การวางแผนก่อสร้างรถไฟใต้ดินในโรเชสเตอร์เริ่มขึ้นราวปี 1910 เนื่องจากคลองอีรีถูกเปลี่ยนเส้นทางจากใจกลางเมืองโรเชสเตอร์ให้ผ่านไปทางใต้ของเมือง แผนดังกล่าวได้รับการสนับสนุนจากการศึกษาความเป็นไปได้จากวิศวกรGeorge F. Swainและได้รับการส่งเสริมโดยนายกเทศมนตรีHiram Edgertonและผู้นำพลเมืองคนอื่นๆ ในปี 1918 เส้นทางคลองใหม่เสร็จสมบูรณ์ และในปี 1919 ส่วนที่ถูกทิ้งร้างของคลองถูกซื้อโดยเมืองเพื่อใช้เป็นเส้นทางของรถไฟใต้ดิน^{[ 2 ] : 1–3}เชื่อกันว่ารถไฟใต้ดินจะให้ประโยชน์หลายประการแก่เมือง นอกเหนือจากการให้บริการการเดินทางข้ามเมืองสำหรับผู้อยู่อาศัยในทางตะวันตกเฉียงเหนือและตะวันออกเฉียงใต้ของเมืองแล้ว ทางรถไฟยังทำหน้าที่เป็นเส้นทางเชื่อมต่อทางรถไฟขนส่งสินค้า 5 สายที่วิ่งผ่านโรเชสเตอร์ในขณะนั้น ซึ่งก่อนหน้านี้ถูกตัดขาด รถราง ระหว่างเมืองก็จะถูกจัดเส้นทางเข้าสู่รถไฟใต้ดินเพื่อลดความแออัดของการจราจรบนถนนบนพื้นผิว^{[ 2 ] : 7}การก่อสร้างได้รับอนุมัติจากสภาเมืองเมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2464 และเริ่มในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2465 ^{[ 3 ] : 11}โครงการนี้ได้รับการอนุมัติจากหนังสือพิมพ์ หอการค้า และสหภาพแรงงานของเมืองโรเชสเตอร์อย่างเป็นเอกฉันท์^{[ 2 ] : 11}

ในใจกลางเมือง มีการขุดอุโมงค์โดยมีถนนสายใหม่ชื่อ บรอดสตรีท ตั้งอยู่ด้านบน มีเพียง2 ไมล์ (3.2 กิโลเมตร) เท่านั้น ที่อยู่ในอุโมงค์ ส่วนที่เหลือเป็นเส้นทางเปิดโล่ง คำว่า "รถไฟใต้ดิน" ไม่ได้หมายถึงอุโมงค์ แต่หมายถึงเส้นทางที่แยกต่างระดับและดำเนินการเป็นระบบขนส่งด่วน ส่วนที่ข้ามแม่น้ำเจเนซีใช้ประโยชน์จากทางส่งน้ำเจเนซีสายที่สองเดิม[ 4 ^{]พื้นคลอง}ถูกขยายและขุดลึกขึ้น5 ฟุต (1.5 เมตร)ในทุกทิศทาง ซึ่งจำเป็นต้องขุดดินและหินโดโลไมต์ ออกไป 1,000,000 ลูกบาศก์หลา (760,000 ^{ลูกบาศก์}เมตร) ^{[ 5 ]} ต้องมีการขุดเพิ่มเติมเพื่อรองรับรางรถไฟมากกว่าที่คาดไว้ ทำให้การก่อสร้างล่าช้าจนถึงปี 1927 พันธบัตรก่อสร้างจะไม่ได้รับการชำระคืนจนถึงปี 1960 หลังจากที่รถไฟใต้ดินปิดให้บริการแล้ว โดยมีค่า ใช้จ่ายมากกว่า 19 ล้านดอลลาร์สำหรับเมือง^{[ 2 ] : 12}   

การดำเนินงานเริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2460 ภายใต้สัญญากับNew York State Railways [ ^{3 ] : 40 [ 6 ] รถไฟ} ซีรีส์ 2000 ของ Utica and Mohawk Valley Railwayจำนวน 10 คันถูกโอนมาจาก Utica Lines เพื่อให้บริการเฉพาะในรถไฟใต้ดินโรเชสเตอร์ บริการขนส่งสินค้าให้บริการโดยหัวรถจักรไฟฟ้าที่ซื้อจากGeneral Electric ^{[ 3 ] : 90}

