กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 9 นาที

ไม่มีชื่อบทความ

Scale bars are 5 μm. "},"classification_status":{"wt":"''[[Candidatus]]''"},"domain":{"wt":"[[Bacteria]]"},"unranked_phylum":{"wt":"[[CPR...

แซคคาริแบคทีเรีย

Saccharibacteriaซึ่งเดิมรู้จักกันในชื่อTM7 [ 1 ] เป็นสายพันธุ์แบคทีเรียหลัก ค้นพบโดยการจัดลำดับ16S rRNA [ 2 ]

มีการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียสกุล Saccharibacteria เพียงไม่กี่ชนิด[ 3 ]แบคทีเรียเหล่านี้ทั้งหมดเป็นปรสิตที่ต้องอาศัยแบคทีเรียเจ้าบ้าน โดยมีขนาดเซลล์และจีโนมเล็ก สายพันธุ์แรกที่ถูกแยกได้คือTM7xซึ่งเป็นเอพิไบออนต์ของSchaalia odontolyticaสายพันธุ์ XH001 (เดิมชื่อActinomyces odontolyticus)และมีความสามารถในการฆ่าเจ้าบ้านได้[ 4 ]ลำดับจีโนมทั้งหมดเผยให้เห็นจีโนมที่ลดลงอย่างมาก (705kB) [ 5 ]และไม่มีความสามารถในการสังเคราะห์กรดอะมิโนเลย มีรายงานการเพาะเลี้ยง TM7 แบบปลอดเชื้อจากช่องปากในปี 2014 แต่ไม่มีลำดับหรือการเพาะเลี้ยงใดๆ ที่เผยแพร่[ 6 ]

พร้อมกับ Candidate Phylum TM6 [ 7 ]ได้รับการตั้งชื่อตามลำดับที่ได้รับในปี 1994 ในการศึกษาสิ่งแวดล้อมของตัวอย่างดินพรุในเยอรมนี ซึ่งชิ้นส่วน 16S rDNA ที่ขยายด้วย PCR จำนวน 262 ชิ้นถูกโคลนลงในเวก เตอร์ พลาสมิดตั้งชื่อว่าโคลน TM สำหรับTorf, Mittlere Schicht ( แปลตรงตัวว่าพรุ ชั้นกลาง) [ 8 ] พบได้ในสภาพแวดล้อมหลายแห่ง เช่น จากตะกอนเร่งปฏิกิริยา [ 9 ] [ 10 ] ตะกอน โรงบำบัดน้ำ เสีย [ 11 ] ดินป่าฝน[ 12 ]น้ำลายมนุษย์[ 13 ] [ 14 ]ที่เกี่ยวข้องกับฟองน้ำ[ 15 ]แมลงสาบ [ 16 ]เหมืองทอง[ 17 ]ตะกอนชั้นหินอุ้มน้ำที่เติมอะซิเตต[ 18 ] และสภาพแวดล้อมอื่น (ยกเว้นเทอร์โมฟิลิก ) ทำให้เป็นไฟลัมที่อุดมสมบูรณ์และแพร่หลาย

คุณสมบัติ

โพรบ FISHเฉพาะ TM7 ระบุสายพันธุ์จาก ตะกอน ไบโอรีแอคเตอร์เผยให้เห็นการมีอยู่ของ เยื่อ หุ้มเซลล์แกรมบวกและมอร์โฟไทป์ หลายแบบ ได้แก่ เส้นใยหุ้ม(มีจำนวนมาก) แท่งที่เกิดขึ้นเป็นโซ่สั้น เส้นใยหนา และโคคัสซึ่งแบบแรกอาจเป็นสาเหตุของ Eikelboom ประเภท 0041 (ปัญหาการบวมของตะกอนที่กระตุ้น) [ 11 ]ไฟลัมแบคทีเรีย ส่วนใหญ่เป็นไดเดอร์มแกรมลบ ในขณะที่มีเพียง Bacillota , ActinomycetotaและChloroflexotaเท่านั้นที่เป็นโมโนเดอร์[ 19 ]

แบคทีเรีย Saccharibacteria เป็นส่วนหนึ่งของจุลินทรีย์ในช่องปากของมนุษย์ [ 6 ] [ 20 ]แต่บทบาทของพวกมันต่อสุขภาพของมนุษย์ยังไม่ชัดเจน

