สืบเนื่องมาจากแนวคิดเกี่ยวกับการฝึกฝนด้านดนตรีที่ริเริ่มโดยเออแฌน อีแซย์เมื่อ 20 ปีก่อนหน้านั้น โบสถ์ดนตรีแห่งนี้ได้รับการเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 1939 โดยสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธเป็นหนึ่งในสามสถาบันดนตรี (อีกสองแห่งคือการแข่งขันควีนเอลิซาเบธและวงออร์เคสตราซิมโฟนีแอนต์เวิร์ป ซึ่งเป็น วงออร์เคสตราประจำหอควีนเอลิซาเบธ ) ที่อุทิศให้แก่พระราชินีองค์ก่อน

หลังสงครามโลกครั้งที่สอง วิทยาลัยดนตรีได้กลับมาทำหน้าที่เป็นสถาบันการศึกษาอีกครั้งในปี 1956 จนถึงปี 2004 วิทยาลัยได้ต้อนรับนักดนตรีและนักแต่งเพลงรุ่นใหม่ประมาณ 12 คน เข้ามาพำนัก โดยแต่ละคนได้รับการดูแลจากอาจารย์ที่พวกเขาเลือก เป็นระยะเวลาสามปี นักดนตรีชั้นยอดหลายรุ่นได้เข้ามาศึกษาต่อในวิทยาลัยแห่งนี้ และประสบความสำเร็จอย่างโดดเด่นทั้งบนเวทีและในการศึกษาต่อในระดับสูง วิทยาลัยดนตรีแห่งนี้มีชื่อเสียงในด้านการรับและผลิตนักดนตรีระดับโลกอย่างต่อเนื่อง โดยมีศิษย์เก่าที่มีชื่อเสียงมากมาย เช่นPlamena Mangova (เปียโน), Yossif Ivanov (ไวโอลิน), Esther Yoo (ไวโอลิน), Lorenzo Gatto (ไวโอลิน), Vineta Sareika (Artemis Quartet), Hendrickje Van Kerckhove (โซปราโน), Emmanuel Krivine (วาทยกร) เป็นต้น

ในปี 2004 วัตถุประสงค์ขององค์กรได้ถูกเปลี่ยนแปลงไปอย่างสิ้นเชิง และปัจจุบันมีพื้นฐานอยู่บนสองด้านดังนี้:

• การฝึกอบรมระดับสูงในหกสาขาวิชา (ร้องเพลง ไวโอลิน เปียโน เชลโล วิโอลา และดนตรีห้อง) โดยมีอาจารย์ผู้เชี่ยวชาญประจำคอยให้ความช่วยเหลือ จะมีนักดนตรีคลาสสิกชื่อดังหกท่านร่วมงานกับโบสถ์และนักดนตรีรุ่นเยาว์:
  • โฆเซ่ แวน แดม (ร้องเพลง)
  • ออกัสติน ดูเมย์ (ไวโอลิน)
  • มาเรีย ฌูเอา ปิเรส (เปียโน)
  • แกรี่ ฮอฟฟ์แมน (เชลโล)
  • มิเกล ดา ซิลวา (ไวโอล่า)
  • อาร์เทมิส ควartet (ดนตรีห้อง)
• การมีส่วนร่วมอย่างมืออาชีพผ่านเครือข่ายพันธมิตรทางวัฒนธรรมในเบลเยียม (Bozar, Flagey, Monnaie, วงออร์เคสตราชั้นนำ ฯลฯ) และพันธมิตรจากทั่วโลก (ฝรั่งเศส เนเธอร์แลนด์ สวิตเซอร์แลนด์ สเปน ออสเตรีย ญี่ปุ่น และสหภาพยุโรป) มีการจัดคอนเสิร์ต ร่วมจัด หรือริเริ่มโดยโบสถ์ดนตรีแห่งนี้กว่า 200 รายการ โบสถ์ดนตรีแห่งนี้ร่วมมือกับวงออร์เคสตราหลายแห่งทั่วโลก รวมถึงวงออร์เคสตราแห่งชาติเบลเยียม วงออร์เคสตรา Royal Concertgebouw วง London Chamber Orchestra วง Kansai Philharmonic Orchestra และวง Sinfonia Varsovia เป็นต้น จึงทำให้โบสถ์ดนตรีแห่งนี้กลายเป็นผู้มีบทบาทสำคัญในวงการดนตรี

เป็นศูนย์กลางของชีวิตทางดนตรีและเป็นสถาบันชั้นนำผ่านความสัมพันธ์กับวงออร์เคสตรา เทศกาล และสถานีวิทยุโทรทัศน์ ทั้งในและต่างประเทศ

ทุกปี โบสถ์แห่งนี้รับเยาวชนผู้มีความสามารถกว่า 50 คน ทั้งชาวเบลเยียมและชาวต่างชาติ เข้ามาพำนัก

ปัจจุบันงบประมาณของโบสถ์ดนตรีแห่งนี้อยู่ที่ 4 ล้านยูโรต่อปี โดย 85% มาจากภาคเอกชน (มูลนิธิ บริษัท การสนับสนุนจากบุคคลทั่วไป รายได้ของตนเอง) และ 15% มาจากเงินอุดหนุนจากภาครัฐ (นโยบายวิทยาศาสตร์ของรัฐบาลกลาง กระทรวงศึกษาธิการ สหพันธ์วาลโลเนีย-บรัสเซลส์ เป็นต้น) โบสถ์ดนตรีแห่งนี้ได้รับการสนับสนุนจากผู้อุปถัมภ์และผู้ให้การสนับสนุนทางวัฒนธรรมมากมาย โดยBelgacom , INGและ Ginion Group เป็นผู้สนับสนุนหลัก

โบสถ์ดนตรีแห่งนี้สร้างขึ้นตามแบบแผนของอีวาน เรนชง และเปิดใช้งานเมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม 1939 อาคารโบสถ์ดนตรีควีนเอลิซาเบธเป็นตัวอย่างของสถาปัตยกรรมที่อยู่ระหว่างยุคอาร์ตเดโคและยุคโมเดิร์น หน่วยงานภาครัฐได้ขึ้นทะเบียนอาคารดั้งเดิมและสวนโดยรอบในปี 1994

หลังจากปรับปรุงภายในในปี 2547 และโครงสร้างของโบสถ์ในปี 2551-2552 (โดยมูลนิธิสาธารณประโยชน์ที่บริหารจัดการด้านการดำเนินงาน และบริษัทมหาชนจำกัดที่มีวัตถุประสงค์เพื่อสังคมซึ่งเป็นเจ้าของทรัพย์สินในวอเตอร์ลู) ปัจจุบันโบสถ์ดนตรีแห่งนี้กำลังจัดทำโครงการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ โครงการอาคารใหม่นี้มีพื้นฐานมาจาก:

• การขยายที่พักอาศัยสำหรับนักแสดง ซึ่งเป็นเป้าหมายของโครงการนี้มาตั้งแต่ปี 1939
• ขยายขอบเขตการเรียนการสอน
• สร้างสตูดิโอออกอากาศและบันทึกเสียงแห่งใหม่ที่สามารถรองรับนักแสดงได้มากถึง 200 คน

เป้าหมายของโครงการนี้คือการเพิ่มพื้นที่รับรองของโบสถ์เป็นสองเท่า (1,800 ตารางเมตร เป็น 3,600 ตารางเมตร) งบประมาณเบื้องต้นสำหรับโครงการนี้อยู่ที่ประมาณ 5 ถึง 6 ล้านยูโร ไม่รวมภาษี ปีกอาคารเลาโนต์จะเปิดให้บริการในปี 2024