แซคคาริแบคทีเรีย
Saccharibacteriaซึ่งเดิมรู้จักกันในชื่อTM7 [ 1 ] เป็นสายพันธุ์แบคทีเรียหลัก ค้นพบโดยการจัดลำดับ16S rRNA [ 2 ]
มีการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียสกุล Saccharibacteria เพียงไม่กี่ชนิด[ 3 ]แบคทีเรียเหล่านี้ทั้งหมดเป็นปรสิตที่ต้องอาศัยแบคทีเรียเจ้าบ้าน โดยมีขนาดเซลล์และจีโนมเล็ก สายพันธุ์แรกที่ถูกแยกได้คือTM7xซึ่งเป็นเอพิไบออนต์ของSchaalia odontolyticaสายพันธุ์ XH001 (เดิมชื่อActinomyces odontolyticus)และมีความสามารถในการฆ่าเจ้าบ้านได้[ 4 ]ลำดับจีโนมทั้งหมดเผยให้เห็นจีโนมที่ลดลงอย่างมาก (705kB) [ 5 ]และไม่มีความสามารถในการสังเคราะห์กรดอะมิโนเลย มีรายงานการเพาะเลี้ยง TM7 แบบปลอดเชื้อจากช่องปากในปี 2014 แต่ไม่มีลำดับหรือการเพาะเลี้ยงใดๆ ที่เผยแพร่[ 6 ]
พร้อมกับ Candidate Phylum TM6 [ 7 ]ได้รับการตั้งชื่อตามลำดับที่ได้รับในปี 1994 ในการศึกษาสิ่งแวดล้อมของตัวอย่างดินพรุในเยอรมนี ซึ่งชิ้นส่วน 16S rDNA ที่ขยายด้วย PCR จำนวน 262 ชิ้นถูกโคลนลงในเวก เตอร์ พลาสมิดตั้งชื่อว่าโคลน TM สำหรับTorf, Mittlere Schicht ( แปลตรงตัวว่าพรุ ชั้นกลาง) [ 8 ] พบได้ในสภาพแวดล้อมหลายแห่ง เช่น จากตะกอนเร่งปฏิกิริยา [ 9 ] [ 10 ] ตะกอน โรงบำบัดน้ำ เสีย [ 11 ] ดินป่าฝน[ 12 ]น้ำลายมนุษย์[ 13 ] [ 14 ]ที่เกี่ยวข้องกับฟองน้ำ[ 15 ]แมลงสาบ [ 16 ]เหมืองทอง[ 17 ]ตะกอนชั้นหินอุ้มน้ำที่เติมอะซิเตต[ 18 ] และสภาพแวดล้อมอื่น ๆ (ยกเว้นเทอร์โมฟิลิก ) ทำให้เป็นไฟลัมที่อุดมสมบูรณ์และแพร่หลาย
คุณสมบัติ
โพรบ FISHเฉพาะ TM7 ระบุสายพันธุ์จาก ตะกอน ไบโอรีแอคเตอร์เผยให้เห็นการมีอยู่ของ เยื่อ หุ้มเซลล์แกรมบวกและมอร์โฟไทป์ หลายแบบ ได้แก่ เส้นใยหุ้ม(มีจำนวนมาก) แท่งที่เกิดขึ้นเป็นโซ่สั้น เส้นใยหนา และโคคัสซึ่งแบบแรกอาจเป็นสาเหตุของ Eikelboom ประเภท 0041 (ปัญหาการบวมของตะกอนที่กระตุ้น) [ 11 ]ไฟลัมแบคทีเรีย ส่วนใหญ่เป็นไดเดอร์มแกรมลบ ในขณะที่มีเพียง Bacillota , ActinomycetotaและChloroflexotaเท่านั้นที่เป็นโมโนเดอร์ม[ 19 ]
แบคทีเรีย Saccharibacteria เป็นส่วนหนึ่งของจุลินทรีย์ในช่องปากของมนุษย์ [ 6 ] [ 20 ]แต่บทบาทของพวกมันต่อสุขภาพของมนุษย์ยังไม่ชัดเจน
ลักษณะเด่นของแบคทีเรีย Saccharibacteria ที่รู้จักกันคือความไม่สามารถสังเคราะห์กรดอะมิโน วิตามิน และโมเลกุลสำคัญอื่นๆ ได้[ 3 ]จึงเชื่อกันว่าพวกมันเป็นปรสิตหรือสิ่งมีชีวิตร่วมอาศัยที่ได้รับสารอาหารจากแบคทีเรียเจ้าบ้าน[ 21 ]มีการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียจำนวนเล็กน้อยได้สำเร็จโดยการนำไปใส่ในวัฒนธรรมของแบคทีเรียเจ้าบ้าน[ 20 ]
มีการระบุไฟโลไทป์ที่แตกต่างกันมากกว่า 50 ชนิด [ 19 ]และมีความแตกต่างของลำดับ 16S rDNA ภายในกลุ่มที่ค่อนข้างน้อยที่ 17% ซึ่งมีช่วงตั้งแต่ 13 ถึง 33% [ 11 ] [ต้องการการอัปเดต] แผนภูมิวิวัฒนาการแบบโต้ตอบของ TM7 [ 22 ]ที่สร้างขึ้นโดยใช้jsPhyloSVG [ 23 ]ช่วยให้เข้าถึง ลำดับ GenBank และการ คำนวณเมทริกซ์ระยะทางระหว่างกิ่งของแผนภูมิ ได้อย่างรวดเร็ว
