RaptorXเป็นซอฟต์แวร์และเว็บเซิร์ฟเวอร์สำหรับการทำนายโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ซึ่งใช้งานได้ฟรีสำหรับการใช้งานที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ RaptorX เป็นหนึ่งในวิธีการทำนายโครงสร้างโปรตีนที่ได้รับความนิยมมากที่สุด^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]} เช่นเดียวกับเทคนิคการจดจำ ความคล้ายคลึงระยะไกลและการเรียงลำดับโปรตีนอื่นๆRaptorX สามารถสร้างแบบจำลองโปรตีนที่เชื่อถือได้อย่างสม่ำเสมอเมื่อPSI-BLAST ที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย ไม่สามารถทำได้ อย่างไรก็ตาม RaptorX ยังแตกต่างอย่างมากจากวิธีการที่ใช้โปรไฟล์ (เช่นHHPredและPhyre 2) ตรงที่ RaptorX มีความสามารถในการจำลองลำดับโปรตีนได้ดีโดยไม่ต้องมีลำดับที่คล้ายคลึงกันจำนวนมาก โดยใช้ประโยชน์จากข้อมูลโครงสร้าง เซิร์ฟเวอร์ RaptorX ได้รับการออกแบบมาเพื่อให้มีอินเทอร์เฟซที่ใช้งานง่ายสำหรับผู้ใช้ที่ไม่เชี่ยวชาญในวิธีการทำนายโครงสร้างโปรตีน

โครงการ RaptorX เริ่มต้นในปี 2008 และ RaptorX Server ^{[ 6 ]}ได้เปิดตัวสู่สาธารณะในปี 2011

หลังจากวางลำดับโปรตีนลงในแบบฟอร์มส่งข้อมูลของ RaptorX แล้ว ผู้ใช้จะต้องรอประมาณสองสามชั่วโมง (ขึ้นอยู่กับความยาวของลำดับ) เพื่อให้การทำนายเสร็จสมบูรณ์ ระบบจะส่งอีเมลไปยังผู้ใช้พร้อมลิงก์ไปยังหน้าเว็บแสดงผลลัพธ์ ปัจจุบันเซิร์ฟเวอร์ RaptorX สร้างผลลัพธ์ต่อไปนี้: การทำนายโครงสร้างทุติยภูมิแบบ 3 สถานะและ 8 สถานะ การจัดเรียงลำดับกับแม่แบบ การทำนายโครงสร้าง 3 มิติ การทำนายการเข้าถึงตัวทำละลาย การทำนายความไม่เป็นระเบียบ และการทำนายตำแหน่งการจับ ผลลัพธ์ที่ทำนายได้จะแสดงขึ้นเพื่อช่วยในการตรวจสอบด้วยสายตา ไฟล์ผลลัพธ์ยังสามารถดาวน์โหลดได้ด้วย

นอกจากนี้ RaptorX Server ยังสร้างคะแนนความเชื่อมั่นบางส่วนที่บ่งชี้คุณภาพของแบบจำลอง 3 มิติที่คาดการณ์ไว้ (ในกรณีที่ไม่มีโครงสร้างดั้งเดิมที่เกี่ยวข้อง) ตัวอย่างเช่น จะสร้างค่า P สำหรับคุณภาพโดยรวมเชิงสัมพัทธ์ของแบบจำลอง 3 มิติการทดสอบระยะทางโดยรวม (GDT) และ uGDT (unnormalized-GDT) สำหรับคุณภาพโดยรวมเชิงสัมบูรณ์ของแบบจำลอง 3 มิติ และ ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานรากกำลัง สอง (RMSD) ต่อตำแหน่งสำหรับคุณภาพเฉพาะที่เชิงสัมบูรณ์ในแต่ละส่วนของแบบจำลอง 3 มิติ

การประยุกต์ใช้ RaptorX รวมถึงการทำนายโครงสร้างโปรตีน การทำนายหน้าที่ การจัดเรียงลำดับโปรตีนกับโครงสร้าง การจำแนกประเภทวิวัฒนาการของโปรตีน การนำทางการกลายพันธุ์เฉพาะจุดและการแก้โครงสร้างผลึกโปรตีนโดย วิธีการ แทนที่โมเลกุลในการทดลองทำนายโครงสร้างโปรตีนแบบปิดตา CASP9 ( CASP9 ) RaptorX ได้รับการจัดอันดับที่ 2 จากเซิร์ฟเวอร์ทำนายโครงสร้างอัตโนมัติประมาณ 80 เซิร์ฟเวอร์ นอกจากนี้ RaptorX ยังสร้างการจัดเรียงลำดับที่ดีที่สุดสำหรับเป้าหมายการสร้างแบบจำลองตามแม่แบบ (TBM) ที่ยากที่สุด 50 ข้อใน CASP9 และใน CASP10 RaptorX เป็นกลุ่มเซิร์ฟเวอร์เพียงกลุ่มเดียวในกลุ่ม 10 อันดับแรกสำหรับเป้าหมาย TBM ที่ยากที่สุด 15 ข้อใน CASP10

RaptorX คือระบบทำนายโครงสร้างโปรตีนรุ่นต่อจาก RAPTOR ซึ่ง RAPTOR ได้รับการออกแบบและพัฒนาโดย ดร. จินโบ ซู และ ดร. หมิง หลี่ ที่มหาวิทยาลัยวอเตอร์ลู ส่วน RaptorX ได้รับการออกแบบและพัฒนาโดยกลุ่มวิจัยที่นำโดยศาสตราจารย์ จินโบ ซู ที่สถาบันเทคโนโลยีโตโยต้าสาขาชิคาโก

• การทำนายโครงสร้างโปรตีน
• แคสป์
• รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน

• เว็บไซต์อย่างเป็นทางการ
• เว็บไซต์ CASP
• ซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศเชิงโครงสร้างอื่นๆ