วากเนอร์ทำประตูแรกให้กับบาเยิร์น มิวนิคในเกมที่ชนะวีเอฟบี สตุทการ์ท 2-0 ในศึกDFL-Ligapokal ปี 2007ซึ่งเป็นทัวร์นาเมนต์ปรีซีซั่นที่มี 6 ทีมเข้าร่วม ประกอบด้วยทีม 4 อันดับแรก จาก บุนเดสลีกา ทีมชนะเลิศถ้วยเยอรมัน และทีมอันดับหนึ่งจาก 2 บุนเดสลีกาวากเนอร์ลงเล่นเป็นตัวจริงแทนมิโรสลาฟ โคลเซ่ ที่ป่วย เขาแอสซิสต์ ให้ ฟรองค์ ริเบรี ทำ ประตูแรกของเกมและทำประตูเองในนาทีที่ 66 เขายังลงเล่นให้กับทีมสำรองในฤดูกาล2005–06 [ ^{7 ]} 2006–07 [ ^{8 ]}และ2007–08 ^{อีกด้วย[ 9 ]}

เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2551 วากเนอร์ย้ายไปอยู่กับเอ็มเอสวี ดุยส์บวร์กก่อนจะเซ็นสัญญากับแวร์เดอร์ เบรเมนเมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2553 ^{[ 10 ]}ในฤดูกาล พ.ศ. 2551–2552วากเนอร์ทำประตูได้ 9 ประตูจาก 32 นัด^{[ 11 ]}ในฤดูกาล พ.ศ. 2552–2553วากเนอร์ทำประตูได้ 5 ประตูจาก 7 นัด^{[ 12 ]}

เมื่อวันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2555 วากเนอร์ถูกยืมตัวไปที่ไคเซอร์สเลาเทิร์น^{[ 13 ]}

จากนั้นเขาเล่นให้กับแฮร์ธา บีเอสซีและ แฮร์ธา บี ^เอสซี ไอไอตั้งแต่ปี 2012 ถึง 2015 ^{[ 12 ]}เขาทำประตูได้ 6 ประตูจาก 32 นัดให้กับแฮร์ธา และ 1 ประตูจาก 1 นัดให้กับทีมสำรอง ในฤดูกาล 2012–13 [ ^{14 ]}เขาทำประตูได้ 2 ประตูจาก 25 นัดให้กับแฮร์ธาในฤดูกาล2013–14 ^{[ 15 ]}เขายังลงเล่น 1 นัดให้กับทีมสำรองโดยไม่ทำประตู^{[ 15 ]}ในฤดูกาลสุดท้าย ของเขา กับแฮร์ธา เขาลงเล่น 16 นัดให้กับทีมชุดใหญ่และ 1 นัดให้กับทีมสำรองโดยไม่ทำประตูให้กับทั้งสองทีม^{[ 16 ]}

เมื่อวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2558 วากเนอร์เซ็นสัญญากับ ดาร์มสตัด ท์98 ^{[ 17 ]}ในฤดูกาล 2015–16วากเนอร์ทำประตูได้ 15 ประตูจากการลงเล่น 34 นัด^{[ 18 ]}

เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน 2016 วากเนอร์ได้เข้าร่วมทีมฮอฟเฟนไฮม์ สโมสรร่วมบุน เดสลีกาโดยเซ็นสัญญาจนถึงเดือนมิถุนายน 2019 ^{[ 19 ] [ 20 ]}เขาได้รับการเปิดตัวในวันเดียวกัน และได้รับหมายเลขเสื้อ 14 โดยกล่าวว่า “ฮอฟเฟนไฮม์เป็นสโมสรที่ยอดเยี่ยม และความทะเยอทะยานของพวกเขาสร้างความประทับใจให้ผมตั้งแต่แรกเห็น” ^{[ 19 ]}

