สปัตส์1
| สปัตส์1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ตัวระบุ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ชื่อเรียกอื่น | SPATS1 , DDIP, SPATA8, SRSP1, โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างสเปิร์มและอุดมไปด้วยซีรีน 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| รหัสภายนอก | เอ็มจีไอ : 1918270 ; โฮโมโลยีน : 12376 ; GeneCards : SPATS1 ; OMA : SPATS1 - ออร์โธโลจี | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| วิกิดาต้า | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
โปรตีน Spermatogenesis associated serine rich 1 ( SPATS1 ) เป็นโปรตีนที่ในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดย ยีน SPATS1นอกจากนี้ยังรู้จักกันในชื่ออื่น ๆ เช่นDishevelled-DEP domain interacting protein ( DDIP ), Spermatogenesis Associated 8 ( SPATA8 ) และserin-rich spermatogenic protein 1 ( SRSP1 ) [ 5 ]เป็นที่ทราบกันดีถึงโครงสร้างทางเคมี ตำแหน่งภายในเซลล์ การแสดงออก และการอนุรักษ์ของโปรตีนนี้ งานวิจัยชี้ให้เห็นว่า SPATS1 อาจมีบทบาทในเส้นทางการส่งสัญญาณ Wnt แบบดั้งเดิมและใน คลื่นการสร้างสเปิร์มครั้งแรก
ยีน
ยีน SPATS1 ของมนุษย์ประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ 1150 ตัว ซึ่งเข้ารหัสกรดอะมิโน 300 ตัว ตั้งอยู่บนสายบวกของโครโมโซม 6 ในบริเวณ 21p1 [ 5 ]ณ ปัจจุบัน ยังไม่มีโพลีมอร์ฟิซึมของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) ที่ทราบแน่ชัดว่ามีความสำคัญทางคลินิก[ 6 ]
โปรตีน
โครงสร้าง
โปรตีนในรูปแบบที่ยาวที่สุดมี 8 เอ็กซอน มีไอโซฟอร์ม ที่เป็นไปได้อีกแบบหนึ่ง แต่ยังขาดการยืนยันทางการทดลอง อาจเป็นเพราะผลิตในระดับต่ำเนื่องจากโคดอนหยุดที่ไม่สมบูรณ์[ 7 ]การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศชี้ให้เห็นว่าโปรตีนไม่มีโครงสร้างทรานส์เมมเบรนและประกอบด้วยทั้งอัลฟาเฮลิกซ์และเบตาชีท มีตัวเลขที่ขัดแย้งกันสำหรับจุดไอโซอิเล็กทริก ของ SPATS1 หลายแหล่งข้อมูลกล่าวว่า 6.68 ในขณะที่อีกสองแหล่งแนะนำว่าสูงกว่า คือ 7.04 และ 7.47 [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
ตำแหน่งภายในเซลล์
การศึกษาชี้ให้เห็นว่าการแสดงออกส่วนใหญ่พบในไซโตพลาสซึมของเซลล์ แต่ก็มีหลักฐานการแสดงออกในนิวเคลียสด้วย[ 11 ]การแสดงออกในนิวเคลียสอาจได้รับการสนับสนุนจากข้อเท็จจริงที่ว่าโฮโมล็อกของยีน SPATS1 ในหนูถูกค้นพบจากการทดลองว่ามีสัญญาณระบุตำแหน่งนิวเคลียส แบบสองส่วนที่น่าจะเป็นไปได้ [ 12 ]นอกจากนี้ เครื่องมือทางชีวสารสนเทศยังระบุสัญญาณระบุตำแหน่งนิวเคลียสแบบสองส่วนที่มีความน่าจะเป็นสูงในโปรตีนของมนุษย์ที่กรดอะมิโน 174 - 191 [ 13 ]
การดัดแปลงหลังการแปล
