โปรบิส
นักพัฒนา	อินซิลาบ (สถาบันเคมีแห่งชาติสโลวีเนีย)
ปล่อย	2010 ( 2010 )
เขียนเป็น	C++ , JavaScript , PHP
ระบบปฏิบัติการ	คล้ายยูนิกส์ , วินโดวส์
พิมพ์	เว็บเซิร์ฟเวอร์ , ปลั๊กอิน , อัลกอริทึม , ฐานข้อมูล
เว็บไซต์	probis .cmm .ki .si

ProBiSเป็นซอฟต์แวร์ คอมพิวเตอร์ ที่ช่วยให้สามารถทำนายตำแหน่งการจับและลิแกนด์ที่เกี่ยวข้องสำหรับโครงสร้างโปรตีนที่กำหนดได้ ในตอนแรก ProBiS ถูกพัฒนาเป็นอัลกอริทึม ProBiS โดย Janez Konc และ Dušanka Janežič ในปี 2010 ^{[ 1 ]}และปัจจุบันมีให้บริการในรูปแบบเซิร์ฟเวอร์ ProBiS, เซิร์ฟเวอร์ ProBiS CHARMMing, อัลกอริทึม ProBiS และปลั๊กอิน ProBiS ชื่อ ProBiS มาจากวัตถุประสงค์ของซอฟต์แวร์เอง นั่นคือการทำนายตำแหน่งการจับและลิแกนด์ที่เกี่ยวข้อง สำหรับ โครงสร้างโปรตีนที่ กำหนด

ซอฟต์แวร์ ProBiS เริ่มต้นจากอัลกอริทึม ProBiS ที่ตรวจจับตำแหน่งที่มีโครงสร้างคล้ายกันบนพื้นผิวโปรตีนโดยการจัดเรียงโครงสร้างพื้นผิวเฉพาะที่โดยใช้อัลกอริทึมการหาคลิกสูงสุดที่รวดเร็ว อัลกอริทึม ProBiS ได้รับการพัฒนาต่อยอดเป็น ProBiS server ซึ่งให้การเข้าถึงโปรแกรม ProBiS ที่ตรวจจับตำแหน่งการจับของโปรตีนโดยอาศัยการจัดเรียงโครงสร้างเฉพาะที่ ปัจจุบันมี ProBiS server สองตัว คือ ProBiS server และ ProBiS CHARMMing server โดยตัวหลังจะเชื่อมต่อ ProBiS และCHARMMing server เข้าด้วยกันเป็นหน่วยการทำงานเดียวที่ช่วยให้สามารถทำนายคอมเพล็กซ์โปรตีน-ลิแกนด์ และช่วยในการปรับแต่งรูปทรงเรขาคณิตและการคำนวณพลังงานปฏิสัมพันธ์ ProBiS CHARMMing server ที่มีฟังก์ชันเพิ่มเติมเหล่านี้สามารถใช้งานได้เฉพาะที่สถาบันสุขภาพแห่งชาติ (National Institutes of Health ) ประเทศสหรัฐอเมริกาเท่านั้น มิเช่นนั้นจะทำงานเหมือน ProBiS server ทั่วไป นอกจากนี้ยังมีการสร้างปลั๊กอิน ProBiS PyMOLและปลั๊กอิน ProBiS UCSF Chimeraทั้งสองปลั๊กอินเชื่อมต่อผ่านอินเทอร์เน็ตไปยังฐานข้อมูลใหม่ที่จัดเตรียมไว้สำหรับการเปรียบเทียบตำแหน่งการจับที่คำนวณไว้ล่วงหน้า เพื่อให้สามารถทำนายตำแหน่งการจับในโปรตีนที่มีอยู่จาก Protein Data Bank ได้อย่างรวดเร็ว เทคโนโลยีนี้ช่วยให้สามารถดูตำแหน่งการจับที่คาดการณ์ไว้และท่าทางของลิแกนด์ในรูปแบบกราฟิกสามมิติได้