ลักษณะเด่นของแบคทีเรีย Saccharibacteria ที่รู้จักกันคือความไม่สามารถสังเคราะห์กรดอะมิโน วิตามิน และโมเลกุลสำคัญอื่นๆ ได้[ 3 ]จึงเชื่อกันว่าพวกมันเป็นปรสิตหรือสิ่งมีชีวิตร่วมอาศัยที่ได้รับสารอาหารจากแบคทีเรียเจ้าบ้าน[ 21 ]มีการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียจำนวนเล็กน้อยได้สำเร็จโดยการนำไปใส่ในวัฒนธรรมของแบคทีเรียเจ้าบ้าน[ 20 ]

มีการระบุไฟโลไทป์ที่แตกต่างกันมากกว่า 50 ชนิด [ 19 ]และมีความแตกต่างของลำดับ 16S rDNA ภายในกลุ่มที่ค่อนข้างน้อยที่ 17% ซึ่งมีช่วงตั้งแต่ 13 ถึง 33% [ 11 ] [ต้องการการอัปเดต] แผนภูมิวิวัฒนาการแบบโต้ตอบของ TM7 [ 22 ]ที่สร้างขึ้นโดยใช้jsPhyloSVG [ 23 ]ช่วยให้เข้าถึง ลำดับ GenBank และการ คำนวณเมทริกซ์ระยะทางระหว่างกิ่งของแผนภูมิ ได้อย่างรวดเร็ว

การศึกษา การตรวจสอบไอโซโทปเสถียรพบว่าสมาชิกบางส่วนของไฟลัมนี้สามารถย่อยสลายโทลูอีนได้[ 24 ] [ 25 ]

อนุกรมวิธาน

โปรตีนเครื่องหมาย 120 ตัวตามGTDB 10-RS226 [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ]
แซคคาริโมนาเดลส์

" Ca. Chaera "

" Ca. Nanoperiodontomorbus "

" แคลเซียมไมโครแซคคาริโมนาส "

" แบคทีเรีย Ca. Mycolatisynbacter "

" Ca. Saccharimonas "

" แบคทีเรีย Ca. Nanosynbacter "

แร็ปเป้ แอนด์ จิโอวานโนนี 2546 [ 19 ]
Dinis et al. 2011 [ 22 ]
แซคคาริแบคทีเรีย

แซคคาริแบคทีเรีย I

แซคคาริแบคทีเรีย II

แซคคาริแบคทีเรีย IV

กลุ่ม TM7a

แซคคาริแบคทีเรีย III

TM7 Candidate Division neighbor-joining phylogenetic tree [ 22 ]

อนุกรมวิธานที่ยอมรับในปัจจุบันนั้นอิงตามรายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LPSN) [ 35 ]และศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) [ 1 ]

