ตัวทำนายการรวมตัวของโปรตีน

วิธีการคำนวณที่ใช้ลำดับโปรตีนและ/หรือโครงสร้างโปรตีนในการทำนายการรวมตัวของโปรตีนตารางด้านล่างแสดงคุณสมบัติหลักของซอฟต์แวร์สำหรับการทำนายการรวมตัวของโปรตีน

โต๊ะ

ตารางที่ 1
วิธี	อัปเดตล่าสุด	การเข้าถึง (เว็บเซิร์ฟเวอร์/ดาวน์โหลดได้)	หลักการ	ป้อนข้อมูล		เอาต์พุต
วิธี	อัปเดตล่าสุด	การเข้าถึง (เว็บเซิร์ฟเวอร์/ดาวน์โหลดได้)	หลักการ	ลำดับ / โครงสร้าง 3 มิติ	พารามิเตอร์เพิ่มเติม	เอาต์พุต
รูปแบบอะไมลอยด์^{[ 1 ]}	2004	เว็บเซิร์ฟเวอร์- AMYLPRED2	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง รูปแบบ อะไมลอยด์ ระบบจะสแกนข้อมูลที่ส่งเข้ามาเพื่อตรวจหารูปแบบ {P}-{PKRHW}-[VLSCWFNQE]-[ILTYWFNE]-[FIY]-{PKRH} ในระดับเอกลักษณ์ โดยใช้สคริปต์แบบกำหนดเองอย่างง่าย	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
แทงโก้^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}	2004	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - TANGO	ปรากฏการณ์วิทยา โดยอิงตามหลักการทางกายภาพและเคมีของการก่อตัวของโครงสร้างทุติยภูมิ ซึ่งขยายความโดยสมมติฐานที่ว่าบริเวณแกนกลางของกลุ่มอนุภาคถูกฝังอยู่โดยสมบูรณ์	ลำดับ	ค่า pH/ความเข้มข้นของไอออน	บริเวณรวมตัวและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวม
ความหนาแน่นการบรรจุเฉลี่ย^{[ 5 ]}	2006	เว็บเซิร์ฟเวอร์- AMYLPRED2	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง เชื่อมโยงความหนาแน่นเฉลี่ยของการบรรจุของสารตกค้างกับการก่อตัวของเส้นใยอะไมลอยด์	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
ความต่อเนื่องของเบต้าสแตรนด์^{[ 6 ]}	2007	เว็บเซิร์ฟเวอร์- AMYLPRED2	ปรากฏการณ์วิทยา การทำนายค่าคะแนนความโน้มเอียงของสายบีที่จะพบในเส้นใยอะไมลอยด์	ลำดับ	-	การสร้างเบต้าสแตรนด์
พลังงานคอนฟอร์เมชันของเฮกซาเปปไทด์ /พรี-อะมิล^{[ 7 ]}	2007	เว็บเซิร์ฟเวอร์- AMYLPRED2	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง เฮกซาเปปไทด์ของโปรตีนที่ส่งเข้ามาจะถูกสอดเข้าไปในแม่แบบโครงสร้างไมโครคริสตัลไลน์ของ NNQQNY มากกว่า 2500 แบบ โดยค่าพลังงานที่ต่ำกว่า -27.00 จะถือว่าเป็นการจับคู่ที่ถูกต้อง	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์และพลังงาน
แอ็กเกรสแคน^{[ 8 ]}	2007	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - AMLYPRED2และAGGRESCAN	ปรากฏการณ์วิทยา การทำนาย "แนวโน้มการรวมกลุ่ม" ในลำดับโปรตีน โดยอิงจากมาตราส่วนแนวโน้มการรวมกลุ่มของกรดอะมิโนธรรมชาติที่ได้จากการทดลอง ในสิ่งมีชีวิต	ลำดับ	-	บริเวณรวมตัวและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวม
ซัลซ่า^{[ 9 ]}	2007	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - AMYPdb ^{[ 10 ]}	ปรากฏการณ์วิทยา การทำนายแนวโน้มการรวมกลุ่มของลำดับเดี่ยวหรือหลายลำดับโดยอาศัยคุณสมบัติทางกายภาพและเคมี	ลำดับ	ความยาวของจุดร้อน	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
ปาฟิก^{[ 11 ]}	2009	เว็บเซิร์ฟเวอร์- AMYLPRED2 ดาวน์โหลด	ปรากฏการณ์วิทยา การระบุเฮกซาเปปไทด์ที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มเส้นใยอะไมลอยด์	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
Net-CSSP ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}	2020	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - เน็ต-CSSP เอมิลีเพรด2	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง การหาปริมาณอิทธิพลของปฏิกิริยาขั้นที่สามที่มีต่อความชอบโครงสร้างขั้นที่สอง	ลำดับ/พีดีบี	เกณฑ์เครือข่ายเดี่ยว/คู่	บริเวณที่มีแนวโน้มก่อให้เกิดอะไมลอยด์
เบตาสแกน^{[ 16 ]}	2009	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - เบตาสแกน ดาวน์โหลด - Betascan	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง ทำนายโอกาสที่ส่วนใดส่วนหนึ่งของโปรตีนจะก่อตัวเป็นอะไมลอยด์	ลำดับ	ความยาว	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