การศึกษา การตรวจสอบไอโซโทปเสถียรพบว่าสมาชิกบางส่วนของไฟลัมนี้สามารถย่อยสลายโทลูอีนได้[ 24 ] [ 25 ]
อนุกรมวิธาน
| โปรตีนเครื่องหมาย 120 ตัวตามGTDB 10-RS226 [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
| แร็ปเป้ แอนด์ จิโอวานโนนี 2546 [ 19 ] | ||||||||||||||||||||||||||||||
|
| Dinis et al. 2011 [ 22 ] | |||||||||||||||||||||||||||
|

อนุกรมวิธานที่ยอมรับในปัจจุบันนั้นอิงตามรายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LPSN) [ 35 ]และศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) [ 1 ]
- คลาส " Saccharimonadia " แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ["Nanoperiodontomorbia" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccia" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ]
- อันดับ " Saccharimonadales " McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanoperiodontomorbales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanosynbacterales" McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccales" McLean et al. 2020 ]
- ?" Ca. Nanosynsaccharibacterium " corrig. McLean et al. 2020
- " Ca. N. primum" คอร์ริก. แมคลีน และคณะ 2020 ม. คอสโตฟกี้, โอเรน และโกเกอร์ 2025 (G1_3_12ปอนด์)
- ?" Ca. Southlakia " Wang et al. 2023
- " Ca. S. epibionticum" วัง และคณะ 2023
- ครอบครัว AMD01
- " Ca. Chaera " คอร์ริก. เลมอส และคณะ 2019
- " ซี.ซี.เรไน" คอร์ริก เลมอส และคณะ 2019
- " Ca. Chaera " คอร์ริก. เลมอส และคณะ 2019
- วงศ์ " Nanoperiodontomorbaceae " แก้ไขโดย McLean และคณะ 2020
- " Ca. Nanoperiodontomorbus " corrig. McLean et al. 2020
- " Ca. N. periodonticus" แก้ไขโดย McLean et al. 2020
- " Ca. Nanoperiodontomorbus " corrig. McLean et al. 2020
- วงศ์ " Nanogingivalaceae " McLean และคณะ 2020
- " Ca. Nanogingivalis " McLean et al. 2020
- " Ca. N. gingivitcus" McLean et al. 2020
- " Ca. Nanogingivalis " McLean et al. 2020
- วงศ์ " Nanosyncoccaceae " McLean et al. 2020
- " Ca. Nanosyncoccus " McLean et al. 2020
- ?" Ca. N. oralis" กิลรอย และคณะ. 2023
- " Ca. N. alces" McLean และคณะ 2020
- " Ca. N. nanoralicus" McLean และคณะ 2020
- " Ca. Nanosyncoccus " McLean et al. 2020
- ครอบครัว UBA1547
- " Ca. Microsaccharimonas " คอร์ริก เลมอส และคณะ 2019 ["Candidatus Saccharibacter" Lemos และคณะ 2019 ไม่ใช่ Jojima และคณะ 2004 ] (เอเอ็มดี02)
- " Ca. M. sossegonensis" คอร์ริก. เลมอส และคณะ 2019
