โปรโมเตอร์แบชชิ่ง (Promoter bashing)เป็นเทคนิคที่ใช้ในชีววิทยาโมเลกุลเพื่อระบุว่าบางส่วนของสายดีเอ็นเอซึ่งโดยทั่วไป คือ โปรโมเตอร์มีผลต่อการถอดรหัสของยีนที่อยู่ถัดไปอย่างไร ในสภาวะปกติโปรตีนจะจับกับโปรโมเตอร์และกระตุ้นหรือยับยั้งการถอดรหัส ในการทดสอบ โปรโมเตอร์แบชชิ่ง จะมีการสร้าง การกลายพันธุ์แบบจุดหรือการลบเฉพาะในบริเวณเฉพาะของโปรโมเตอร์ จากนั้นจึงวัด การถอดรหัสของยีน สามารถสังเกตการมีส่วนร่วมของบริเวณโปรโมเตอร์ได้จากระดับการถอดรหัส หากการกลายพันธุ์หรือการลบเปลี่ยนระดับการถอดรหัส แสดงว่าบริเวณนั้นของโปรโมเตอร์อาจเป็นตำแหน่งการจับหรือองค์ประกอบควบคุมอื่นๆ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]}

การทดสอบโปรโมเตอร์บาชิ่งมักทำโดยการตัดส่วน ปลาย 5'หรือ3'ของสาย DNA ออก การทดสอบนี้ทำได้ง่ายขึ้นโดยอาศัยการย่อยด้วยเอนไซม์จำกัด ซ้ำๆ และการแยกชิ้นส่วนด้วยเจลที่มีขนาดเฉพาะ มักจะง่ายที่สุดที่จะเชื่อมโปรโมเตอร์เข้ากับรีพอร์เตอร์ สร้างรีพอร์เตอร์คอนสตรัคต์จำนวนมากโดยใช้ PCR หรือการเจริญเติบโตในแบคทีเรีย จากนั้นทำการย่อยด้วยเอนไซม์จำกัดแบบอนุกรมกับตัวอย่างนี้ ความสามารถของโปรโมเตอร์ต้นน้ำสามารถทดสอบได้ง่ายโดยการตัดส่วนปลาย 5' ออก และทำเช่นเดียวกันกับปลาย 3' ของสายสำหรับโปรโมเตอร์ปลายน้ำ^{[ 4 ]}

เนื่องจากโปรโมเตอร์มักมีลำดับการจับของโปรตีนที่ควบคุมการถอดรหัส โปรตีนเหล่านี้จึงมีความสำคัญอย่างยิ่งในการประเมินการทำงานของโปรโมเตอร์ โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโปรโมเตอร์สามารถระบุได้โดยใช้การทดสอบการเปลี่ยนแปลงการเคลื่อนที่ของอิเล็กโทรฟอเรซิส (EMSA) และสามารถประเมินผลของการรวมหรือการไม่รวมโปรตีนกับโปรโมเตอร์ที่กลายพันธุ์ได้ในการทดสอบนี้ วิธีนี้ช่วยให้สามารถใช้การกระแทกโปรโมเตอร์เพื่อค้นพบไม่เพียงแต่ตำแหน่งบนสาย DNA ที่ส่งผลต่อการถอดรหัส แต่ยังรวมถึงโปรตีนที่ส่งผลต่อสายนั้นด้วย ผลกระทบของการโต้ตอบระหว่างโปรตีนด้วยกันเอง รวมถึงตำแหน่งการจับ สามารถทดสอบได้ด้วยวิธีนี้เช่นกัน โปรตีนเป้าหมายจะต้องระบุโดยการทดสอบการโต้ตอบระหว่างโปรตีนกับโปรตีนแทนที่จะใช้ EMSA ^{[ 5 ]}

นี่คือขั้นตอนตัวอย่างสำหรับการทดสอบการทำลายโปรโมเตอร์ ซึ่งดัดแปลงมาจาก Boulin et al. : ^{[ 6 ]}