  • คลาส " Saccharimonadia " แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ["Nanoperiodontomorbia" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccia" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ]
    • อันดับ " Saccharimonadales " McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanoperiodontomorbales" แก้ไขโดย McLean et al. 2020 ; "Nanosynbacterales" McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccales" McLean et al. 2020 ]
      • ?" Ca. Nanosynsaccharibacterium " corrig. McLean et al. 2020
        • " Ca. N. primum" คอร์ริก. แมคลีน และคณะ 2020 ม. คอสโตฟกี้, โอเรน และโกเกอร์ 2025 (G1_3_12ปอนด์)
      • ?" Ca. Southlakia " Wang et al. 2023
        • " Ca. S. epibionticum" วัง และคณะ 2023
      • ครอบครัว AMD01
        • " Ca. Chaera " คอร์ริก. เลมอส และคณะ 2019
          • " ซี.ซี.เรไน" คอร์ริก เลมอส และคณะ 2019
      • วงศ์ " Nanoperiodontomorbaceae " แก้ไขโดย McLean และคณะ 2020
        • " Ca. Nanoperiodontomorbus " corrig. McLean et al. 2020
          • " Ca. N. periodonticus" แก้ไขโดย McLean et al. 2020
      • วงศ์ " Nanogingivalaceae " McLean และคณะ 2020
        • " Ca. Nanogingivalis " McLean et al. 2020
          • " Ca. N. gingivitcus" McLean et al. 2020
      • วงศ์ " Nanosyncoccaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanosyncoccus " McLean et al. 2020
          • ?" Ca. N. oralis" กิลรอย และคณะ. 2023
          • " Ca. N. alces" McLean และคณะ 2020
          • " Ca. N. nanoralicus" McLean และคณะ 2020
      • ครอบครัว UBA1547
        • " Ca. Microsaccharimonas " คอร์ริก เลมอส และคณะ 2019 ["Candidatus Saccharibacter" Lemos และคณะ 2019 ไม่ใช่ Jojima และคณะ 2004 ] (เอเอ็มดี02)
          • " Ca. M. sossegonensis" คอร์ริก. เลมอส และคณะ 2019
      • ครอบครัว UBA10027
        • " Ca. Mycolatisynbacter " corrig. Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
          • " Ca. M. gordoniilyticus" คอร์ริก บาติโนวิช และคณะ 2021 [" Ca. Mycosynbacter amalyticus" Batinovic และคณะ 2564 ]
      • วงศ์ " Saccharimonadaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Saccharimonas " Albertsen และคณะ 2013
          • " Ca. S. aalborgensis" Albertsen และคณะ 2013
      • วงศ์ " Nanosynbacteraceae " McLean และคณะ 2020
        • " แคลิฟอร์เนียนาโนซินแบคเตอร์ " แมคลีน และคณะ 2020 [" Ca. Minimicrobia " อิบราฮิม และคณะ 2021 ] (TM7x)
          • ?" Ca. Minimicrobia naudis" อิบราฮิม และคณะ 2021 [GCA_018866225.1]
          • ?” Ca. N. colneyensis” กิลรอย และคณะ 2023
          • ?" Ca. N. gullae" Gilroy et al. 2023
          • ?" Ca. N. norwichensis" Gilroy et al. 2023
          • ?" Ca. N. quadrami" Gilroy et al. 2023
          • " Ca. N. featherlites" McLean et al. 2020
          • " Ca. N. lyticus" McLean et al. 2020
          • " Ca. Minimicrobia vallesae" อิบราฮิม และคณะ 2021
  • พบแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากในน้ำบาดาล สุนัข แมว และตัวคุณเอง ; จาก: SciTechDaily; 21 กรกฎาคม 2020; ที่มา: สถาบันฟอร์ไซธ์
  • Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Kristopher A. Kerns, Kelly Wrighton, Wenyuan Shi, Xuesong He และ คณะ : การได้รับและการปรับตัวของแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากที่มีจีโนมลดลงต่อโฮสต์สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ; ใน: CellRep 32, 107939; 21 กรกฎาคม 2020; doi:10.1016/j.celrep.2020.107939
  • Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Thao T. To, Quanhui Liu, Kristopher A. Kerns, Lindsey Solden, Kelly Wrighton, Xuesong He, Wenyuan Shi: หลักฐานการได้รับและการปรับตัวอย่างอิสระของแบคทีเรียขนาดเล็กมากต่อโฮสต์มนุษย์ในจีโนมที่มีความหลากหลายสูงแต่ลดขนาดลงของไฟลัม Saccharibacteria ; บน: bioRxiv; 2 กุมภาพันธ์ 2018; doi:10.1101/258137 (ฉบับก่อนตีพิมพ์)

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ไม่มีชื่อบทความ

Scale bars are 5 μm. "},"classification_status":{"wt":"''[[Candidatus]]''"},"domain":{"wt":"[[Bacteria]]"},"unranked_phylum":{"wt":"[[CPR...

คุณสมบัติ

โพรบ FISH เฉพาะ TM7 ระบุสายพันธุ์จาก ตะกอน ไบโอรีแอคเตอร์ เผยให้เห็นการมีอยู่ของ เยื่อ หุ้ม เซลล์แกรมบวกและ มอร์โฟไทป์ หลายแบบ ได้แก่ เส้นใย หุ้ม(มีจำนวนมาก) แท่ง ที่เกิดขึ้นเป็นโซ่สั้น เส้นใยหนา และ โคคัส ซึ่งแบบแรกอาจเป็นสาเหตุของ Eikelboom ประเภท 0041...

ลิงก์ภายนอก

พบแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากในน้ำบาดาล สุนัข แมว และตัวคุณเอง ; จาก: SciTechDaily; 21 กรกฎาคม 2020; ที่มา: สถาบันฟอร์ไซธ์ Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Kristopher A.