- " Ca. Microsaccharimonas " คอร์ริก เลมอส และคณะ 2019 ["Candidatus Saccharibacter" Lemos และคณะ 2019 ไม่ใช่ Jojima และคณะ 2004 ] (เอเอ็มดี02)
- ครอบครัว UBA10027
- " Ca. Mycolatisynbacter " corrig. Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
- " Ca. M. gordoniilyticus" คอร์ริก บาติโนวิช และคณะ 2021 [" Ca. Mycosynbacter amalyticus" Batinovic และคณะ 2564 ]
- " Ca. Mycolatisynbacter " corrig. Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
- วงศ์ " Saccharimonadaceae " McLean et al. 2020
- " Ca. Saccharimonas " Albertsen และคณะ 2013
- " Ca. S. aalborgensis" Albertsen และคณะ 2013
- " Ca. Saccharimonas " Albertsen และคณะ 2013
- วงศ์ " Nanosynbacteraceae " McLean และคณะ 2020
- " แคลิฟอร์เนียนาโนซินแบคเตอร์ " แมคลีน และคณะ 2020 [" Ca. Minimicrobia " อิบราฮิม และคณะ 2021 ] (TM7x)
- ?" Ca. Minimicrobia naudis" อิบราฮิม และคณะ 2021 [GCA_018866225.1]
- ?” Ca. N. colneyensis” กิลรอย และคณะ 2023
- ?" Ca. N. gullae" Gilroy et al. 2023
- ?" Ca. N. norwichensis" Gilroy et al. 2023
- ?" Ca. N. quadrami" Gilroy et al. 2023
- " Ca. N. featherlites" McLean et al. 2020
- " Ca. N. lyticus" McLean et al. 2020
- " Ca. Minimicrobia vallesae" อิบราฮิม และคณะ 2021
- " แคลิฟอร์เนียนาโนซินแบคเตอร์ " แมคลีน และคณะ 2020 [" Ca. Minimicrobia " อิบราฮิม และคณะ 2021 ] (TM7x)
- ?" Ca. Nanosynsaccharibacterium " corrig. McLean et al. 2020
- อันดับ " Saccharimonadales " McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanoperiodontomorbales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanosynbacterales" McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccales" McLean et al. 2020 ]
ลิงก์ภายนอก
- พบแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากในน้ำบาดาล สุนัข แมว และตัวคุณเอง ; จาก: SciTechDaily; 21 กรกฎาคม 2020; ที่มา: สถาบันฟอร์ไซธ์
- Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Kristopher A. Kerns, Kelly Wrighton, Wenyuan Shi, Xuesong He และ คณะ : การได้รับและการปรับตัวของแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากที่มีจีโนมลดลงต่อโฮสต์สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ; ใน: CellRep 32, 107939; 21 กรกฎาคม 2020; doi:10.1016/j.celrep.2020.107939
- Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Thao T. To, Quanhui Liu, Kristopher A. Kerns, Lindsey Solden, Kelly Wrighton, Xuesong He, Wenyuan Shi: หลักฐานการได้รับและการปรับตัวอย่างอิสระของแบคทีเรียขนาดเล็กมากต่อโฮสต์มนุษย์ในจีโนมที่มีความหลากหลายสูงแต่ลดขนาดลงของไฟลัม Saccharibacteria ; บน: bioRxiv; 2 กุมภาพันธ์ 2018; doi:10.1101/258137 (ฉบับก่อนตีพิมพ์)