ในสาขาเอนไซม์วิทยาโปรตอนเอทีพีเอสหรือH ⁺ -เอทีพีเอสคือเอนไซม์ที่เร่งปฏิกิริยาเคมีต่อไปนี้:

เอทีพี + เอช₂โอ + เอช⁺_ใน ADP + ฟอสเฟต + H${\displaystyle \rightleftharpoons }$⁺_ออก

สารตั้งต้น 3 ชนิด ของเอนไซม์นี้ ได้แก่ATPและH₂โอและเอช⁺ในขณะที่ผลิตภัณฑ์ ทั้ง 3 อย่างของมัน คือADP , ฟอสเฟตและH⁺.

โปรตอนเอทีพีเอสแบ่งออกเป็นสามกลุ่ม^{[ 1 ]}ดังที่ระบุไว้ด้านล่าง:

P-type ATPasesสร้างตัวกลางฟอสโฟรีเลตแบบโควาเลนต์ (จึงใช้สัญลักษณ์ 'P') เป็นส่วนหนึ่งของวัฏจักรปฏิกิริยา P-type ATPases มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างหลักในระหว่างวัฏจักรเร่งปฏิกิริยา P-type ATPases ไม่มีความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการกับ V- และ F-type ATPases ^{[ 1 ]}

โปรตอนเอทีพีเอสชนิดพี^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]} (หรือเยื่อหุ้มพลาสมาH⁺H+ -ATPaseพบได้ในเยื่อหุ้มเซลล์ของยูแบคทีเรีย อาร์เคีย โปรโตซัว เชื้อรา และพืช โดยทำหน้าที่เทียบเท่ากับNa ⁺ /K ⁺ ATPaseในเซลล์สัตว์ กล่าวคือ มันให้พลังงานแก่เยื่อหุ้มเซลล์โดยการสร้างความแตกต่างทางไฟฟ้าเคมีของโปรตอน (Na ⁺ในเซลล์สัตว์) ซึ่งจะขับเคลื่อนกระบวนการขนส่งแบบแอคทีฟทุติยภูมิผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ H ⁺ -ATPase ในเยื่อหุ้มเซลล์เป็นP3A ATPaseที่มีโพลีเปปไทด์เดี่ยวขนาด 70-100 kDa

สัตว์มีเอนไซม์ไฮโดรเจนโพแทสเซียมเอทีพีเอสหรือ H ⁺ /K ⁺เอทีพีเอสในกระเพาะอาหารซึ่งอยู่ในกลุ่มเอทีพีเอสชนิด P และทำหน้าที่เป็นปั๊มโปรตอนที่เป็นกลางทางไฟฟ้า ปั๊มนี้พบในเยื่อหุ้มพลาสมาของเซลล์ในเยื่อบุผิวของกระเพาะอาหารและทำหน้าที่ทำให้กระเพาะอาหารเป็นกรด^{[ 6 ]}เอนไซม์นี้เป็นเอทีพีเอสชนิด P2Cซึ่งมีลักษณะเฉพาะคือมีหน่วยย่อยเบต้าที่คอยสนับสนุน และมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับNa ⁺ /K ⁺เอทีพีเอส

โปรตอนเอทีพีเอสชนิดวี^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]} (หรือ V-ATPase ) ทำหน้าที่เคลื่อนย้ายโปรตอนเข้าไปในออร์แกเนลล์ภายในเซลล์ที่ไม่ใช่ไมโทคอนเดรียและคลอโรพลาสต์ แต่ในเซลล์บางชนิดก็พบได้ในเยื่อหุ้มเซลล์ด้วย V-type ATPase ทำให้ช่องว่างภายในแวคิวโอล (จึงเป็นที่มาของสัญลักษณ์ 'V') ของเชื้อราและพืช และของไลโซโซมในเซลล์สัตว์มีสภาพเป็นกรด นอกจากนี้ยังพบได้ในเอนโดโซม เวสิเคิลเคลือบคลัทริน เม็ดเก็บฮอร์โมน เม็ดหลั่ง เวสิเคิลกอลจิ และในเยื่อหุ้มเซลล์ของเซลล์สัตว์หลายชนิด เช่นเดียวกับ F-type ATPase V-type ATPase ประกอบด้วยหน่วยย่อยหลายหน่วยและทำการเร่งปฏิกิริยาแบบหมุน ^{[ 10 ]}วัฏจักรปฏิกิริยาเกี่ยวข้องกับการจับ ATP อย่างแน่นหนา แต่ดำเนินไปโดยไม่มีการสร้างตัวกลางฟอสโฟรีเลตแบบโควาเลนต์ ATPase ชนิด V มีความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการกับ ATPase ชนิด F ^{[ 11 ]}

F-type proton ATPase ^{[ 12 ] [ 13 ]} (หรือ F-ATPase ) โดยทั่วไปทำงานเป็น ATP synthase ที่สลายเกรเดียนต์ของโปรตอนแทนที่จะสร้างเกรเดียนต์ กล่าวคือ โปรตอนไหลในทิศทางตรงกันข้ามกับ V-type ATPases ในยูแบคทีเรีย F-type ATPases พบได้ในเยื่อหุ้มพลาสมา ในยูคาริโอต พบได้ในเยื่อหุ้มชั้นในของไมโทคอนเดรียและในเยื่อไทลาคอยด์ของคลอโรพลาสต์ เช่นเดียวกับ V-type ATPases F-type ATPases ประกอบด้วยหน่วยย่อยหลายหน่วยและดำเนินการเร่งปฏิกิริยาแบบหมุน วงจรปฏิกิริยาเกี่ยวข้องกับการจับ ATP อย่างแน่นหนา แต่ดำเนินไปโดยไม่มีการสร้างตัวกลางฟอสโฟรีเลตแบบโควาเลนต์ F-type ATPases มีความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการกับ V-type ATPases ^{[ 11 ]}