โฟลด์อะไมลอยด์^{[ 17 ]}	2010	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - FoldAmyloid	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง การทำนายบริเวณอะไมลอยด์โดยใช้ความน่าจะเป็นที่คาดการณ์ไว้ของการเกิดพันธะไฮโดรเจนและความหนาแน่นของการจัดเรียงตัวของสารตกค้าง	ลำดับ	มาตราส่วน, เกณฑ์, กรอบเฉลี่ย	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
วอลซ์^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}	2010	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - วอลซ์แอนด์ เอมิลีเพรด2	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง การประยุกต์ใช้เมทริกซ์การแทนที่เฉพาะตำแหน่ง (PSSM) ที่ได้จากเปปไทด์ที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์	ลำดับ	ค่า pH, ความจำเพาะ, ความไว	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
ซิป DB ^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}	2010	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - ฐานข้อมูล Zipper	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง การทำนายแนวโน้มการเกิดไฟบริลโดยอาศัยโครงสร้าง โดยใช้โครงสร้างผลึกของเปปไทด์ที่ก่อตัวเป็นไฟบริล NNQQNY จากโปรตีนพรีออน sup 35 ของSaccharomyces cerevisiae	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์ พลังงาน และโครงสร้างเบต้าชีท
ช่างเย็บ^{[ 24 ]}	2012	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - Stitcher (ขณะนี้ออฟไลน์)	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
เมทอะมิล^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}^{[ 27 ]}^{[ 28 ]}	2013	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - เมทอะมิล	วิธีการฉันทามติ รูปแบบการก่อตัวของอะไมลอยด์ ความหนาแน่นการบรรจุเฉลี่ย ความต่อเนื่องของเบต้าสแตรนด์ pafig Net-CSSP STITCHER	ลำดับ	เกณฑ์	บริเวณทั่วไปและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวมตามฉันทามติ
อะมิลเพรด2 ^{[ 29 ]}	2013	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - AMYLPRED2	วิธีการฉันทามติ รูปแบบการก่อตัวของอะไมลอยด์ ความหนาแน่นการบรรจุเฉลี่ย ความต่อเนื่องของเบต้าสแตรนด์ pafig Net-CSSP STITCHER	ลำดับ	-	บริเวณทั่วไปและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวมตามฉันทามติ
พาสต้า 2.0 ^{[ 30 ]}	2014	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - PASTA 2.0	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง ทำนายส่วนที่มีแนวโน้มที่จะเกิดการรวมกลุ่มมากที่สุดและการจับคู่ระหว่างโมเลกุลของ β-strand ที่สอดคล้องกันสำหรับลำดับอินพุตหลายลำดับ	ลำดับ	การจับคู่และพลังงานสูงสุด การกลายพันธุ์ และโปรตีน-โปรตีน	บริเวณก่ออะไมลอยด์ พลังงาน และการวางตัวของเบต้าชีทในสารรวมตัว
FISH อะไมลอยด์^{[ 31 ]}	2014	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - Comprec (ขณะนี้ออฟไลน์)	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง	ลำดับ	เกณฑ์	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
ช่องว่าง^{[ 32 ]}^{[ 33 ]}^{[ 34 ]}^{[ 35 ]}	2014	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - GAP	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง การระบุเปปไทด์ที่ก่อตัวเป็นอะไมลอยด์และเปปไทด์อสัณฐานโดยใช้ชุดข้อมูลอะไมลอยด์ 139 ชนิดและเปปไทด์อสัณฐาน 168 ชนิด	ลำดับ	-	บริเวณรวมตัวและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวม
APPNN ^{[ 36 ]}	2015	ดาวน์โหลด - CRAN	ปรากฏการณ์วิทยา ตัวทำนายแนวโน้มการก่อตัวของอะไมลอยด์โดยใช้แนวทางการเรียนรู้ของเครื่องจักรผ่านการเลือกคุณลักษณะแบบวนซ้ำและโครงข่ายประสาทเทียมแบบส่งต่อ โดยใช้ประโยชน์จากลำดับที่ตีพิมพ์ใหม่ซึ่งมีหลักฐานเชิงทดลองในหลอดทดลองเกี่ยวกับการก่อตัวของอะไมลอยด์	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
