ระบบสืบพันธุ์ของหนอนแบนในแต่ละวงศ์มีความคล้ายคลึงกันโดยทั่วไป แม้ว่าโครงสร้างที่เกี่ยวข้องอาจมีความซับซ้อนแตกต่างกันไปก็ตาม

พลานาเรียทุกชนิดเป็นกะเทยดังนั้นระบบสืบพันธุ์จึงมีทั้งส่วนเพศผู้และเพศเมีย ทั้งสองส่วนสื่อสารกับพื้นผิวของร่างกายผ่านช่องเปิดเดียวที่เรียกว่าโกโนพอร์ซึ่งอยู่ทางด้านท้องของครึ่งหลังของลำตัว

ระบบสืบพันธุ์เพศผู้ของแพลนาริอาประกอบด้วยอัณฑะหลายลูก กระจายอยู่ทั่วร่างกายเป็นสองแถวขึ้นไป โดยปกติจะกระจุกตัวอยู่ในส่วนหน้าสองในสามของร่างกาย แต่ก็อาจกระจายไปเกือบถึงส่วนท้ายได้ อัณฑะเชื่อมต่อกับ ท่อส่งน้ำอสุจิคู่หนึ่งซึ่งทอดตัวไปทางด้านหลังไปยังรูเปิดอวัยวะสืบพันธุ์

ในบางกลุ่ม ท่อส่งอสุจิจะมาบรรจบกันที่ ส่วน ปลายก่อให้เกิดท่อส่งน้ำอสุจิ ซึ่งจะเปิดออกสู่โพรงที่เรียกว่า "ห้องตัวผู้" ส่วนในกลุ่มอื่นๆ เช่นพลานาเรียบกทั้งสองท่อจะเปิดออกสู่ต่อมลูกหมาก ซึ่งเป็นอวัยวะต่อมที่ทอดยาวไปทางด้านหลังและเปิดออกสู่ห้องตัวผู้ โดยปกติผ่านทางท่อส่งน้ำอสุจิ ห้องตัวผู้จะอยู่ด้านหน้าของรูเปิดอวัยวะสืบพันธุ์

โดยปกติแล้วจะมีโครงสร้างที่เกี่ยวข้องกับท่อส่งน้ำอสุจิ ซึ่งเกิดจากการพับของผนังของช่องอสุจิที่เรียกว่า "ปุ่มองคชาต" ปุ่มองคชาตเป็นโครงสร้างถาวรที่ครอบครองส่วนหนึ่งหรือทั้งหมดของช่องอสุจิ และจะยื่นออกมาในระหว่างการผสมพันธุ์ จึงเรียกว่าองคชาตที่ยื่นออกมาได้ ในสายพันธุ์ที่ไม่มีปุ่มองคชาต องคชาตจะถูกสร้างขึ้นเฉพาะในระหว่างการผสมพันธุ์โดยการยื่นของผนังในช่องอสุจิ และเรียกว่าองคชาตที่ยืดหดได้^{[ 1 ]}

ในแพลนารีที่อาศัยอยู่บนบก โครงสร้างของช่องสืบพันธุ์เพศผู้สามารถแปรผันได้มากระหว่างสกุลต่างๆ โครงสร้างที่พบได้บ่อยที่สุดคือ: ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]}

