ฐานข้อมูลโปรตีนที่จับกับ RNA (RBPDB) เป็นฐานข้อมูลทางชีววิทยาของความจำเพาะของโปรตีนที่จับกับ RNA ซึ่งรวมถึงการสังเกตการณ์เชิงทดลองของตำแหน่งการจับกับ RNA ผลการทดลองที่รวมอยู่มีทั้งในหลอดทดลองและในสิ่งมีชีวิตจากเอกสารหลัก^{[ 1 ]} ประกอบด้วย สิ่งมี ชีวิต สี่ ชนิด ได้แก่Homo sapiens , Mus musculus , Drosophila melanogasterและCaenorhabditis elegansโดเมนที่จับกับ RNA ที่รวมอยู่ในฐานข้อมูลนี้ ได้แก่ RNA recognition motif, K homology, CCCH zinc finger และโดเมนอื่นๆ ณ ปี 2021 การเผยแพร่ RBPDB เวอร์ชันล่าสุด (v1.3 กันยายน 2012) ประกอบด้วยโปรตีนที่จับกับ RNA จำนวน 1,171 ชนิด^{[ 2 ]}

กระบวนการถอดรหัสและการแปลนั้นแตกต่างกันในโปรคาริโอตและยูคาริโอต ต่างจากโปรคาริโอต กระบวนการทั้งสองนี้เกิดขึ้นแยกกันในนิวเคลียสและไซโตพลาซึม ของยูคาริโอต ด้วยเหตุนี้ ยูคาริโอตจึงใช้กลยุทธ์ที่เรียกว่าการดัดแปลงหลังการถอดรหัสซึ่งรวมถึงการตัดต่อ การแก้ไข และการเติมโพลีอะดีนีนเพื่อประมวลผลพรี-mRNA โปรตีนที่จับกับ RNA (RBPs)มีบทบาทสำคัญในระหว่างกระบวนการนี้ RBPs ทั้งหมดสามารถจับกับ RNA ได้ขึ้นอยู่กับความจำเพาะและความสัมพันธ์ที่แตกต่างกัน^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]} RBPs มีโดเมนที่จับกับ RNA อย่างน้อยหนึ่งโดเมน และโดยปกติจะมีโดเมนที่จับหลายโดเมน โดเมนที่จับกับ RNA (RBD หรือที่รู้จักกันในชื่อโดเมน RNP และโมทีฟการจดจำ RNA, RRM), โดเมน K-homology (KH) (ประเภท I และประเภท II), กล่อง RGG (Arg-Gly-Gly) , โดเมน Sm; กล่อง DEAD/DEAH, นิ้วสังกะสี (ZnF, ส่วนใหญ่เป็น C-x8-X-x5-X-x3-H), โดเมนจับ RNA สองสาย (dsRBD), โดเมนช็อกเย็น ; โดเมน Pumilio/FBF (PUF หรือ Pum-HD) และโดเมน Piwi/Argonaute/Zwille (PAZ) ได้รับการระบุลักษณะไว้อย่างดีแล้ว^{[ 6 ] [ 7 ]}

RBP ถูกสร้างขึ้นจากโดเมนการจับหลายโดเมน โดเมนเหล่านี้ประกอบด้วยหน่วยโมดูลาร์พื้นฐานไม่กี่หน่วย เมื่อเปรียบเทียบกับโมทีฟเดี่ยว RBP สามารถจดจำกรดนิวคลีอิกได้ยาวกว่ามากด้วยโมทีฟหลายตัวเหล่านั้น ในขณะเดียวกัน RBP จะจับกับ RNA โดยการสร้างปฏิสัมพันธ์ที่อ่อนแอ พื้นผิวปฏิสัมพันธ์ที่อ่อนแอจะเพิ่มขึ้นอย่างมากด้วยโมทีฟเหล่านี้ ส่งผลให้ RBP สามารถจับกับ RNA ด้วยความจำเพาะและความสัมพันธ์ที่สูงกว่าโดเมนเดี่ยว^{[ 8 ]}ฐานข้อมูลโปรตีนที่จับกับ RNA มีสามหมวดหมู่หลัก ได้แก่ โมทีฟการจดจำ RNA (RRM) โดเมน K-Homology (โดเมน KH) และนิ้วสังกะสี