รถไฟระหว่างเมืองเริ่มใช้รถไฟใต้ดินสายใหม่เกือบจะในทันที และต่อมาก็มีรถไฟขนส่งสินค้าเข้าร่วมด้วย เริ่มตั้งแต่วันแรกของการดำเนินงานในปี 1927 รถไฟ Rochester and Eastern Rapid Railwayเชื่อมต่อที่ Rowlands และสิ้นสุดที่สถานี City Hall รถไฟ Rochester and Syracuse Railroadเริ่มใช้รถไฟใต้ดินในปี 1928 โดยใช้การเชื่อมต่อใหม่ที่สร้างขึ้นทางตะวันออกของสถานี Winton Road รถไฟ Rochester, Lockport and Buffalo Railroadเข้ามาจากทางด้านตะวันตกเริ่มตั้งแต่ปี 1928 โดยใช้ทางลาดที่สร้างขึ้นที่ Lyell Avenue โดยรถไฟสายนี้ก็สิ้นสุดที่สถานี City Hall เช่นกัน^{[ 3 ] : 41–44}ทางลาดสองแห่งหลังนี้ยังถูกใช้โดยรถไฟ New York Central Railroadสำหรับการขนส่งสินค้า รถไฟBaltimore and Ohio Railroadเชื่อมต่อกับรถไฟใต้ดินด้วยทางลาดตามถนน Broad Street และรถไฟ Lehigh Valley Railroadเชื่อมต่อที่สถานี Court Street ^{[ 3 ] : 89}

ในปี พ.ศ. 2462 การเดินรถไฟใต้ดินพิเศษบนพื้นดินได้เริ่มขึ้นโดยใช้ทางลาดที่สถานี Emersonเพื่อเชื่อมต่อกับสาย Dewey Avenue เพื่อให้บริการในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนไปยังKodak Parkซึ่งเป็นนายจ้างรายใหญ่ในเมือง^{[ 7 ]}เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2462 บริการรถไฟใต้ดินท้องถิ่นของ Rochester ได้ขยายจาก Winton Road ไปยัง Rowlands loop ^{[ 3 ] : 45}

หลังภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่การรถไฟแห่งรัฐนิวยอร์กก็ล้มละลายพร้อมกับการรถไฟอื่นๆ ที่ให้บริการเส้นทางระหว่างเมืองในพื้นที่นั้น ภายในปี 1931 เส้นทางรถไฟระหว่างเมืองที่เชื่อมต่อกันทั้งหมดได้หยุดดำเนินการ ทำให้รถไฟใต้ดินกลายเป็นเส้นทางตะวันออก-ตะวันตกโดยไม่มีการเชื่อมต่อทางรถไฟนอกเส้นทาง^{[ 2 ] : 15}ในขณะที่บริษัทอยู่ภายใต้การดูแลของศาล การรถไฟแห่งรัฐนิวยอร์กยังคงดำเนินการรถไฟใต้ดินต่อไปตามสัญญาจ้างกับเมืองโรเชสเตอร์ ความคิดเห็นของประชาชนเกี่ยวกับรถไฟใต้ดินเปลี่ยนไปในทางลบเนื่องจากจำนวนผู้โดยสารต่ำ^{[ 2 ] : 15}

ทางรถไฟ Rochester Lines เดิมของ New York State Railways ได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นRochester Transit Corporationเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2481 และการดำเนินงานของรถไฟใต้ดินได้ถูกโอนไปยังบริษัทใหม่ ในวันเดียวกันนั้น รถไฟรุ่น 2000 ถูกแทนที่ด้วยรถไฟเหล็กซีรีส์ 46 ที่ใหม่กว่าและเร็วกว่า ซึ่งได้มาจากทางรถไฟ Utica & Mohawk Valley ที่ถูกทิ้งร้างในปี พ.ศ. 2480 ^{[ 3 ] : 47–50} Harold SW MacFarlin กรรมการการค้าของเมือง เชื่อว่ารถไฟใต้ดินสามารถรักษาไว้ได้ด้วยบริการที่เร็วขึ้นและขยายมากขึ้น และส่งเสริมแผนการขยายเส้นทางรถไฟใต้ดิน^{[ 3 ] : 48, 61}

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองการปันส่วนอาหารในช่วงสงครามทำให้รถไฟใต้ดินกลับมาได้รับความนิยมอีกครั้ง และจำนวนผู้โดยสารต่อปีสูงสุดอยู่ที่กว่า 5 ล้านคนในปี 1946 และ 1947 มีการพิจารณาข้อเสนอที่จะขยายเส้นทางรถไฟใต้ดินในช่วงสั้นๆ ในสื่อ แต่จำนวนผู้โดยสารเริ่มลดลงอีกครั้งในปี 1948 และสภาเมืองได้วางแผนที่จะยกเลิกเส้นทางรถไฟใต้ดินและใช้เส้นทางดังกล่าวเป็นทางหลวงเชื่อมต่อกับทางด่วนนิวยอร์กสเตทแทน^{[ 2 ] : 18–20}