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศชี้ให้เห็นว่ามีการดัดแปลงหลังการแปลหลายอย่าง การดัดแปลงที่น่าจะเป็นไปได้มากที่สุดเสนอตำแหน่งการดัดแปลง GPIที่กรดอะมิโน 280 ตำแหน่ง N-ไกลโคซิเลชันที่กรดอะมิโน 49 และ 229 และ ตำแหน่ง ฟอสโฟรีเลชันที่กรดอะมิโน 113 มีตำแหน่งฟอสโฟรีเลชันที่คาดการณ์ไว้ 85 ตำแหน่ง โดย 23 ตำแหน่งมีความน่าจะเป็น 80% ขึ้นไป[ 14 ] มี เพียงตำแหน่งที่กรดอะมิโน 113 เท่านั้นที่ได้รับการยืนยันจากการทดลอง[ 5 ]นอกจากนี้ยังมีความน่าจะเป็นสูงของโมทีฟ SASRP1 ที่ครอบคลุมกรดอะมิโน 51 - 288 [ 15 ]
ปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน
โปรตีนที่อาจมีปฏิสัมพันธ์กันแสดงอยู่ในตารางด้านล่าง โปรดทราบว่าโปรตีนเหล่านี้ยังไม่ได้รับการยืนยันทางทดลองว่ามีปฏิสัมพันธ์กับ SPATS1 แต่เป็นการประเมินศักยภาพในการมีปฏิสัมพันธ์โดยการศึกษาจากข้อมูลที่มีอยู่
ที่รูปแบบการเกิดขึ้นพร้อมกันและการขุดข้อความ[ 16 ]
| คำย่อ | ชื่อโปรตีน | การทำงาน | คะแนน |
|---|---|---|---|
| ZNF683 | โปรตีนซิงค์ฟิงเกอร์ 683 | อาจมีส่วนเกี่ยวข้องในการควบคุมการถอดรหัส | 0.633 |
| ทีเอ็มซี5 | ช่องทางทรานส์เมมเบรน เช่น 5 | ช่องไอออนที่เป็นไปได้ | 0.624 |
| จีทีเอสเอฟ1แอล | ปัจจัยเฉพาะของเซลล์สืบพันธุ์ 1 เช่น | ไม่ทราบ | 0.567 |
| ทีเอ็มเอ็ม225 | โปรตีนทรานส์เมมเบรน 225 | มีแนวโน้มสูงที่จะยับยั้งฟอสเฟต 1 (PP1) ในอสุจิ โดยการจับกับหน่วยย่อยเร่งปฏิกิริยา PPP1CC | 0.566 |
| สปาต้า3 | การสร้างสเปิร์มที่เกี่ยวข้อง 3 | ไม่ทราบ | 0.537 |
| เอฟเอเอ็ม71เอฟ1 | ครอบครัวที่มีความคล้ายคลึงกันของลำดับ สมาชิก 71 คน F1 | ไม่ทราบ | 0.535 |
| ซี9ออร์ฟ139 | การอ่านแบบเปิดของโครโมโซม 9 เฟรมที่ 139 | ไม่ทราบ | 0.477 |
| สปาคา4 | อะโครโซมของอสุจิที่เกี่ยวข้อง 4 | โปรตีนบนผิวสเปิร์มที่อาจจะเป็น เกี่ยวข้องกับเยื่อหุ้มพลาสมาของอสุจิและไข่ การยึดเกาะและการหลอมรวมระหว่างการปฏิสนธิ | 0.472 |
| เอสซีเอ็มแอล4 | หวีเพศบนโปรตีนคล้ายขากลาง 4 | โปรตีน PcG ที่ออกฤทธิ์โดยการสร้างกลุ่มโปรตีนหลายชนิด คอมเพล็กซ์ ซึ่งจำเป็นต้องบำรุงรักษา สภาวะการกดข่มการถอดรหัสของโฮมีโอติก ยีนตลอดช่วงการพัฒนา | 0.457 |
การแสดงออก
ระเบียบข้อบังคับ
พบว่าการแสดงออกของโปรตีนนี้ลดลงอย่างมากในวัยผู้ใหญ่ เมื่อเทียบกับระดับการแสดงออกที่วัดได้ในทารกในครรภ์[ 11 ]การศึกษาแสดงให้เห็นถึงความผันผวนบ้างในช่วงตั้งครรภ์ แต่โดยรวมแล้วยังคงอยู่ในระดับสูง นอกจากนี้ยังมีหลักฐานว่ามีระดับการแสดงออกสูงจนถึงวันที่ 28 หลังคลอด[ 17 ]
ที่ตั้ง
พบการแสดงออกของโปรตีนนี้ในเซลล์ไมออยด์รอบท่อเซลล์โกโนไซต์เซลล์สเปิร์มระยะแพคีทีน เซลล์สเปิร์มมาโตโกเนียเซลล์ไมออยด์และเซลล์เซอร์โทลี[ 11 ]
สมองของหนูแสดงให้เห็นการแสดงออกในบริเวณต่างๆ ของสมอง รวมถึงต่อมใต้สมอง คอร์เทกซ์ส่วนหน้า กลีบสมองส่วนหน้า สมองน้อย และกลีบสมองส่วนข้าง[ 18 ]พบระดับการแสดงออกสูงสุดในอัณฑะ รองลงมาคือหลอดลม แผนภูมิฮิสโตแกรมความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีน ซึ่งเปรียบเทียบความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีนที่ต้องการกับโปรตีนอื่นๆ แสดงให้เห็นว่า SPATS1 มีระดับการแสดงออกที่ต่ำกว่า[ 5 ]
