การทดสอบการป้องกันนิวคลีเอส (Nuclease protection assay)เป็นเทคนิคในห้องปฏิบัติการที่ใช้ในชีวเคมีและพันธุศาสตร์เพื่อระบุ โมเลกุล RNA แต่ละตัว ในตัวอย่าง RNA ที่มีความหลากหลายซึ่งสกัดจากเซลล์เทคนิคนี้สามารถระบุโมเลกุล RNA หนึ่งตัวหรือมากกว่าที่มีลำดับที่ทราบได้ แม้จะมีความเข้มข้น รวมต่ำก็ตาม ขั้น ตอนแรก นำ RNA ที่สกัดมาผสมกับ โพรบ RNA หรือDNA แบบ แอนติเซนส์ที่เข้าคู่กับลำดับที่สนใจ จากนั้นนำสายที่เข้าคู่กันมาไฮ บริดิเซชัน เพื่อสร้าง RNA สองสาย (หรือไฮบริด DNA-RNA) จากนั้น นำส่วนผสมไปสัมผัสกับไรโบนิวคลีเอสซึ่งจะตัดเฉพาะ RNA สาย เดี่ยว เท่านั้น แต่ไม่มีฤทธิ์ต่อ RNA สองสาย เมื่อปฏิกิริยาเสร็จสิ้น บริเวณ RNA ที่ไวต่อการถูกย่อยสลายจะถูกย่อยสลายเป็นโอลิโกเมอร์ ขนาดสั้นมาก หรือเป็นนิวคลีโอไทด์ แต่ละตัว ชิ้นส่วน RNA ที่เหลืออยู่คือชิ้นส่วนที่เข้าคู่กับสายแอนติเซนส์ที่เติมเข้าไป และจึงมีลำดับที่สนใจอยู่

โพรบถูกเตรียมโดยการโคลนส่วนหนึ่งของยีนที่สนใจลงในเวกเตอร์ภายใต้การควบคุมของโปรโมเตอร์ใดๆ ต่อไปนี้ ได้แก่ SP6, T7 หรือ T3 โปรโมเตอร์เหล่านี้ได้รับการจดจำโดยเอนไซม์ RNA โพลีเมอเรสที่ขึ้นอยู่กับ DNA ซึ่งเดิมทีได้รับการศึกษาจากแบคทีริโอเฟจ โพรบที่ผลิตได้นั้นมีกัมมันตภาพรังสี เนื่องจากถูกเตรียมโดยการถอดรหัสในหลอดทดลองโดยใช้ UTP ที่มีกัมมันตภาพรังสี DNA หรือ RNA ที่ไม่มีคู่จะถูกตัดออกโดยนิวคลีเอส เมื่อโพรบเป็นโมเลกุล DNA จะใช้ นิวคลีเอส S1เมื่อโพรบเป็น RNA สามารถใช้ไรโบนิวคลีเอสที่จำเพาะต่อสายเดี่ยวใดๆ ก็ได้ ดังนั้นคู่โพรบ-mRNA ที่เหลืออยู่จึงสามารถตรวจจับได้ง่ายๆ โดยการถ่ายภาพรังสีอัตโนมัติ

การทดสอบการป้องกันนิวคลีเอสใช้เพื่อระบุ ตำแหน่ง ของอินทรอนและ ปลาย 5'และ3'ของบริเวณยีน ที่ถูกถอดรหัส สามารถได้ผลลัพธ์ เชิงปริมาณเกี่ยวกับปริมาณของ RNA เป้าหมายที่มีอยู่ในสารสกัดจากเซลล์ดั้งเดิม หากเป้าหมายคือmRNA ผลลัพธ์นี้สามารถบ่งชี้ระดับการถอดรหัสของยีนในเซลล์ได้

นอกจากนี้ยังใช้ในการตรวจจับการมีอยู่ของ RNA สองสาย ซึ่งการมีอยู่ของ RNA สองสายอาจหมายถึงการเกิด RNA interference

การทำนอร์เทิร์ นบลอตติ้งเป็นเทคนิคในห้องปฏิบัติการที่ให้ข้อมูลที่คล้ายคลึงกัน ถึงแม้จะช้ากว่าและให้ผลเชิงปริมาณน้อยกว่า แต่ก็ให้ข้อมูลที่แม่นยำเกี่ยวกับขนาดของ RNA เป้าหมาย ส่วนผลิตภัณฑ์จากการทดสอบการป้องกันนิวคลีเอสจะมีขนาดจำกัดตามขนาดของโพรบเริ่มต้น เนื่องจาก RNA ที่ไม่ได้เกิดการไฮบริดไดเซชันถูกทำลายไปในขั้นตอนการย่อยด้วยนิวคลีเอส