เพื่อลดต้นทุน จึงมีการลดการให้บริการในวันธรรมดาและยกเลิกการให้บริการในวันอาทิตย์ในปี พ.ศ. 2495 ^{[ 3 ] : 76}สัญญาการให้บริการได้รับการมอบหมายเป็นรายเดือนจนกระทั่งสภาเมืองลงมติในปี พ.ศ. 2498 ให้ยุติการให้บริการรถไฟใต้ดินทั้งหมดในวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2499 ^{[ 3 ] : 83–87}การขนส่งสินค้าดำเนินการโดย RTC จนถึงวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2490 เมื่อการดำเนินงานทางรถไฟที่เหลือถูกโอนไปยังทางรถไฟที่เชื่อมต่อระหว่างนิวยอร์กเซ็นทรัล (NYC) และบัลติมอร์แอนด์โอไฮโอ (B&O) ^{[ 3 ] : 94}

ทางรถไฟใต้ดินจากถนนคอร์ตไปยังถนนวินตันถูกใช้สำหรับการก่อสร้างส่วนหนึ่งของทางด่วนสายตะวันออก ( I-490 ) ในปี 1959 โดยส่วนจากถนนวินตันไปยังถนนโรว์แลนด์ถูกใช้สำหรับI-590บริการขนส่งสินค้าแบบจำกัดที่ดำเนินการโดยทางรถไฟที่เชื่อมต่อกันยังคงดำเนินต่อไปในส่วนตะวันตกของเส้นทางรถไฟใต้ดินจากถนนคอร์ตไปยังเจเนอรัลมอเตอร์สจนถึงปี 1976 เมื่อเมืองโรเชสเตอร์เลือกที่จะถมทางตัดเพื่อลดการบำรุงรักษาสะพานจำนวนมาก การขนส่งสินค้าทางรถไฟในอุโมงค์รถไฟใต้ดินยังคงดำเนินต่อไปจนถึงปี 1997 เมื่อหนังสือพิมพ์แกนเน็ตต์ย้ายการดำเนินงานการพิมพ์จากอาคารแกนเน็ตต์ ซึ่งรถไฟใต้ดินวิ่งผ่านใต้ไป ยังเมืองกรีซ^{[ 8 ]}

• หัว รถจักร L-1 ขนาด 1200 โวลต์ ผลิตโดยบริษัท General Electric ปี 1928
• หัวรถจักร L-2 – ผลิตโดย Plymouth Locomotive Worksแห่งเมืองพลีมัธ รัฐโอไฮโอ–ปี 1937
• 46–70* รถรางระหว่างเมือง SE ของบริษัท Cincinnati Car Company ปี 1916 –รถเหล็กทั้งหมด; ซื้อมาในปี 1937
• 2000–2018* รถรางระหว่างเมือง JG Brill SE ปี 1902 –รถไม้ที่สร้างเป็นรถพ่วงและดัดแปลงเป็นรถยนต์; ได้มาในปี 1927

*รับเฉพาะเลขคู่เท่านั้น

• 014 รถไถโรตารี่แบบคันเดียว
• 0105 รถยนต์ Jackson & Sharp Line
• 0200 รถบรรทุกพื้นเรียบแบบห้องโดยสารเดี่ยวพร้อมเฟืองท้าย
• หัวรถจักรหมายเลข 0205 – บริษัท Jewett Car Companyแห่งเมืองนิวอาร์ก รัฐโอไฮโอ–ปี 1903
• 0214 รถบรรทุกพื้นเรียบแบบห้องโดยสารเดี่ยว
• 0220 รถบรรทุกดัมพ์แบบแค็บเดี่ยวพร้อมเฟืองท้าย
• 0330 รถพ่วงดัมพ์แบบดิฟเฟอเรนเชียล
• 0331 รถพ่วงดัมพ์แบบเฟืองท้าย
• 0343 รถสำหรับงานและเครื่องมือ
• รถพ่วงพื้นเรียบ ปี 2002
• รถพ่วงพื้นเรียบ ปี 2006

In 1976, after the announcement of the fill, the City of Rochester allowed the New York Museum of Transportation to collect the rail from the portion of the line being filled. The former rail is still in use by the museum. In 2010, when the city decided to fill the portion of the tunnel between Brown and the B&O ramp, the museum was allowed to collect the remaining rail, surviving switches and other railroad fixtures from the tunnel.

