเทรดไปยังอินเดียนา เพเซอร์สเพื่อแลกกับฟอร์เวิร์ดรอน อาร์เทสต์เป็นการสิ้นสุดช่วงเวลาแปดปีของเขากับคิงส์^{[ 11 ]}อย่างไรก็ตาม เขาพลาดการแข่งขันสี่เกมในรอบแรกของเพลย์ออฟกับนิวเจอร์ซีย์ เน็ตส์ซึ่งแพ้ทั้งหมด

ในช่วงปิดฤดูกาลปี 2006 เขาตกลงทำสัญญากับทีมNew Orleans/Oklahoma City Hornets ในขณะนั้น มูลค่า 64 ล้านดอลลาร์ในระยะเวลา 5 ปี^{[ 12 ]}เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน2006สโตยาโควิชทำคะแนนสูงสุดในอาชีพ 42 คะแนนในการแข่งขันกับCharlotte Bobcatsและกลายเป็นผู้เล่นคนแรกในประวัติศาสตร์ NBA ที่ทำคะแนน 20 คะแนนติดต่อกันให้กับทีมของเขาในช่วงเริ่มต้นเกม^{[ 13 ]} การเริ่มต้นฤดูกาลที่แข็งแกร่งของเขาต้องหยุดชะงักลงเนื่องจาก อาการบาดเจ็บ ส่งผลให้เขาพลาดการแข่งขันเกือบทุกเกมในฤดูกาล 2006–07 ยกเว้นเพียง 13 เกมแรก

สโตยาโควิชกลับมาทำผลงานได้ดีในฤดูกาลถัดมา โดยลงเล่นเป็นตัวจริงครบทั้ง 77 เกม และเป็นผู้มีส่วนสำคัญในการช่วยให้ฮอร์เน็ตส์คว้าชัยชนะถึง 56 เกม ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดของแฟรนไชส์ ​​และคว้าแชมป์ดิวิชั่นเป็นครั้งแรก ในสองเกมแรกของการแข่งขันรอบสองกับซานอันโตนิโอ สเปอร์ส แชมป์เก่า ซึ่งทั้งสองเกมจบลงด้วยชัยชนะ สโตยาโควิชทำคะแนนเฉลี่ย 23.5 แต้มต่อเกม และยิงสามแต้มได้แม่นยำถึง 63.7% ^{[ 14 ]}ในที่สุดฮอร์เน็ตส์ก็แพ้สเปอร์สในเจ็ดเกม ทำให้เส้นทางของพวกเขาต้องจบลง

แกนหลักของฮอร์เน็ตส์อย่างคริส พอล , ไทสัน แชนด์เลอร์ , เดวิด เวสต์และ สโตยาโควิช ช่วยให้ฮอร์เน็ตส์ยังคงมีลุ้นในฤดูกาลถัดมา แต่การบาดเจ็บและการแลกเปลี่ยนตัวแชนด์เลอร์ทำให้ทีมนิวออร์ลีนส์ต้องสร้างทีมใหม่ ส่งผลให้สโตยาโควิชซึ่งเป็นผู้เล่นมากประสบการณ์กลายเป็นส่วนเกินของทีม

เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2010 Stojaković ถูกเทรดไปยังToronto Raptorsพร้อมกับJerryd Baylessเพื่อแลกกับJarrett Jack , Marcus BanksและDavid Andersen ^{[ 15 ]}

หลังจากลงเล่นเพียงสองเกม ในวันที่ 20 มกราคม 2011 สโตยาโควิชก็ถูกปล่อยตัวออกจากทีมแรปเตอร์ส เขาพลาดการลงเล่นไป 26 เกมเนื่องจากอาการบาดเจ็บที่เข่าซ้าย^{[ 16 ]}

เมื่อวันที่ 24 มกราคม 2011 สโตยาโควิชเซ็นสัญญากับดัลลัส แมฟเวอริกส์ [ ^{17 ] แม}ฟเวอริกส์คว้าแชมป์ NBA ในปีนั้น^{[ 18 ]}โดยสโตยาโควิชมีบทบาทสนับสนุนที่สำคัญ ทำคะแนนเฉลี่ย 7.1 แต้มต่อเกมในช่วงการแข่งขันรอบเพลย์ออฟของแมฟเวอริกส์^{[ 19 ]}เขาทำคะแนนได้มากกว่า 20 แต้มในสองเกมเพลย์ออฟที่แตกต่างกันสำหรับแมฟเวอริกส์^{[ 19 ]}

เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2554 Stojaković ประกาศการเกษียณอายุ โดยอ้างถึงปัญหาที่หลังและคอเรื้อรังซึ่งเป็นอุปสรรคต่อการเล่นในช่วงท้ายอาชีพของเขา^{[ 20 ]}

สโตยาโควิชได้รับการยกย่องว่าเป็นหนึ่งในนักยิงประตูที่เก่งที่สุดในประวัติศาสตร์ NBA เขายิงลูกสามแต้มได้ 1,760 ลูก ตลอดอาชีพ ซึ่งอยู่ในอันดับที่สี่ตลอดกาลเมื่อเขาเกษียณจาก NBA ^{[ 21 ] [ 22 ]}