ในบทความของ Lunde กลุ่มของพวกเขาได้แนะนำโมทีฟโปรตีนที่จับกับ RNA ประเภทต่างๆ และหน้าที่เฉพาะของพวกมัน^{[ 7 ]}

RNA recognition rotif (RRM)ประกอบด้วยกรดอะมิโนประมาณ 80–90 ตัวที่สร้างแผ่นเบต้าแบบขนาน 4 สายที่มีเกลียว 2 อัน (โครงสร้าง βαββαβ) แผ่นเบต้ามีบทบาทสำคัญในการจดจำ RNA โดยปกติแล้ว กรดอะมิโนที่อนุรักษ์ไว้ 3 ตัวบนแผ่นเบต้ามีความสำคัญมากสำหรับกระบวนการจดจำนี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง กรดอะมิโนอาร์จินีนหรือไลซีนจะสร้างพันธะเกลือกับโครงสร้างฟอสโฟไดเอสเทอร์ และกรดอะมิโนอะโรมาติกอีก 2 ตัวจะสร้างปฏิกิริยาการเรียงซ้อนกับนิวคลีโอเบส แผ่นเบต้าทั้งสี่แผ่นนี้จดจำนิวคลีโอไทด์ได้ 1 ตัว อย่างไรก็ตาม ด้วยลูปที่เปิดเผยและโครงสร้างทุติยภูมิเพิ่มเติม RRM สามารถจดจำนิวคลีโอไทด์ได้มากถึง 8 ตัว^{[ 7 ] [ 9 ]}

โดเมน K-homology (โดเมน KH)เป็นโดเมนแรกที่ถูกค้นพบในมนุษย์ มันมาจากโปรตีนไรโบนิวคลีโอโปรตีนนิวเคลียร์เฮเทอโรจีนัส (hnRNP) K ดังนั้น โดเมนที่จับกับโปรตีนในกลุ่มนี้จึงเรียกว่าโดเมน K-Homology มันเป็นโดเมนที่จับกับทั้ง ssDNA และ ssRNA สิ่งมีชีวิตยูคาริโอต ยูแบคทีเรีย และอาร์เคีย มักจะมีโดเมนประเภทนี้ โดเมนนี้ประกอบด้วยกรดอะมิโนประมาณ 70 ตัว ลำดับสำคัญของโดเมนนี้คือ (I/L/V)IGXXGXX(I/L/V) โดเมน KH ทั้งหมดประกอบด้วยแผ่นเบต้าสามสายและเกลียวอัลฟาสามเกลียว โดเมนนี้มีสองกลุ่มย่อย คือ โดเมน KH ประเภท I (โครงสร้าง βααββα) และโดเมน KH ประเภท II (โครงสร้าง αββααβ) สำหรับทั้งสองคลาส ลูป GXXG เฮลิกซ์ข้างเคียง สายเบต้า และลูปที่แปรผันระหว่าง β2 และ β3 (ประเภท I) หรือระหว่าง α2 และ β2 (ประเภท II) มีบทบาทสำคัญมากในการจดจำ RNA ^{[ 7 ] [ 10 ]}