เขาประเดิมการแข่งขันอย่างเป็นทางการกับทีมเมื่อวันที่ 28 สิงหาคม 2559 ในการ แข่งขัน บุนเดสลีกา นัดเปิดฤดูกาล กับทีมหน้าใหม่RB Leipzigซึ่งจบลงด้วยผลเสมอ 2-2 ในบ้าน^{[ 21 ]}เขาเปิดบัญชีการทำประตูของเขาในการแข่งขันนัดที่สองกับMainz 05โดยทำประตูแรกให้กับทีมของเขา ทำให้ Hoffenheim พลิกสถานการณ์จากที่ตามหลัง 3 ประตูมาเสมอ 4-4 นอกบ้าน^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2017 นิ้วของเขาหลุดจากการปะทะกับเวดาด อิบิเซวิชกัปตันทีม แฮ ร์ธาอย่างไรก็ตาม เขายังคงเล่นต่อไปจนจบการแข่งขัน และยังแอสซิสต์ให้แอนเดรย์ ครามาริชทำประตูที่สามในเกมที่ชนะนอกบ้าน 1-3 อีก ด้วย ^{[ 23 ]}วากเนอร์จบฤดูกาลแรกกับฮอฟเฟนไฮม์ด้วยการทำประตูในลีกได้ 11 ประตูจากการลงเล่น 31 นัด^{[ 24 ]}โดยลงเล่นเป็นตัวจริง 30 นัด และยังลงเล่นในถ้วยอีก 2 นัดและทำได้ 1 ประตู^{[ 24 ]}ซึ่งมีความสำคัญต่อ ทีมของ จูเลียน นาเกลส์มันน์ ที่จบฤดูกาลในลีกโดยไม่แพ้ใครในบ้าน และได้สิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟแชมเปี้ยนส์ลีกในฤดูกาลถัดไป^{[ 25 ]}

เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม 2017 วากเนอร์ตกลงต่อสัญญาเพิ่มอีกหนึ่งปีจากสัญญาปัจจุบันของเขา^{[ 26 ]}ในช่วงฤดูกาล 2017–18ก่อนที่จะย้ายไปบาเยิร์น วากเนอร์ทำประตูได้ 6 ประตูจาก 17 นัด^{[ 12 ]}

เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2017 มีการประกาศว่าวากเนอร์จะย้ายไปบาเยิร์นมิวนิกในวันที่ 1 มกราคม 2018 ^{[ 27 ]}เขาเซ็นสัญญาจนถึงปี 2020 ^{[ 27 ]}

การแข่งขันนัดแรกของวากเนอร์นับตั้งแต่เขากลับมาคือการลงสนามในฐานะตัวสำรองในเกมกับไบเออร์ เลเวอร์คูเซนเมื่อวันที่ 12 มกราคม 2018 ^{[ 28 ]}เขาเปิดบัญชีการทำประตูของเขาในวันที่ 27 มกราคม โดยยิงประตูสุดท้ายในเกมที่ชนะ 1899 ฮอฟเฟนไฮม์ ทีมเก่าของเขา 5-2 ในบ้าน^{[ 29 ]}เขาลงเล่นนัดแรกในฐานะตัวจริงในสัปดาห์ถัดมาในเกมเยือนที่ชนะไมนซ์ 2-0 ^{[ 30 ]}วากเนอร์ทำประตูที่สองในยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ซึ่งเป็นประตูแรกในสีเสื้อของบาเยิร์น ในวันที่ 14 มีนาคม ในเลกที่สองของรอบ 16 ทีม สุดท้าย กับเบซิคตัสโดยบาเยิร์นชนะ 3-1 ที่โวดาโฟนพาร์คและผ่านเข้ารอบด้วยสกอร์รวม 8-1 ^{[ 31 ]}

วากเนอร์เริ่มต้นฤดูกาล 2018–19ด้วยการลงเล่นเป็นตัวสำรองในเกมที่ชนะ 5–0 ในศึกDFL-Supercup ปี 2018 [ ^{32 ] ใน}ฤดูกาล 2018–19 กับบาเยิร์น เขาทำประตูได้ 1 ประตูจากการลงเล่น 12 นัดในทุกรายการแข่งขัน^{[ 12 ]}

