ราทีจี13

BatCoV RaTG13
การจำแนกประเภทไวรัส
(ไม่จัดอันดับ):	ไวรัส
อาณาจักร:	ไรโบวิเรีย
อาณาจักร:	ออร์ธอร์นาไวเร
ไฟลัม:	พิสุวิริโคตา
ระดับ:	พิโซนิวิริเซเตส
คำสั่ง:	นิโดไวรัลส์
ตระกูล:	ไวรัสโคโรนา
ประเภท:	เบตาโคโรนาไวรัส
สกุลย่อย:	ไวรัสซาร์เบโค
สายพันธุ์:	การระบาดใหญ่ของไวรัสโคโรนาเบตา
ความเครียด:	BatCoV RaTG13
คำพ้องความหมาย
	ไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ค้างคาว Ra4991;

ไวรัสโคโรนาค้างคาว RaTG13 เป็น เบตาโคโรนาไวรัสที่คล้ายกับ SARS ซึ่งพบในมูลของค้างคาวม้าลายRhinolophus affinis ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}มันถูกค้นพบในปี 2013 ในมูลค้างคาวจากถ้ำเหมืองแร่ใกล้เมืองตงกวนใน อำเภอโมเจียง มณฑลยูน นานประเทศจีน^{[ 4 ]}ในเดือนกุมภาพันธ์ 2020 ^{[ 5 ]}มันถูกระบุว่าเป็นญาติที่ใกล้เคียงที่สุดของSARS-CoV-2 ซึ่ง เป็นไวรัสที่ก่อให้เกิดCOVID-19 โดยมี ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เหมือนกัน 96.1% ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}อย่างไรก็ตาม ในปี 2022 นักวิทยาศาสตร์พบไวรัสที่ใกล้เคียงกันมากกว่า 3 ชนิดในค้างคาวที่พบทางใต้ 530 กิโลเมตร ในเมืองเฟืองประเทศลาว ซึ่งกำหนดให้เป็นBANAL-52 (ความเหมือน 96.8%), BANAL-103และBANAL- 236 ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

ประวัติศาสตร์

ในฤดูใบไม้ผลิปี 2555 คนงานเหมือง 3 คนที่กำลังทำความสะอาดมูลค้างคาวในเหมืองทองแดงร้างใกล้เมืองตงกวนในเขตปกครองตนเองโมเจียงฮานี ป่วยเป็น โรคปอดบวม ร้ายแรง จนเสียชีวิต^{[ 11 ]}ด้วยความกังวลว่ากรณีของคนงานเหมืองอาจเป็นโรคใหม่^{[ 12 ]}ตัวอย่างซีรั่มที่เก็บจากคนงานเหมืองถูกส่งไปยังสถาบันไวรัสวิทยาอู่ฮั่นและทำการทดสอบโดยShi Zhengliและกลุ่มของเธอเพื่อหาไวรัสอีโบลาไวรัสนิปาห์และไวรัส SARSr-CoV Rp3 จากค้างคาว ผลการทดสอบตัวอย่างเป็นลบ^{[ 3 ]}^{[ 2 ]}^{[ 11 ]}

เพื่อค้นหาสาเหตุที่เป็นไปได้ของการติดเชื้อ สัตว์ต่าง ๆ (รวมถึงค้างคาว หนู และหนูชะมด ) ก็ถูกเก็บตัวอย่างในและรอบ ๆ ถ้ำเหมืองแร่ ระหว่างปี 2012 ถึง 2015 Shi Zhengli และกลุ่มของเธอได้แยกเชื้อไวรัสโคโรนา ที่แตกต่างกัน 293 ชนิด ( อัลฟา -โคโรนาไวรัส 284 ชนิด และเบตา-โคโรนาไวรัส 9 ชนิด ) จากตัวอย่างอุจจาระค้างคาวในถ้ำ ตัวอย่างหนึ่งที่เก็บรวบรวมในปี 2013 จากRhinolophus affinis (ค้างคาวเกือกม้ากลาง) มีลำดับกรดไรโบนิวคลีอิกแบบใหม่ ซึ่งต่อมาได้รับการระบุว่าเป็น "RaTG13" ^{[ 3 ]}^{[ 2 ]}

ในปี 2020 Shi และกลุ่มของเธอได้ทำการทดสอบตัวอย่างซีรั่มจากคนงานเหมืองอีกครั้งเพื่อหาเชื้อ SARS-CoV-2 ผลการทดสอบตัวอย่างเป็นลบ^{[ 3 ]}

ในปี 2020 สายพันธุ์ที่ระบุในตัวอย่างได้รับการเปลี่ยนชื่อจาก Ra4991 เดิม (ตัวอย่างที่ 4991 ที่เก็บจากRhinolophus affinis ) เป็น "RaTG13" เพื่อสะท้อนถึงสายพันธุ์ค้างคาวต้นกำเนิด (Ra จากRhinolophus affinis ) สถานที่ทางภูมิศาสตร์ (TG จาก Tongguan) และปีที่เก็บตัวอย่าง (13 จากปี 2013) ^{[ 13 ]}การเปลี่ยนชื่อนี้ถูกมองว่าเป็นการบอกเป็นนัยโดยผู้สนับสนุน ทฤษฎี การรั่วไหลของห้องปฏิบัติการสำหรับ การระบาดใหญ่ ของCOVID-19 ^{[ 13 ]}