• ติ่งเนื้ออวัยวะเพศชายแบบถาวรหรือแท้จริง : ติ่งเนื้อขนาดใหญ่คล้ายอวัยวะเพศชายนี้กินพื้นที่โพรงอวัยวะเพศชายทั้งหมดหรือเกือบทั้งหมด และมีท่อส่งน้ำอสุจิพาดผ่าน พบได้ในสกุลGeoplana , Obama , Cratera , Paraba , Polycladus , Microplanaและอื่นๆ
• ปุ่มอวัยวะเพศชายที่เห็นได้ชัด : คล้ายกับปุ่มอวัยวะเพศชายที่แท้จริง แต่ มีโพรงน้ำอสุจิที่กว้างแทนที่จะเป็นท่อส่งน้ำอสุจิ พบในสกุลMatuxia
• ปุ่มเนื้อเยื่อภายในโพรงองคชาต : เป็นปุ่มเนื้อเยื่อขนาดเล็กกว่าปุ่มเนื้อเยื่อปกติ มีลักษณะเป็นโครงสร้างรูปกรวยเล็กๆ อยู่ในโพรงองคชาตเพศผู้ ซึ่งส่วนใหญ่มักมีรอยพับไม่สม่ำเสมอ พบได้ในสกุลAmagaและEndeavouriaเป็นต้น
• องคชาตกลับหัว : โครงสร้างที่เติมเต็มส่วนใหญ่ของโพรงองคชาตเพศชาย เหลือเพียงท่อแคบๆ ที่เชื่อมต่อกับต่อมลูกหมากซึ่งมีลักษณะคล้ายท่อส่งน้ำอสุจิ อย่างไรก็ตาม ท่อนี้จะถูกดันออกไปด้านนอกในระหว่างการผสมพันธุ์ กลายเป็นผนังด้านนอกขององคชาต พบได้ในสายพันธุ์Choeradoplana minima
• ไม่มีปุ่มนูนองคชาต : ช่ององคชาตของตัวผู้ขาดโครงสร้างที่คล้ายองคชาตอย่างถาวร กล่าวคือ มีองคชาตที่สามารถยืดหดได้ และมักเต็มไปด้วยรอยพับที่ไม่สม่ำเสมอ ท่อส่งน้ำอสุจิอาจมีอยู่ (เช่นในPasipha , ImbiraและLuteostriata ) หรือไม่มี (เช่นในNotogynaphallia )

ระบบสืบพันธุ์เพศเมียของพลาเนเรียนประกอบด้วยรังไข่ สอง ข้างบริเวณส่วนหน้า จากรังไข่จะมีท่อไข่ คู่หนึ่ง (หรือเรียกให้ถูกต้องกว่าคือ ท่อไข่และท่อไข่แดง) วิ่งไปทางด้านหลังไปยังรูเปิดอวัยวะสืบพันธุ์ นอกจากนี้ยังมีกลุ่มต่อ ม ไข่แดงเชื่อมต่อกับท่อเหล่านี้ด้วย เนื่องจากพลาเนเรียนเป็นนีโอโฟรานดังนั้นจึงไม่มีไข่แดงอยู่ภายในไข่

ท่อโอโววิเทลโลดักต์จะอยู่ใกล้กับช่องโกโนพอร์และไปถึงโพรงที่เรียกว่า “ช่องตัวเมีย” ซึ่งอยู่ทางด้านหลังของช่องโกโนพอร์ ท่อโอโววิเทลโลดักต์อาจจะมาบรรจบกันหรือไม่ก็ได้และกลายเป็นท่อเดียว (ท่อโอโววิเทลโลดักต์ร่วม) ก่อนที่จะเข้าสู่ช่องตัวเมีย ส่วนปลายของท่อโอโววิเทลโลดักต์มักจะล้อมรอบด้วยต่อมสร้างเปลือก ซึ่งหลั่งสารที่สร้างเปลือกของรังไข่ (เรียกอีกอย่างว่ารังไหม) ^{[ 5 ]}

ในบรรดาโครงสร้างเสริมของระบบสืบพันธุ์ของแพลนาริอา หนึ่งในโครงสร้างที่มักพบในสายพันธุ์น้ำจืดและน้ำทะเลคือถุง เก็บอสุจิ (bursa copulatrix ) ซึ่งมีหน้าที่เก็บอสุจิหลังการผสมพันธุ์^{[ 6 ]} แพลนาริอาบางชนิด (เช่น สกุลPlanaria , Artioposthia , Arthurdendyus , ColeocephalusและNewzealandia ) มีส่วนยื่นคล้ายนิ้วหลายส่วน เรียกว่า อะดีโนแดคทิล (adenodactyls) อยู่ใกล้กับช่องสืบพันธุ์เพศผู้และเพศเมีย อะดีโนแดคทิลมีต่อมและผลิตสารคัดหลั่งหลายชนิดที่เชื่อว่ามีประโยชน์ในระหว่างการสืบพันธุ์^{[ 7 ]}