โครงการเพาะพันธุ์คือการวางแผนเพาะพันธุ์สัตว์หรือพืชกลุ่มหนึ่งโดยปกติแล้วจะเกี่ยวข้องกับสัตว์หรือพืชอย่างน้อยหลายตัวและดำเนินการต่อเนื่องหลายชั่วอายุคนมีวิธีการผสมพันธุ์อยู่สองวิธี ได้แก่ การผสมพันธุ์เทียม (ซึ่งมนุษย์สร้างขึ้น) และการผสมพันธุ์ตามธรรมชาติ (เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ)

ตามที่ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวง เศรษฐกิจของเนเธอร์แลนด์ระบุการคลอดลูกสัตว์มีความสำคัญต่อพฤติกรรมตามธรรมชาติของแม่และฝูงสัตว์ และเป็นสิ่งที่พึงปรารถนาจากมุมมองทางสัตวแพทย์^{[ 1 ]}

โปรแกรมการผสมพันธุ์ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในหลายสาขาที่มนุษย์ต้องการเปลี่ยนแปลงลักษณะของลูกหลานสัตว์โดยการคัดเลือกคู่ผสมพันธุ์อย่างระมัดระวัง:

• ผู้เลี้ยงสุนัขและแมว อาจร่วมกันวางแผนโครงการผสมพันธุ์เพื่อเพิ่มโอกาสที่ลูกสุนัขหรือแมวที่เกิดมาจะมีคุณภาพระดับแชมป์เปี้ยน
• ผู้เพาะพันธุ์ม้าพยายามผลิตม้าแข่งที่วิ่ง เร็ว ผ่านโปรแกรมการผสมพันธุ์
• นักอนุรักษ์ใช้โปรแกรมการผสมพันธุ์เพื่อพยายามช่วยฟื้นฟูพันธุ์สัตว์ใกล้สูญพันธุ์โดยการรักษากลุ่มยีน ที่มีอยู่ และป้องกันการผสมพันธุ์ในสายเลือดเดียวกัน
• นอกจากนี้ยังสามารถมีโครงการปรับปรุงพันธุ์พืชได้อีกด้วย ตัวอย่างเช่น เจ้าของโรงบ่มไวน์ที่ต้องการหาไวน์ที่มีรสชาติดียิ่งขึ้น อาจออกแบบโครงการปรับปรุงพันธุ์โดยอนุญาตเฉพาะเถาองุ่นที่มีองุ่นคุณภาพดีที่สุดเท่านั้นที่จะนำมาผสมพันธุ์กัน

• การเลี้ยงสัตว์
• การผสมพันธุ์ในกรง
• โครงการอนุรักษ์สัตว์ใกล้สูญพันธุ์แห่งยุโรป
• การอนุรักษ์นอกถิ่นกำเนิด
• การปรับปรุงพันธุ์มนุษย์
• การผสมพันธุ์แบบคัดเลือก