โปรทซีดี

เนื้อหา
คำอธิบาย	ปฏิสัมพันธ์ที่คล้ายคลึงกันของโปรตีนที่คล้ายคลึงกันในรูปแบบผลึกหลายรูปแบบ
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย	ศูนย์มะเร็งฟ็อกซ์เชส
ห้องปฏิบัติการ	สถาบันวิจัยมะเร็ง
ผู้เขียน	ฉีฟาง ซู, โรแลนด์ ดันแบร็ก
การอ้างอิงหลัก	Xu & Dunbrack (2011) [ 1 ]
วันที่วางจำหน่าย	2010
เข้าถึง
เว็บไซต์	http://dunbrack2.fccc.edu/protcid

ฐานข้อมูลส่วนต่อประสานโปรตีนทั่วไป ( ProtCID ) เป็นฐานข้อมูลของส่วนต่อประสานโปรตีน-โปรตีน ที่คล้ายคลึงกัน ใน โครงสร้าง ผลึกของโปรตีนที่คล้ายคลึงกัน^{[ 1 ] [ 5 ]}

เป้าหมายหลักคือการระบุและจัด กลุ่มอินเทอร์เฟ ซโฮโมไดเมอริกและเฮเทโรไดเมอริกที่สังเกตได้ในรูปแบบผลึกหลายรูปแบบของโปรตีนโฮโมล็อกัส อินเทอร์เฟซดังกล่าว โดยเฉพาะอย่างยิ่งของโปรตีนที่ไม่เหมือนกันหรือโปรตีนคอมเพล็กซ์ ได้รับการเชื่อมโยงกับปฏิสัมพันธ์ที่เกี่ยวข้องทางชีววิทยา^{[ 6 ]}

อินเทอร์เฟซทั่วไปใน ProtCID ระบุปฏิสัมพันธ์ระหว่างโซ่กับโซ่หรือโดเมนกับโดเมนที่เกิดขึ้นในรูปแบบผลึกที่แตกต่างกัน ลำดับโปรตีนทั้งหมดที่มีโครงสร้างที่ทราบในProtein Data Bank (PDB) ^{[ 7 ]} จะถูกกำหนด " สถาปัตยกรรมโซ่ Pfam " ซึ่งแสดงถึงการกำหนด Pfam ^{[ 8 ]} ตามลำดับ สำหรับลำดับนั้น เช่น (Pkinase) หรือ (Cyclin_N)_(Cyclin_C) อินเทอร์เฟซโฮโมไดเมอร์ในผลึกทั้งหมดที่มีโดเมนหรือสถาปัตยกรรมโซ่เฉพาะจะถูกเปรียบเทียบ โดยไม่คำนึงว่าจะมีโปรตีนประเภทอื่นอยู่ในผลึกหรือไม่ อินเทอร์เฟซทั้งหมดระหว่างโดเมน Pfam หรือสถาปัตยกรรม Pfam สองแบบที่แตกต่างกันในรายการ PDB ทั้งหมดที่มีอยู่จะถูกเปรียบเทียบเช่นกัน (เช่น (Pkinase) และ (Cyclin_N)_(Cyclin_C)) สำหรับทั้งโฮโมไดเมอร์และเฮเทอโรไดเมอร์ อินเทอร์เฟซจะถูกจัดกลุ่มเป็นอินเทอร์เฟซทั่วไปตามคะแนนความคล้ายคลึงกัน

ProtCID รายงานจำนวนรูปแบบผลึกที่มีอินเทอร์เฟซร่วมกัน จำนวนรายการ PDB จำนวนคำอธิบายประกอบการประกอบทางชีวภาพของ PDB และ PISA ^{[ 9 ]}ที่มีอินเทอร์เฟซเดียวกัน พื้นที่ผิวเฉลี่ย และความเหมือนลำดับขั้นต่ำของโปรตีนที่มีอินเทอร์เฟซ ProtCID ให้การตรวจสอบอิสระเกี่ยวกับคำอธิบายประกอบปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพที่เผยแพร่ต่อสาธารณะสำหรับรายการ PDB

นอกจากนี้ ProtCID ยังประกอบด้วยคลัสเตอร์ส่วนต่อประสานระหว่างโดเมนโปรตีนกับเปปไทด์ กรดนิวคลีอิก และลิแกนด์

• ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีน

• https://dunbrack2.fccc.edu/protcid
• ส่วนต่อประสาน พื้นผิว และการประกอบของโปรตีน (PISA)
• https://www.rcsb.org