อาร์คแคนดี้^{[ 37 ]}	2015	ดาวน์โหลดBiSMM	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง โดยอิงจากสมมติฐานที่ว่าลำดับโปรตีนที่สามารถสร้างโครงสร้างเบต้าอาร์เคดได้นั้นเป็นสารก่ออะไมลอยด์	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
โหลดอะมิโน^{[ 38 ]}	2015	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - Comprec (ขณะนี้ออฟไลน์)	วิธีการฉันทามติ	ลำดับ	-	บริเวณทั่วไปและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวม
โซลูบิส^{[ 39 ]}^{[ 40 ]}	2016	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - โซลูบิเอส	โครงสร้าง 3 มิติ	ไฟล์ pdb	โซ่, ธรณีประตู, ผู้เฝ้าประตู	แนวโน้มการรวมกลุ่มและความเสถียรเทียบกับการกลายพันธุ์
CamSol ที่แก้ไขโครงสร้างแล้ว^{[ 41 ]}^{[ 42 ]}	2017	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - เคมีแห่งสุขภาพ	โครงสร้าง 3 มิติ	ไฟล์ pdb	ค่า pH รัศมีของแพทช์	การออกแบบแพทช์ที่เปิดเผยซึ่งมีแนวโน้มที่จะเกิดการรวมกลุ่ม และการออกแบบตัวแปรที่กลายพันธุ์
CamSol ภายใน^{[ 43 ]}^{[ 44 ]}	2017	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - เคมีแห่งสุขภาพ	ปรากฏการณ์วิทยา วิธีการทำนายความสามารถในการละลายของโปรตีนและแนวโน้มการรวมกลุ่มโดยทั่วไปโดยอาศัยลำดับของกรดอะมิโน	ลำดับ	ค่า pH	การคำนวณคะแนนความสามารถในการละลายโดยรวมและโปรไฟล์ความสามารถในการละลาย
อะไมโลแกรม^{[ 45 ]}	2017	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - อะไมโลแกรม	ปรากฏการณ์วิทยา AmyloGram ทำนายโปรตีนอะไมลอยด์โดยใช้การเข้ารหัสแบบ n-gram และ Random Forests	ลำดับ	-	บริเวณรวมตัวและบริเวณก่ออะไมลอยด์โดยรวม
เบตาเซอร์เพนไทน์^{[ 46 ]}	2017	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - BetaSerpentine-1.0	ที่เกี่ยวข้องกับลำดับ การสร้างโครงสร้างอะไมลอยด์ขึ้นใหม่โดยมีส่วนโค้งเบต้าอยู่ติดกัน	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
AggScore ^{[ 47 ]}	2018	AggScore สามารถใช้งานได้ผ่านชุดซอฟต์แวร์ BioLuminate Suite ของ Schrödinger ตั้งแต่เวอร์ชัน 2018-1 เป็นต้นไป	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง วิธีการนี้ใช้การกระจายตัวของบริเวณที่ไม่ชอบน้ำและบริเวณที่มีประจุไฟฟ้าสถิตบนพื้นผิวของโปรตีน โดยคำนึงถึงความเข้มและทิศทางสัมพัทธ์ของบริเวณพื้นผิวแต่ละส่วนในฟังก์ชันความโน้มเอียงในการรวมกลุ่ม ซึ่งได้รับการฝึกฝนบนชุดข้อมูลมาตรฐานของโปรตีนอะดเนกติน 31 ชนิด	ลำดับ	-	บริเวณที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์
AggreRATE-Pred ^{[ 48 ]}	2018	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - AggreRAE-Pred	โครงสร้างทุติยภูมิที่เกี่ยวข้อง ทำนายการเปลี่ยนแปลงอัตราการรวมกลุ่มเมื่อเกิดการกลายพันธุ์แบบจุด	ลำดับ pdb	การกลายพันธุ์
AGGRESCAN 3D 2.0 ^{[ 49 ]}^{[ 50 ]}^{[ 51 ]}^{[ 52 ]}^{[ 53 ]}	2019	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - Aggrescan3D	โครงสร้าง 3 มิติ	ไฟล์ pdb	โหมดไดนามิก การกลายพันธุ์ รัศมีแพทช์ ความเสถียร การเพิ่มความสามารถในการละลาย	การออกแบบแพทช์ที่ไวต่อการรวมกลุ่มที่เปิดเผยแบบไดนามิกและตัวแปรที่กลายพันธุ์
ตัวทำนายอะไมลอยด์บูดาเปสต์^{[ 54 ]}	2021	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - ตัวทำนายอะไมลอยด์บูดาเปสต์	เฮกซาเปปไทด์	ลำดับ		ความสามารถในการก่ออะไมลอยด์ของเฮกซาเปปไทด์
ANuPP ^{[ 55 ]}	2021	เว็บเซิร์ฟเวอร์ - ANuPP	เฮกซาเปปไทด์และลำดับ การระบุเปปไทด์ที่ก่อตัวเป็นเส้นใยอะไมลอยด์และบริเวณในลำดับโปรตีน	ลำดับ		เฮกซาเปปไทด์ที่ก่อให้เกิดอะไมลอยด์และบริเวณที่มีแนวโน้มที่จะเกิดการรวมตัวกัน

ดูเพิ่มเติม

ชุดเครื่องมือ PhasAGE

อะไมลอยด์

การรวมตัวของโปรตีน

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

ตัวทำนายการรวมตัวของโปรตีน

โต๊ะ

ดูเพิ่มเติม

ข้อมูลสำคัญจากบทความ