Rochester subway car 60 is at the Rochester and Genesee Valley Railroad Museum, where it has been undergoing restoration since 2016. Built in 1916 for Utica Railways and moved to Rochester in 1936, it is the only surviving example from the 12-car fleet that served the subway.^[9][10] Car 60 was set aside for preservation in 1956, and was donated to the Rochester Chapter of the National Railway Historical Society. The trolley car was loaned to other organizations and returned to the Rochester & Genesee Valley Railroad Museum in 1998, prior to restoration.^[11] Locomotive L-2 was rescued from a Rochester scrap yard in the 1970s, and has been set aside for a potential future restoration by the New York Museum of Transportation.^[12]

The property of the abandoned subway tunnel belongs to the city of Rochester. In recent decades, city officials have considered several plans to fill or renovate the tunnel. While it remains abandoned, the tunnel has become a refuge for the homeless, a destination for urban explorers, and a canvas for local graffiti artists.^[8]

In 2004, Rochester city officials decided to fill the remaining subway tunnel with earth, as maintenance of the tunnel was costing the city US$1,200,000 annually. This decision caused public outcry, since residents regard the subway as part of their history.^[5] The Subway-Erie Canal Revitalization Group was formed in opposition to the city's plans, and advocated for constructing a new trolley line in the city using the tunnel.^[13]

Other proposals were made for repurposing the tunnel instead of filling it in, such as removing Broad Street and restoring the old canal or constructing an underground retail center.^[14][15] One includes converting the Broad Street bridge tunnel—the former canal aqueduct—into an enhanced pedestrian corridor, which would also include a Rochester Transportation Museum, and a tram system.^[16]

ในปี 2551 ทางเมืองได้ตัดสินใจถมปลายอุโมงค์ด้านตะวันตกใต้ถนนบรอดสตรีท การก่อสร้างเริ่มขึ้นในปี 2553 ด้วยงบประมาณ17,500,000 ดอลลาร์สหรัฐทางเมืองได้สร้าง ทางลาด B&O เดิมขึ้นใหม่ ให้เป็นส่วนหนึ่งของรถไฟใต้ดินที่เหลืออยู่ ทำให้ทางลาดดังกล่าวเป็นจุดเข้าถึงรถไฟใต้ดินทางด้านตะวันตก^{[ 13 ] [ 17 ]}

ในปี 2552 เมืองได้ออกข้อเสนอสำหรับส่วนที่เหลือของอุโมงค์ใต้ถนนบรอดสตรีท แผนดังกล่าวเกี่ยวข้องกับการรื้อพื้นผิวถนนและเติมน้ำลงในคลอง^{[ 18 ]}แผนนี้ได้รับการรับรองจากสมาคมคลองแห่งนิวยอร์ก^{[ 19 ]}และยังคงอยู่ภายใต้การพิจารณาจนถึงปี 2554 ^{[ 20 ]}แม้ว่าจะไม่ได้รับเงินทุนที่จำเป็นก็ตาม

ในปี 2018 แผนงานที่เรียกว่าROC the Riverwayได้ถูกเปิดเผย ซึ่งเสนอให้รื้อถอนระดับถนนบรอดสตรีทของทางส่งน้ำ และเติมน้ำกลับเข้าไปในคลองและทางรถไฟใต้ดินเดิมบนทางส่งน้ำบางส่วน คล้ายกับที่เคยทำกับคลองประวัติศาสตร์ที่Canalsideในบัฟฟาโล รัฐนิวยอร์กและสร้างทางเดินเพื่อเชื่อมต่อBlue Cross Arena ที่อยู่ใกล้เคียง กับศูนย์การประชุมที่อยู่ใกล้เคียง^{[ 21 ]}โครงการนี้ได้เข้าสู่ขั้นตอนการวางแผนและการก่อสร้างในปี 2022 ^{[ 22 ]}นอกจากนี้ ในปี 2018 เมืองยังได้เปิดรับข้อเสนอเพื่อเปลี่ยนส่วนที่เหลือของอุโมงค์ระหว่างถนนเมนสตรีทและถนนเอ็กซ์เชนจ์สตรีทให้เป็นที่จอดรถใต้ดิน แต่ไม่มีผู้ซื้อที่สนใจ^{[ 23 ]}

• 
  สถานีคอร์ตสตรีท ปี 2007
• 
  ภาพสถานีรถไฟคอร์ตสตรีท ปี 2013
• 
  การถมดินบริเวณฝั่งตะวันออก เดือนมกราคม 2560
• 
  อาคารพาณิชย์ผสมผสานและที่พักอาศัยหรูหราแบบโลว์ไรส์ถูกสร้างขึ้นบนพื้นที่ดังกล่าวในเดือนกรกฎาคม 2561