ไวรัสวิทยา

ลำดับของ RaTG13 ถูกสร้างขึ้นใหม่จาก การสุ่มตัวอย่าง เมตาจีโนมิก (ซึ่งเป็นวิธีปฏิบัติทั่วไปในไวรัสวิทยาด้านสิ่งแวดล้อม) ^{[ 14 ]}และด้วยเหตุนี้ จึงอาจเป็นไคเมราในคอมพิวเตอร์ได้ [ ^{15 ] ยัง}ไม่มีการยืนยันว่า RaTG13 มีอยู่จริงในธรรมชาติ ได้รับการเพาะเลี้ยงหรือแยกได้ในห้องปฏิบัติการใดๆ^{[ 12 ]}หรือเป็นเชื้อก่อโรคในมนุษย์ที่สามารถมีชีวิตได้^{[ 15 ]}ไม่เคยตรวจพบไวรัสที่มีชีวิต "RaTG13" ในตัวอย่างจากห้องปฏิบัติการใดๆ จาก WIV หรือที่อื่นๆ^{[ 15 ]}

จากลำดับของมัน RaTG13 เป็นไวรัส RNA สายบวกที่มีเยื่อหุ้มชั้นนอก จีโนมของมันมีนิวคลีโอไทด์ประมาณ 29,800 ตัว จีโนมเข้ารหัสรีพลิเคส (ORF1a/1b) และโปรตีนโครงสร้างสี่ชนิด ได้แก่ โปรตีนหนาม (S) โปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์ (M) โปรตีนเปลือก (E) และโปรตีนนิวคลีโอแคปซิด (N) และโปรตีนเสริมของไวรัส ห้าชนิด ได้แก่ORF3a (NS3), ORF6 (NS6), ORF7a ( NS7a), ORF7b (NS7b) และORF8 (NS8) ^{[ 3 ]}^{[ 16 ]}

RaTG13 มีความคล้ายคลึงกับ จีโนมของ SARS-CoV-2 อย่างมาก (มีความคล้ายคลึงกันของนิวคลีโอไทด์ 96.1%) และการระบุพบในมูลสัตว์เป็นหลักฐานสนับสนุนต้นกำเนิดตามธรรมชาติของ SARS-CoV-2 ^{[ 7 ]}ส่วนที่แตกต่างกันหลักระหว่าง RaTG13 และ SARS-CoV-2 อยู่ที่โดเมนการจับกับตัวรับ (RBD) ของโปรตีนหนาม (S) ซึ่งเป็นส่วนที่จับกับโปรตีนตัวรับบนพื้นผิวของเซลล์โฮสต์และทำให้เกิดการติดเชื้อ ความแตกต่างในโดเมนนี้บ่งชี้ว่า ต่างจาก SARS-CoV-2 ไวรัส RaTG13 อาจไม่ได้ใช้เอนไซม์angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) เป็นตำแหน่งการเข้าสู่เซลล์^{[ 17 ]}นอกจากนี้ โปรตีน S ของไวรัส RaTG13 ยังขาด โมทีฟการตัด ของฟูริน RRAR↓S ^{[ 17 ]}

ความสัมพันธ์ในการจับกันระหว่าง RATG13 และ hACE2 ต่ำกว่าความสัมพันธ์ในการจับกันระหว่าง SARS-CoV-2 RBD และ hACE2 ^{[ 18 ]}

วิวัฒนาการทางสายพันธุ์

แผนภูมิวิวัฒนาการ

แผนภูมิวิวัฒนาการตามลำดับจีโนมทั้งหมดของ SARS-CoV-2 และไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องคือ: ^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}

ไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องกับ SARS-CoV-2

( ค้างคาว ) Rc-o319 , 81% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus , อิวาเตะ , ญี่ปุ่น^{[ 21 ]}

	ค้างคาวSL-ZXC21 , 88% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Zhoushan , Zhejiang ^{[ 22 ]}

	ค้างคาวSL-ZC45 , 88% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Zhoushan, Zhejiang ^{[ 22 ]}

ตัวลิ่น SARSr-CoV-GX, 85.3% เป็น SARS-CoV-2, Manis javanica , ลักลอบนำเข้าจากเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^{[ 23 ]}

ตัวลิ่น SARSr-CoV-GD, 90.1% ถึง SARS-CoV-2, Manis javanica , ลักลอบนำเข้าจากเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^{[ 24 ]}

	Bat RshSTT182, 92.6% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus Shameli , Steung Treng , กัมพูชา^{[ 25 ]}

	Bat RshSTT200, 92.6% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus Shamali , Steung Treng, กัมพูชา^{[ 25 ]}

	(ค้างคาว) RacCS203 , 91.5% ถึง SARS-CoV-2, Rhinolophus acuminatus , ฉะเชิงเทรา , ประเทศไทย^{[ 20 ]}

	(ค้างคาว) RmYN02 , 93.3% ต่อ SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , Mengla , Yunnan ^{[ 26 ]}

(ค้างคาว) RpYN06 , 94.4% ต่อ SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Xishuangbanna , Yunnan ^{[ 19 ]}

	(ค้างคาว) RaTG13 , 96.1% ต่อ SARS-CoV-2, Rhinolophus affinis , Mojiang , Yunnan ^{[ 27 ]}

	(ค้างคาว) BANAL-52 , 96.8% ต่อ SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , เวียงจันทน์ , ลาว^{[ 28 ]}

	SARS-CoV-2

SARS-CoV-1 , 79% ถึง SARS-CoV-2

ดูเพิ่มเติม

[ 1 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 14 ]

15 ] ยัง

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]