ตรวจจับตำแหน่งการจับที่คล้ายคลึงกันทางโครงสร้าง

เครื่องมือนี้รับข้อมูลโปรตีนที่ต้องการค้นหาหรือตำแหน่งการจับเป็นอินพุต อัลกอริทึม ProBiS จะเปรียบเทียบโครงสร้างของข้อมูลที่ต้องการค้นหาโดยไม่ขึ้นอยู่กับลำดับหรือโครงสร้าง กับฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีนที่ไม่ซ้ำกัน ผลลัพธ์ของเครื่องมือนี้คือภาพ 3 มิติของโปรตีนที่ต้องการค้นหา ซึ่งแสดงสีตามระดับการอนุรักษ์โครงสร้างจากสีน้ำเงิน (ไม่ได้รับการอนุรักษ์) ไปจนถึงสีแดง (ได้รับการอนุรักษ์โครงสร้าง) ในโปรแกรม Jmol viewer และตารางโปรตีนที่คล้ายคลึงกัน

การจัดเรียงโครงสร้างเฉพาะที่แบบคู่

เครื่องมือนี้รับข้อมูลโปรตีนหรือตำแหน่งการจับสองตำแหน่งเป็นอินพุต อัลกอริทึม ProBiS จะเปรียบเทียบโครงสร้างโดยพิจารณาจากรูปทรงเรขาคณิตและคุณสมบัติทางเคมีกายภาพ และส่งคืนการจัดเรียงโครงสร้างเฉพาะที่ของทั้งสองโครงสร้าง

เว็บเซิร์ฟเวอร์ ProBiS บริการเว็บ RESTful

เว็บเซิร์ฟเวอร์ ProBiS มีบริการเว็บแบบ RESTful (Representational State Transfer) เพื่อให้สามารถเข้าถึงความคล้ายคลึงกันของตำแหน่งการจับและตำแหน่งการจัดเรียงแบบคู่ในระดับท้องถิ่นสำหรับโครงสร้างโปรตีน PDB ใดๆ ได้อย่างง่ายดายจากสคริปต์ใดๆ ก็ได้

การเข้าถึงฐานข้อมูล ProBiS

สามารถเข้าถึงฐานข้อมูล ProBiS ได้โดยตรงจากเซิร์ฟเวอร์ ProBiS (CHARMMing) วิดเจ็ตฐานข้อมูล ProBiS ซึ่งสามารถรวมไว้ในหน้าเว็บใดก็ได้เพื่อให้เข้าถึงฐานข้อมูล ProBiS หรือบริการเว็บ RESTful ซึ่งทำให้สามารถเข้าถึงฐานข้อมูล ProBiS ได้อย่างง่ายดายจากสคริปต์ใดๆ ก็ได้

• อัลกอริทึม ProBiS สำหรับการตรวจจับตำแหน่งการจับโปรตีนที่มีโครงสร้างคล้ายกันโดยการจัดเรียงโครงสร้างเฉพาะที่ (มีนาคม 2010) ^{[ 1 ]}
• ProBiS: เว็บเซิร์ฟเวอร์สำหรับการตรวจจับตำแหน่งการจับโปรตีนที่มีโครงสร้างคล้ายกัน (กุมภาพันธ์ 2553) ^{[ 2 ]}
• ProBiS-Database: ความคล้ายคลึงของไซต์การผูกที่คำนวณไว้ล่วงหน้าและการจัดเรียงแบบคู่ในระดับท้องถิ่นของโครงสร้าง Pdb (ธันวาคม 2011) ^{[ 3 ]}
• ProBiS - 2012: เว็บเซิร์ฟเวอร์และบริการเว็บสำหรับการตรวจจับไซต์การจับที่คล้ายคลึงกันในโครงสร้างโปรตีน (กุมภาพันธ์ 2012) ^{[ 4 ]}
• Parallel-ProBiS: อัลกอริทึมแบบขนานที่รวดเร็วสำหรับการเปรียบเทียบโครงสร้างเฉพาะที่ของโครงสร้างโปรตีนและไซต์การจับ (มีนาคม 2012) ^{[ 5 ]}
• ProBiS-ligands: เว็บเซิร์ฟเวอร์สำหรับการทำนายลิแกนด์โดยการตรวจสอบไซต์การจับโปรตีน (กุมภาพันธ์ 2014) ^{[ 6 ]}
• ProBiS-Charmming: อินเทอร์เฟซเว็บสำหรับการทำนายและเพิ่มประสิทธิภาพของลิแกนด์ในบริเวณการจับโปรตีน (สิงหาคม 2558) ^{[ 7 ]}

• เซิร์ฟเวอร์ ProBiS