นิ้วสังกะสีเป็นโดเมนที่มีสารตกค้างที่ประสานกับสังกะสี มีโดเมนหลักสามประเภท ได้แก่ Cys2His2 (CCHH), CCCH หรือ CCHC โดยทั่วไป โดเมนนี้จะมีการทำซ้ำหลายครั้งและทำงานร่วมกันในโปรตีน เมื่อนิ้วสังกะสี CCHH จับกับ DNA สารตกค้างในเกลียวอัลฟาที่รับรู้จะสร้างพันธะไฮโดรเจนกับคู่เบส Watson–Crick ในร่องหลัก เมื่อมันจับกับ RNA สารตกค้างเดียวกันที่ใช้ในการรับรู้ DNA อาจยังคงใช้ในการรับรู้ RNA กลยุทธ์ที่นิ้วสังกะสีใช้ในการแยกแยะนิวคลีโอไทด์ทั้งสองประเภทนี้อาจประกอบด้วยการจัดเรียงโครงสร้างที่แตกต่างกันของโดเมนนี้ นิ้วสังกะสี CCCH และ CCHC จับกับองค์ประกอบ RNA ที่อุดมไปด้วย AU แตกต่างจากนิ้วสังกะสี CCHH รูปร่างของโปรตีนเป็นตัวกำหนดความจำเพาะหลัก^{[ 7 ] [ 11 ]}

ในบทความของ Ray และ Kazan พวกเขาได้กล่าวถึงคำถามเกี่ยวกับความชอบลำดับของ RBP ในการวิจัยของพวกเขา RBP หนึ่งตัวจะถูกบ่มกับกลุ่ม RNA ที่ซับซ้อนในปริมาณโมลที่มากเกินไป โปรตีนจะถูกแยกออกมาโดยการคัดเลือกตามความสัมพันธ์ และ RNA ที่เกี่ยวข้องจะถูกตรวจสอบโดยไมโครอาร์เรย์และการวิเคราะห์ทางคอมพิวเตอร์ ผลลัพธ์ของพวกเขาแสดงให้เห็นว่าโปรตีนที่จับกับ RNA มีความชอบลำดับ และ RBP ที่เหมือนกันหรือใกล้เคียงกันจะจับกับลำดับ RNA ที่คล้ายกันโดยเฉพาะ^{[ 12 ]}

ปัจจุบัน ฐานข้อมูลโปรตีนที่จับกับ RNA (RBPDB) มีโปรตีนที่จับกับ RNA จำนวน 1171 ชนิด จาก มนุษย์ ( Homo sapiens) , แมลงวันผลไม้ (Mus musculus) , แมลงหวี่ (Drosophila melanogaster ) และ หนอนตัว กลม (Caenorhabditis elegans ) สามารถค้นหาโปรตีนได้โดยใช้โดเมนหรือสายพันธุ์ การค้นหาทั้งสองวิธีจะนำไปสู่รายการข้อมูลรายละเอียดของโปรตีน ซึ่งรวมถึงสัญลักษณ์ยีน รหัสการระบุ คำพ้องความหมาย คำอธิบายยีน สายพันธุ์ โดเมนที่จับกับ RNA จำนวนการทดลอง และโฮโมล็อก ลิงก์ที่จำนวนการทดลองจะนำไปสู่บทความวิจัยที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนนั้น นอกจากนี้ ในฐานข้อมูลนี้ ผู้ใช้ยังสามารถค้นหาการทดลองที่เกี่ยวข้องกับลำดับการจับกับ RNA ที่เฉพาะเจาะจงได้ ยิ่งไปกว่านั้น เว็บไซต์นี้ยังสามารถช่วยผู้ใช้ทำนายตำแหน่งการจับสำหรับลำดับนั้นได้

• การดัดแปลงหลังการถอดรหัส
• โปรตีนที่จับกับอาร์เอ็นเอ

• ฐานข้อมูล RBPDB : ฐานข้อมูลสำหรับโปรตีนที่จับกับ RNA
• แหล่งข้อมูลใหม่รวบรวมตำแหน่งที่โปรตีนหลายชนิดจับกับ RNA : ฐานข้อมูลออนไลน์ใหม่นี้แสดงรายการตำแหน่งที่โปรตีนมากกว่า 8,000 ชนิดจาก 289 สปีชีส์ ซึ่งมีความหลากหลายตั้งแต่ตะไคร่น้ำไปจนถึงลิง น่าจะจับกับ RNA ได้