แพตตันได้รับการคัดเลือกโดยซานฟรานซิสโก โฟร์ตี้ไนเนอร์สในรอบที่สี่ ด้วยการเลือกอันดับที่ 128 โดยรวมของการดราฟต์ NFL ปี 2013 [ ^{5 ] ด้วย}ความตื่นเต้นกับทีมใหม่ของเขา เขาจึงบินไปซานฟรานซิสโกทันที แพตตันได้รับการเตือนไม่ให้เข้าร่วมแคมป์ฝึกซ้อมของโฟร์ตี้ไนเนอร์ส เกรงว่าองค์กรจะถูกปรับเนื่องจากการมาถึงก่อนกำหนด ซึ่งจะเป็นการละเมิดกฎของลีก NFL อย่างไรก็ตาม การกระทำของแพตตันกลับส่งผลดีต่อเขา เมื่อโค้ชจิม ฮาร์บอห์สังเกตเห็นความกระตือรือร้นของแพตตันในเชิงบวก^{[ 6 ]}

แพตตันเริ่มต้นฤดูกาลในฐานะตัวสำรองของมาริโอ แมนนิงแฮม ตัวรับหมายเลข 3 ของ 49ers เนื่องจากได้รับบาดเจ็บกระดูกเท้าหักจนต้องพักหลังจบเกมที่สี่ของฤดูกาล แพตตันจึงไม่ได้ลงเล่นเกือบตลอดฤดูกาลแรกของเขากับ 49ers และมีสถิติรับบอลเพียงครั้งเดียวโดยไม่ได้ระยะเลยก่อนเกมสุดท้ายของฤดูกาลปกติกับอริโซน่า คาร์ดินัลส์

อย่างไรก็ตาม แพตตันสร้างผลกระทบอย่างมากในเกมกับแอริโซนา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการรับลูกส่งริมเส้นระยะ 29 หลาในการบุกครั้งสุดท้ายของเกม ซึ่งทำให้ 49ers สามารถทำฟิลด์โกลเพื่อคว้าชัยชนะได้ แพตตันยังวิ่งได้ 26 หลาในการบุกครั้งแรกของ 49ers ในเกมนั้น รวมถึงการบล็อกที่สำคัญในช่วงท้ายควอเตอร์แรก ซึ่งช่วยให้เพื่อนร่วมทีมอย่างแอนควาน โบล ดิน รับลูกได้ ไกล^{[ 6 ] [ 7 ]}โค้ชฮาร์บอห์ชื่นชมการกลับมาของแพตตันหลังจากอาการบาดเจ็บ และกล่าวว่าเขารู้สึก "ตื่นเต้น" กับความก้าวหน้าของแพตตัน 49ers ถูกจำกัดด้วยการขาดตัวเลือกในการรับลูกอย่างครบถ้วนในช่วงส่วนใหญ่ของฤดูกาล 2013 ^{[ 8 ]}

แพตตันไม่ได้รับการรับบอลเลยในเกมเพลย์ออฟ NFL เกมแรกของเขากับกรีนเบย์ แพ็กเกอร์สที่สนามแลมโบฟิลด์แต่รับบอลได้ระยะ 23 หลาในเกมกับแคโรไลนา แพนเธอร์สซึ่งเป็นการได้เฟิร์สท์ดาวน์แรกของเกม^{[ 9 ]}

แพตตันลงเล่นเพียงสี่เกมตลอดฤดูกาล 2014 ในเกมสุดท้ายของฤดูกาลปกติที่พบกับอริโซนา คาร์ดินัลส์เขาจับลูกส่งสำคัญได้ระยะ 35 หลา ช่วยให้ 49ers ชนะไปด้วยคะแนน 20-17

เมื่อวันที่ 18 ตุลาคม 2015 แพตตันรับลูกทัชดาวน์ NFL ครั้งแรกจากโคลิน เคเปอร์นิคในเกมที่ 49ers ชนะบัลติมอร์ เรเวนส์ 25–20 ^{[ 10 ]}

แพตตันลงเล่นเป็นตัวจริงครบทั้ง 14 เกม โดยรับบอลได้ 37 ครั้ง คิดเป็นระยะทาง 408 หลา เขาถูกส่งไปอยู่ในรายชื่อผู้เล่นบาดเจ็บเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม 2016 ^{[ 11 ]}