พื้นที่ชุ่มน้ำเค็มมีความสำคัญในการอนุรักษ์แหล่งเพาะพันธุ์และอนุบาลของหอย ปลา และแมลง

การตายของพืชในพื้นที่ชุ่มน้ำเค็มส่งผลให้พืชเฉพาะถิ่นในพื้นที่ชุ่มน้ำตายลงและทำให้ภูมิทัศน์พังทลาย สาเหตุหนึ่งของการเกิดน้ำขังคือการหายใจแบบใช้ออกซิเจนของรากของS. alterniflora ลดลง โดยส่วนใหญ่เกิดขึ้นในพื้นที่ตอนในของประเทศ แม้ว่าพืชริมลำธารจะมีการหายใจแบบไม่ใช้ออกซิเจนบางส่วนก็ตาม

การหายใจแบบใช้ออกซิเจนจะใช้โมเลกุลน้ำตาลและออกซิเจนในการสร้างคาร์บอนไดออกไซด์น้ำ และพลังงาน

เมื่อการหายใจแบบใช้ออกซิเจนลดลง พืชจะขาดออกซิเจน เนื่องจากรากไม่สามารถผลิตออกซิเจนได้เพียงพอในสภาพดินที่ลดลง การดูดซับออกซิเจนที่ลดลงยังอาจทำให้ผลผลิตของพืชลดลงด้วย^{[ 7 ]}

เพื่อให้ได้พลังงาน พืชเหล่านี้จึงผ่านกระบวนการหมัก แอลกอฮอล์ (Mendelssohn et al. 1981) กระบวนการหมักนี้มีผลิตภัณฑ์สุดท้ายเป็นคาร์บอนในรูปของเอทานอล ซึ่งแพร่กระจายจากราก ดังนั้น พืชจึงไม่สามารถใช้คาร์บอนที่แพร่กระจายได้ ทำให้พลังงานที่พืชสามารถใช้ได้ลดลง^{[ 5 ]}

ผลอีกประการหนึ่งของภาวะน้ำท่วมขังคือการเพิ่มขึ้นของซัลไฟด์ในดิน การเพิ่มขึ้นของซัลไฟด์เกิดจาก แบคทีเรีย แบบไม่ใช้ออกซิเจนและแบบใช้ออกซิเจน ซึ่งส่วนใหญ่พบในดินที่ลดลง^{[ 6 ]}

พบว่าซัลไฟด์ที่เพิ่มขึ้นจะยับยั้งการดูดซึม NH -N ( ไนโตรเจนแอมโมเนียซึ่งเป็นเกลือแอมโมเนียม) ภายในพืช^{[ 5 ]} NH -N เป็นไนโตรเจน ในรูปแบบที่พร้อมใช้งานมากที่สุด ในดิน และเป็นสารอาหารที่จำกัดผลผลิต ของ S. alterniflora

ความเข้มข้นของ NH -N ของพืชลดลง ทำให้มีโมเลกุลส่วนเกินอยู่ในดิน นอกจากนี้ ดินที่ลดลงยังอาจทำให้การไนตริฟิเคชันของพืชลดลง ส่งผลให้การดูดซึม NH -N ลดลงมากขึ้น ^{[ 1 ]}

นักวิทยาศาสตร์บางกลุ่มได้ค้นพบวิธีแก้ปัญหาดังกล่าวแล้ว เมนเดลส์โซห์นและคูห์นได้ทำการทดลองกับพืชและดินในพื้นที่ชุ่มน้ำเค็มแห่งหนึ่งในรัฐหลุยเซียนาในปี 2546 พวกเขาพบว่าเมื่อปริมาณตะกอนเพิ่มขึ้นในพื้นที่ชุ่มน้ำเค็มที่เสื่อมโทรม พืชและดินจะมีสภาพที่ดีขึ้น

การทดลองแสดงให้เห็นว่าพืชที่มีระดับตะกอนมากขึ้นจะมีพืชปกคลุมมากขึ้น มีพืชสูงขึ้น และมีความหนาแน่น รวมมากขึ้น ระดับความสูงของพื้นผิวเพิ่มขึ้นตามการเพิ่มขึ้นของตะกอน จึงช่วยลดน้ำท่วม รากสามารถหายใจแบบใช้ออกซิเจนได้ จึงไม่จำเป็นต้องพึ่งพาการหมักเพื่อสร้างพลังงาน พืชที่มีตะกอนมากขึ้นยังแสดงให้เห็นถึงการลดลงของความเข้มข้นของซัลไฟด์และ NH4 N ในดิน เมนเดลโซห์นตั้งสมมติฐานว่าเนื่องจากความเข้มข้นของ NH4 N ลดลงหลังจากเพิ่มตะกอน พืชจึงใช้ไนโตรเจนได้มากขึ้น^{[ 6 ]}