แม้ว่าสัญญาของเขากับบาเยิร์นจะหมดอายุในปี 2020 แต่เขาขอให้ยกเลิกสัญญาเนื่องจากความไม่พอใจที่เพิ่มขึ้นเกี่ยวกับเวลาการลงเล่นในสนามของเขา เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2019 วากเนอร์ย้ายไปร่วมทีมเทียนจิน เทดา สโมสรในลีก ซูเปอร์ลีกจีนด้วยค่าตัว 5 ล้านยูโร^{[ 33 ]}ฮาซาน ซาลิฮามิดซิชผู้อำนวยการกีฬาของบาเยิร์นกล่าวว่าเขา "ได้รับข้อเสนอที่น่าสนใจมากจากจีน และเราได้ตอบสนองคำขอของเขา" และเขาขอบคุณวากเนอร์ที่ "ใช้เวลาอยู่กับบาเยิร์น" และอวยพรให้เขา "โชคดีและประสบความสำเร็จอย่างมากในอนาคตของเขาในจีน" ^{[ 34 ]}ในฤดูกาลแรก ของเขา เขาทำประตูได้ 12 ประตูจากการลงเล่น 26 นัด^{[ 35 ]}เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม 2020 วากเนอร์ยกเลิกสัญญากับเทียนจิน เทดา^{[ 36 ]}

วากเนอร์ประกาศการเกษียณอายุเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2563 ^{[ 37 ]}โดยรวมแล้วเขาทำประตูได้มากกว่า 60 ประตูในสองลีกสูงสุดของฟุตบอลอาชีพเยอรมัน^{[ 38 ]}

วากเนอร์ลงเล่นให้ทีมชาติเยอรมนีชุดอายุไม่เกิน 21 ปี 8 นัด ยิงได้ 4 ประตู รวมทั้ง 2 ประตูในรอบชิงชนะเลิศของการแข่งขันฟุตบอลชิงแชมป์ยุโรปอายุไม่เกิน 21 ปี 2009ที่สวีเดน ซึ่งเยอรมนีเอาชนะอังกฤษ 4-0 ^{[ 39 ]}

ในเดือนมิถุนายน 2017 วากเนอร์ได้รับการเรียกตัวติดทีมชาติชุดใหญ่ เป็นครั้งแรก สำหรับการแข่งขันกระชับมิตรกับเดนมาร์กและการแข่งขันรอบคัดเลือกฟุตบอลโลกกับซานมาริโน [ ^{40 ] เขา}ประเดิมการแข่งขันอย่างเป็นทางการครั้งแรกเมื่อวันที่ 6 มิถุนายน ในเกมที่เสมอกับเดนมาร์ก 1-1 โดยลงเล่นมากกว่า 60 นาที^{[ 41 ]}สี่วันต่อมา เขาทำแฮตทริกได้ในเกมที่เยอรมนีถล่มซานมาริโน 7-0 ^{[ 42 ]}ผลงานของเขาได้รับการยกย่องจากผู้จัดการทีมชาติโยอาคิม เลิฟ^{[ 43 ]}

วากเนอร์ยังเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่คว้าแชมป์ฟีฟ่าคอนเฟเดอเรชันส์คัพ 2017 อีกด้วย ^{[ 44 ]}การลงสนามครั้งแรกและครั้งเดียวของเขาเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 19 มิถุนายน ในนัดเปิดสนามกลุ่ม Bกับออสเตรเลียโดยพลาดโอกาสทำประตูหลายครั้ง ขณะที่เยอรมนีชนะ 3–2 ^{[ 45 ]}หลังจากนั้น เขาถูกดรอปเป็นตัวสำรองให้กับติโม แวร์เนอร์และลาร์ส สตินด์ลขณะที่เยอรมนีเอาชนะชิลี 1–0 ในรอบชิง ชนะเลิศ ^{[ 46 ]}วากเนอร์ปิดท้ายปี 2017 ด้วยการทำประตูใส่ไอร์แลนด์เหนือ^{[ 47 ]}และอาเซอร์ไบจาน^{[ 48 ]}

เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2018 หลังจากถูกตัดออกจากทีมชาติเยอรมนีชุดฟุตบอลโลก วากเนอร์ได้ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลระดับนานาชาติ^{[ 49 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2564 วากเนอร์ได้รับการประกาศครั้งแรกให้เป็นหัวหน้าโค้ชคนใหม่ของทีมเยาวชน (อายุต่ำกว่า 19 ปี) ของSpVgg Unterhaching [ ^{50 ] อย่างไรก็ตาม}ในวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2564 เขาได้รับการเปิดตัวในฐานะหัวหน้าโค้ชของทีมชุดใหญ่^{[ 51 ]}โดยเริ่มตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2564 ^{[ 52 ]} Unterhaching เริ่มต้นฤดูกาล Regionalliga 2021–22ด้วยผลเสมอ 0–0 กับTSV Aubstadt [ ^{53 ] Unterhaching}ตกรอบBavarian CupรอบสองโดยTSV Buchbach [ ^{53 ] Unterhaching} จบฤดูกาล Regionalliga Bayern 2021–22 ในอันดับที่สี่^{[ 54 ]} Unterhaching เริ่มต้นฤดูกาล Regionalliga 2022–23ในวันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2565 โดยพบกับ Buchbach ซึ่ง Unterhaching ชนะ 3–1 ^{[ 55 ]}อุนเทอร์ฮาชิงตกรอบแรกของบาวาเรียคัพโดยทีมTuS Feuchtwangen ^{[ 55 ]}เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม 2023 อุนเทอร์ฮาชิงคว้าแชมป์ Regionalliga Bayern ^{[ 56 ] วาก เนอ}ร์ประกาศลาออกก่อนที่จะได้เลื่อนชั้นสู่3. Liga [ ^{57 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2566 วากเนอร์ได้เป็นผู้ช่วยโค้ชของฮันเนส โวล์ฟ ใน ทีมชาติเยอรมนี U20 [ ^{58 ] เมื่อ}วันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 2566 ทั้งวากเนอร์และโวล์ฟได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยโค้ชของรูดี้ โฟลเลอร์ในทีมชาติเยอรมนีชุดใหญ่ ซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้จัดการทีมชั่วคราว สำหรับการแข่งขันกระชับมิตรกับฝรั่งเศส^{[ 59 ]}ต่อมาเขาได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยร่วมกับเบนจามิน กลุ คให้กับ จูเลียน นาเกลส์มันน์ ผู้จัดการทีมคนใหม่สำหรับการแข่งขันยูโร 2024ที่ กำลังจะมาถึง ^{[ 60 ]}

เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม 2025 วากเนอร์ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชคนใหม่ของสโมสรFC Augsburg ในบุนเดสลีกาโดยเซ็นสัญญาจนถึงปี 2028 ^{[ 61 ]} วาระ การดำรงตำแหน่งของเขาสิ้นสุดลงก่อนกำหนดในวันที่ 1 ธันวาคม 2025 โดยดำรงตำแหน่งเพียง 12 นัดในลีก^{[ 62 ]}

คะแนนของเยอรมนีแสดงเป็นอันดับแรก คอลัมน์คะแนนระบุคะแนนหลังจากประตูของวากเนอร์แต่ละครั้ง^{[ 64 ]}

รายชื่อประตูที่ซานโดร วากเนอร์ทำได้ในระดับนานาชาติ

เลขที่	วันที่	สถานที่จัดงาน	ฝ่ายตรงข้าม	คะแนน	ผลลัพธ์	การแข่งขัน
1	10 มิถุนายน 2560	สนามกีฬานูเรมเบิร์ก , นูเรมเบิร์ก , เยอรมนี	ซานมาริโน	2–0	7–0	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2018
2				3–0
3				7–0
4	5 ตุลาคม 2560	สวนวินด์เซอร์ , เบลฟาสต์ , ไอร์แลนด์เหนือ	ไอร์แลนด์เหนือ	2–0	3–1	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2018
5	8 ตุลาคม 2560	ฟริตซ์-วอลเตอร์-สตาดิโอน , ไกเซอร์สเลาเทิร์น , เยอรมนี	อาเซอร์ไบจาน	2–1	5–1	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2018

ข้อมูล ณ วันที่แข่งขัน 29 พฤศจิกายน 2025