การทำงาน
หน้าที่เฉพาะของ SPATS1 ยังอยู่ระหว่างการศึกษา งานวิจัยชี้ให้เห็นว่ามันอาจมีบทบาทในการเริ่มต้นของ คลื่น สเปิร์ม ครั้งแรก รวมถึงการแบ่งไมโอซิส ครั้งแรก ของ เพศชาย [ 11 ]งานวิจัยอีกชิ้นหนึ่งชี้ให้เห็นว่ามันทำหน้าที่เป็นตัวควบคุมเชิงลบในเส้นทางการส่งสัญญาณ Wnt แบบดั้งเดิม [ 12 ] การศึกษาจุลชีววิทยาหลายชิ้นได้ศึกษาผลกระทบของการกำจัดโปรตีนและเอนไซม์ต่างๆ และผลที่เกิดขึ้นต่อการแสดงออกของ SPATS1 ปัจจัยทางพันธุกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเมทิลเลชั่นของฮิ สโตน ก็ได้รับการพิจารณาเช่นกัน ผลกระทบของการกำจัดต่อฟีโนไทป์ก็ได้รับการศึกษาในหลายงานวิจัยเช่นกัน[ 5 ]
การอนุรักษ์
โปรตีน SPATS1 ได้รับการอนุรักษ์ไว้ในสปีชีส์ตั้งแต่ยุคแรกๆ เช่นOxytricha trifallaxไม่พบออร์โธล็อกของโปรตีนนี้ในอาร์เคียหรือแบคทีเรีย และยังไม่พบออร์โธล็อก ในนกด้วย [ 19 ]มีการอนุรักษ์ในระดับสูงระหว่างสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและออร์โธล็อกใกล้เคียงอื่นๆ ในบริเวณการเข้ารหัส มีการอนุรักษ์ระหว่างออร์โธล็อกที่อยู่ห่างไกลในบริเวณที่ไม่ใช่การเข้ารหัส รวมถึงโปรโมเตอร์ 5' UTR และ 3' UTR การอนุรักษ์เหล่านี้ยังคงอยู่ผ่านนิวคลีโอไทด์เดียวกันหรือนิวคลีโอไทด์ที่มีโครงสร้างทางเคมีคล้ายกัน[ 20 ]ด้านล่างนี้เป็นตารางของออร์โธล็อกพร้อมกับเปอร์เซ็นต์ความคล้ายคลึงและวันที่แยกสายพันธุ์[ 19 ] [ 21 ]
| ออร์โธล็อก | ความคล้ายคลึงของลำดับกับโฮโมเซเปียนส์ | ความเหมือนของลำดับดีเอ็นเอกับโฮโมเซเปียนส์ | วันที่แยกสายวิวัฒนาการ (MYA) |
|---|---|---|---|
| ปองโก อาเบลี | 95.70% | 95.00% | 15.2 |
| เฮเทอโรเซฟาลัส กลาเบอร์ | 58.30% | 52.00% | 88 |
| Pteropus alecto | 71.30% | 66.90% | 94 |
| บอส ทอรัส | 50.70% | 47.70% | 94 |
| บอส มิวตัส | 64.10% | 58.80% | 94 |
| Balaenoptera acutorostrata scammoni | 80.30% | 74.00% | 94 |
| ลอโซดอนตา แอฟริคานา | 67.20% | 61.00% | 102 |
| ซาร์โคฟิลัส แฮร์ริซี | 48.20% | 37.50% | 160 |
| ออร์นิโธรินคัส อานาตินัส | 49.20% | 39.90% | 169 |
| กาเวียลิส แกงเกติคัส | 45.40% | 36.70% | 320 |
| อโนลิส คาโรลิเนนซิส | 48.30% | 34.10% | 320 |
| เพโลดิสคัส ซิเนนซิส | 45.90% | 33.40% | 320 |
| นาโนรานา ปาร์เกรี | 43.10% | 30.30% | 353 |
| สตรองจิโลเซนโทรตัส เพอร์พูราตัส | 33.60% | 25.60% | 627 |
| เนมาโตสเตลลา เวคเทนซิส | 28.30% | 25.20% | 685 |
| แบรนชิโอสโตมา เบลเชรี | 36.50% | 29.20% | 699 |
| Crassostrea gigas | 35.00% | 27.00% | 758 |
| ล็อตเทีย ไจแกนเทีย | 32.70% | 26.20% | 758 |
| Oxytricha trifallax | 31.80% | 20.40% | 1781 |