1. ทำการโคลนส่วนของดีเอ็นเอที่คาดว่าทำหน้าที่เป็นโปรโมเตอร์การโคลนมีความจำเป็นสำหรับการทดสอบ เนื่องจากเป็นการรับประกันว่าโปรโมเตอร์เป็นปัจจัยเดียวที่มีผลต่อการแสดงออกของยีน ขั้นตอนนี้มักเกี่ยวข้องกับการสกัดดีเอ็นเอจากสิ่งมีชีวิตที่มันอาศัยอยู่ และการเพิ่มจำนวนด้วยวิธี PCR
2. ทำการจัดลำดับดีเอ็นเอในบริเวณนั้นการจัดลำดับดีเอ็นเอมีความจำเป็นเพื่อระบุความแตกต่างของโปรโมเตอร์ที่กลายพันธุ์จากโปรโมเตอร์แบบปกติ และเพื่อเชื่อมโยงความแตกต่างเหล่านั้นกับความแตกต่างในการแสดงออกของยีน นอกจากนี้ยังช่วยในการย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะในบริเวณนั้นด้วย
3. ย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะที่เหมาะสมบริเวณดังกล่าวสามารถย่อยเพื่อกำจัดองค์ประกอบที่คิดว่าไม่ใช่ส่วนหนึ่งของโปรโมเตอร์ นอกจากนี้ ยีนรายงานจะต้องถูกแทรกในระยะห่างจากโปรโมเตอร์ที่กำหนดไว้สำหรับโปรโมเตอร์ส่วนใหญ่ ในบางวิธีการของการทำลายโปรโมเตอร์ จะใช้การย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะหลายครั้งเพื่อกำจัดองค์ประกอบของโปรโมเตอร์อย่างเป็นระบบ วิธีนี้ทำให้มั่นใจได้ว่าบริเวณของโปรโมเตอร์ที่ถูกกำจัดออกไปนั้นจะไม่ส่งผลต่อการแสดงออก ของยีน รายงาน
4. ทำให้โปรโมเตอร์เกิดการกลายพันธุ์ การกลายพันธุ์ของโปรโมเตอร์เป็นสิ่งจำเป็นหากไม่ได้ใช้วิธีการตัดส่วนหนึ่งของโปรโมเตอร์ออกด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ สามารถสร้างสายดีเอ็นเอที่กลายพันธุ์ได้หลายสาย จากนั้นจึงนำสายดีเอ็นเอเหล่านั้นไปหาลำดับเบสและทดสอบกิจกรรมของโปรโมเตอร์ ขั้นตอนนี้มักจำเป็นเพราะไม่สามารถรับประกันได้ว่าการกลายพันธุ์เพียงครั้งเดียวจะทำให้ตำแหน่งการจับของเอนไซม์ไม่ทำงาน นอกจากนี้ยังสามารถใช้การกลายพันธุ์แบบไม่กำหนดทิศทางโดยใช้ PCR ได้ โดยสามารถปรับพารามิเตอร์ของปฏิกิริยา PCR ที่ทำให้เกิดการกลายพันธุ์เพื่อสร้างการกลายพันธุ์ในจำนวนที่เหมาะสม อย่างไรก็ตาม ลักษณะสุ่มของ PCR ทำให้จำเป็นต้องทดสอบสายดีเอ็นเอจำนวนมากขึ้นหลังจากขั้นตอนนี้
5. เชื่อมต่อกับยีนรายงานโปรโมเตอร์ที่จะทำการทดสอบจะต้องเชื่อมต่อกับยีนรายงานเพื่อให้สามารถวัดระดับการแสดงออกของยีนได้ ยีนรายงานจะต้องอยู่ห่างจากโปรโมเตอร์ในระยะที่เพียงพอเพื่อให้โปรโมเตอร์ส่งผลต่อยีนรายงานเช่นเดียวกับที่โปรโมเตอร์ชนิดปกติส่งผลต่อยีน สามารถตรวจสอบได้โดยใช้ตัวควบคุมเชิงบวก (โปรโมเตอร์แบบเต็ม)
6. ทำการแปลงเซลล์ที่สนใจด้วยโครงสร้างโปรโมเตอร์:รีพอร์เตอร์ต่างๆโครงสร้างโปรโมเตอร์และรีพอร์เตอร์จะต้องถูกเชื่อมต่อเข้ากับพลาสมิดและถ่ายโอนเข้าไปในเซลล์ที่สามารถแสดงออกพลาสมิดนั้นได้ เพื่อวัดกิจกรรมของลำดับโปรโมเตอร์แต่ละตัว โปรตีนที่มีผลต่อโปรโมเตอร์จะต้องถูกเพิ่มเข้าไปในเซลล์เหล่านั้นด้วย—โดยทั่วไปแล้วโปรตีนเหล่านั้นจะถูกวางไว้บนพลาสมิดเดียวกันหรือต่างกัน ภายใต้การควบคุมของโปรโมเตอร์ที่ทำงานอย่างต่อเนื่อง
7. วัดอัตราการถอดรหัสของยีนรายงานผลทำการวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ของยีนและวัดอัตราการถอดรหัสของยีนรายงานผล

จากข้อมูลที่ได้รับจากการทดสอบโปรโมเตอร์ต่างๆ สามารถตรวจสอบผลกระทบของส่วนต่างๆ ของโปรโมเตอร์ได้ อย่างไรก็ตาม อาจมีข้อมูลไม่เพียงพอ และจำเป็นต้องทำการทดสอบซ้ำโดยใช้บริเวณโปรโมเตอร์ที่แตกต่างกันและ/หรือการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกัน

• การกลายพันธุ์แบบกำหนดเป้าหมายเฉพาะจุด
• การย่อยด้วยเอนไซม์จำกัด
• การตรวจสอบร่องรอยดีเอ็นเอ